R/utils.R

In krisrs1128/microMulti: Multitable Methods for the Microbiome.

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# Utilities when processing data
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#' @title Expand annotation using phyloseq tables
#' @export
supp_annotation <- function(mvar_object, physeq, n1 = "species", n2 = "site") {
  mvar_object@table[[n1]]@annotation <- data.frame(mvar_object@table[[n1]]@annotation,
                                                   physeq@tax_table)
  mvar_object@table[[n2]]@annotation <- data.frame(mvar_object@table[[n2]]@annotation,
                                                   physeq@sam_data)
  mvar_object
}