In lvaudor/mapdO: mapdO: exploration de données fluviales

library(mapdO)

Démo ici

Repo github ici

Etat actuel de l'appli

Structure

Pour l'instant, deux modules:

• un module profils
• un module modèles régionaux

Les deux jeux de données sont pour l'instant différents pour les deux modules:

il faudra, in fine, homogénéiser ça quand les jeux de données "définitifs" seront disponibles. Pour le module {modèles régionaux}, j'utilise le jeu de données d'Elise sur RMC. Cela me permet de tester différents types de combinaisons de variables x-y. Par contre le référentiel n'est pas le même que celui utilisé pour le module {profils}. Cela devrait être réglé lorsqu'on utilisera des données récentes et propres pour ce module.

Quelques points à discuter pour améliorer la lisibilité de l'appli:

• quels noms donner aux couches d'information géographiques
• quels noms donner aux modules?
• comment légender les différents widgets
• L'appli sera-t-elle en français ou en anglais?

Interactivité

Layout

Pour l'instant j'ai appelé l'appli mapdO et j'ai fait un faux logo vite fait pour la démo.

J'ai choisi un menu type "tabs" pour les différents modules mais on peut sans difficulté tester des types de menus différents.

La disposition côte à côte (sur la largeur) de la carte et du graphique permet à mon avis de tirer parti au maximum de l'écran.

Déploiement

Pour l'instant l'appli fonctionne sur mon compte Shiny Server huma-num, et ne repose que sur R/shiny (pas d'intégration des données sur QGIS server, pas de dockerisation pour l'instant).

Attention à la version de R par défaut (et aux chemins associés vers les librairies "user")

• Sur RStudio Server Pro, R 3.6
• Sur Shiny Server Pro, R 3.5

Pour mettre à jour la démo:

• Faire un "build" du package (commande load_all() du template golem n'est valable que si la structure du dossier local est celle d'un package). Attention il faut que la documentation par roxygen n'ait pas renvoyé d'erreur!
• Unload packages au démarrage de l'appli
• nécessité de vider le cache Shiny => supprimer le dossier associé à la démo avant de le recréer à partir de mapdO/dev/copy_to_demo.R

Etat actuel des données

Jeux de données dispo

• Référentiel de JeuDeDonneesEBFVar à jeter car pb identifiant => utilisé actuellement pour datsp (envoi par Christophe en ../09/20 )
• métriques du Var de JeudeDonneesEBFVar <=> Axe 1 (??) (envoi par Christophe en ../09/20 )
• Référentiel RMC (envoi par Samuel le 21/10/20) => à intégrer comme carte régionale pour module "profils"
• métriques de l'Isère (envoi par Samuel le 21/10/20)
• métriques de l'Isère (AX0005) de l'Arc (AX0012) le Drac (AX0009) (envoi par Christophe le 21/10/20)

Structure des données envoyées par Christophe:

fs::dir_tree("../data-raw/extdata/IsereEtAffluents/AX0005/METRICS")

QUESTIONS

Doit-on prévoir que les métriques ne soient pas toutes les mêmes (i.e. différentes métriques en fonction de l'axe) => choisir l'axe, proposer les métriques dispo dans les données?

To-do list

A faire prochainement

• Changer les noms des datasets pour qqch de plus générique (exple datRMC => data_regional)
• Organiser les scripts de préparation des données (pour l'instant tout est rassemblé dans data-raw/dataset.R)
• Brush plot vers carte => brush carte vers plot
• Profils => ajuster graphiques des landcovers: side, type
• Faire des widgets simplifiés pour choix des métriques

A refaire régulièrement

• Nettoyage (suppression des éléments tests)
• Modularisation
• Documentation (fonctions, vignette)
• Commit + Push sur repo github

Notes pour dev

Utilisation de golem pour la production de l'appli

Bouquin de ThinkR sur golem ici

golem aide à écrire une appli "production-ready" et repose sur divers principes

• une appli=un package. On retrouve de ce fait un certain nombre de principes liés à la construction d'un package (documentation, fourniture de données comme faisant partie du package, écriture de vignette, tests, etc.) => package usethis notamment.

• une appli= un assortiment de modules qui fonctionnent indépendamment les uns des autres. De ce fait, chaque module correspond à un "namespace" qui lui est propre. Voir article de C. Girard "La communication entre modles et ses caprices" ici si besoin de faire passer des éléments d'un module à l'autre.

Fonctionnement sur compte Shiny Server Huma-num

Attention, fonctionnement de Shiny Server avec la version de R 3.5 pour le moment (alors que Shiny Desktop a par défaut la version 3.6).

Par ailleurs, les packages chargés par Shiny Server peuvent être ceux installés par Huma-Num plutôt que les packages "User" => problèmes éventuels avec les versions des packages, par exemple package vctrs.

Ajout des lignes de commande suivantes dans app.R:

mylibraries=c(.libPaths(),
              "../../../R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5")
library(vctrs,lib.loc=mylibraries)
library(rlang,lib.loc=mylibraries)

Problème de cache

https://community.rstudio.com/t/remove-shiny-cache/16932/2

"Handlers" pour les cartes leaflet

list input handlers for a package shiny leaflet (https://stackoverflow.com/questions/49885751/list-input-handlers-for-a-package-shiny-leaflet/49886501)

• zoom
• center (lng, lat)
• bounds (north, east, south, west)
• groups
• shape_mouseover (id, .nonce, group, lat, lng)
• shape_mouseout (id, .nonce, group, lat, lng)

lvaudor/mapdO documentation built on March 9, 2021, 5:29 p.m.