In kleinbub/rIP: Synchronization of physiological and behavioral time-series of two interacting agents.

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

ULTRA IMPORTANT KNOWLEDGE

• puoi debuggare gli argomenti missing e le chiamate stampando: print(match.call())
• puoi salvare tutti i parametri con: c(as.list(environment()), list(...))
• marker nel codice:
  • @TSBUG
  • cerca tss tse ts start end startend sampRate( tsp DyadStream xstart xend
  • @OBSOLETE
  • @HACK cose brutte da sistemare quando hai tempo

• per aggiornare i branch di git in RStudio usa:

  git fetch --prune git pull --prune

NEXT STEPS & CRITICAL BUGS

• crea algoritmo SCoPhaRSi Skin Conductance Phasic Response Similiarity

• amico2 ha dei buchi weight linea 863 prova mean [maybe done]

• interval_sec diventa maxSize e con minSize devono essere implementati anche nella prima parte con i picchi veri. NB cè gia maxPeakDuration
• peakfinder trova amp negative
• Alcuni nomi di dyadcategory causano errori come "SD"
• tutto il sistema di permutazioni non permette di analizzare dati per i quali non ci siano osservazioni (nrow = 0) [maybe fixed?]
• in ppSync_dev perchè usare la lunghezza del più corto per interpolare? Usa già quella finale dell'interpolazione.
• rinomina winSec in WIN e incSec in INC
• rinomina SR o sampRate in frequency
• ccfBest dovrebbe usare byWin

AMICO2

• gli artefatti sono rimossi da sync e lag ma non da xbest.
• amico 2 causa permutation tests tutte negative :-O

physiology

• recupera tutte le funzioni avanzate sviluppate per VRperGenere

videoFrame

• il sistema IN TEORIA è robusto con la visualizzazione di 2 segnali, ma non è testato
• in particolare non è robusto per la visualizzazione di algoritmi di sync diversi da AMICo1
• leggi i video con genericIO
• esporta correttamente in una cartella singola come da data_structure.html
• crea cartella per i frame
• trova dimensioni dinamicamente

mechanics

• ottimizza ccfBest e omologa l'output di ccfBest e pmBest. In particolar modo ci sia il tempo per le finestre di ccfBest
• fai una nuova funzione: filterArtefacts() che applica una FUN sulle finestre specificate da setArtefacts(), ad es settando a NA, o smoothando. Metti anche come filtro una possibile label per scriminare diversi artefatti. flat, wiggle, motion, etc.
• winInter, and approxbywin dovrebbero usare byWin?
• crea algoritmo per peak-co-occurrence e relative-amplitude

minor BUGS & various mishaps

• cloneAttr e classAttr cambiano solo alcuni attributi, ha senso? usando peraltro una variabile globale LOCK_ATTR. Forse in R internals c'è una guida per dire come fare meglio?

rats CLASS

• implementa summary.rats con tables per rats non numerici
• implementa plot.rats
• print.rats è un po' frustrante
• rescaleByWin non salva i metadati es. timeUnit
• metti error se period = 1 o frequency = 1
• window.rats con duration == 0 dava errore, ora ho forzato a duration = period(x) ma è scorretto

Permutations

• implementa misure di effect size robuste per le permutations: https://garstats.wordpress.com/2016/05/02/robust-effect-sizes-for-2-independent-groups/
• se usi from=remaining, fullFrom è una cosa strana, con tagli e buchi. controlla. eventualmente incolla i pezzi con crossfade. full_from = do.call(c,ex2$remaining) full_from[!is.na(full_from)] full_from = full_from[!is.na(full_from)] plot(full_from, t="l")

Category extraction

• (forse fatto?) se voglio usare più di un groupIndex, ad es IM_tipo e IM_livello, queste si sovrascrivono in epochStream. Devi sempre indicare signal="SC", sync="PMdev",streamKey = "sync", category="IM",groupIndex="micro".
• DyadCategory to stream (category, column) : crea versione interpolata. utile principalmente solo per plottare
• byCat(signal, category, stream=c(patient, therapist, bestCCF, bestLag,lag0), FUN) : applica una funzione es la media ai diversi livelli del factor di uno stream. a seconda che input sia experiment, session o singal applica adeguatamente.

Graphics

• scrivi funzioni generiche per long plot

double check & cleanup

• setArtefacts richiede che dyad sia char con leading zero. tipo "01" funziona invece 1L no.
• sccf sarebbe meglio wccs "window cross corr of slopes"
• aggiungi '...' a PMBest e CCFBest, per accomodare i parametri di eventuali altri algoritmi di calcolo.
• elimina i commenti e le cose obsolete. Sto segnando con @OBSOLETE le parti da rimuovere e/o spostare in obsolenscence.R
• controlla gli argomenti missing nelle funzioni parallelizzate. In particolare AMICo, e filter

Performance

• usa il profiler per trovare bottlenecks: https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/218221837-Profiling-R-code-with-the-RStudio-IDE

Backlog

• in xbest di AMICo v1.1 ci sono delle (rare) occorrenze in cui lo stesso picco viene usato 2 volte, che è grave.
• errori (rari) in PMBest (su diadi random):
  • In cor(rs1, rs2, use = "c") : la deviazione standard è zero
  • In s2p\$bool + s2v\$bool : longer object length is not a multiple of shorter object length
• tempo in millesimi e/o frazioni di secondo in timemaster

low priority

DyadExperiment

• quando crei experiment fai tutti i check di coerenza interna e magari salva esplicitamente il tipo di disegno, longitudinale, gruppi, misto
• soprattutto gli stessi s1 e s2 names, altrimenti rischi di fare grossa confusione
• trova un modo per implementare i bei plot di PMBest
• controlla che dyadComb.DyadExperiment funzioni dopo la rimozione di $signals
• rotating or 0-100 progress bar in nested funcstions
• '[.DyadExperiment' e session, signal e stream, copiano anche gli attributi
• controlla che tutti i segnali abbiano lo stesso dyadID e s1 s2 names

kleinbub/rIP documentation built on Dec. 21, 2024, 9:15 a.m.