In matutosi/wameicheckr: Check Japanese name (wamei) of vascular plant species with R

knitr::opts_chunk$set(
  collapse = TRUE,
  comment = "#>"
)

library(tidyverse)
library(wameicheckr)
library(magrittr)

維管束植物和名チェックリストはパッケージ内にある． 読み込んだあとで，使いやすくするために，若干の整理を実行

data(hub_master)
data(jn_master)
hub_master <- 
  hub_master %>%
  tibble::as_tibble() %>%
  dplyr::rename_with(~stringr::str_replace_all(., "[ /]", "_")) %>%
  dplyr::rename_with(~stringr::str_replace_all(., "[()]", "")) %>%
  print()

jn_master <- 
  jn_master %>%
  tibble::as_tibble() %>%
  dplyr::rename_with(~stringr::str_replace_all(., "[ /]", "_")) %>%
  dplyr::rename_with(~stringr::str_replace_all(., "[()]", "")) %>%
  fill_another_name_id() %>% # another_name_id の空欄を埋める
  print()

最新版が異なる場合は，ウェブページからダウンロードして使用することも可能．

  # Download wamei chek list form https://www.gbif.jp/v2/activities/wamei_checklist.html
  # Change file name (version)
  # Set your directory by setwd()
library(readxl)

path <- "wamei_checklist_ver.1.10.xlsx"

hub_master <-
  readxl::read_xlsx(path, sheet="Hub_data",   col_types="text") %>%
  dplyr::rename_with(~stringr::str_replace_all(., "[ /]", "_")) %>%
  dplyr::rename_with(~stringr::str_replace_all(., "[()]", ""))

jn_master <- 
  readxl::read_xlsx(path, sheet="JN_dataset", col_types="text") %>% 
  dplyr::rename_with(~stringr::str_replace_all(., "[ /]", "_")) %>%
  dplyr::rename_with(~stringr::str_replace_all(., "[()]", "")) %>%
  fill_another_name_id()  # another_name_id の空欄を埋める

和名チェックリスト ver.1.10のエラーの修正． バージョンアップで，修正される予定．

  # (和名チェックリスト ver.1.10への対応) another_name_IDに0がないもの
no_id_0 <- 
  c("SF_00131", "SF_00323", "WF_01542", "WF_02219", "WF_04287", 
  "SF_00127","WF_01902","WF_03825","YL_11456","YL_17759")
jn_master$another_name_ID[jn_master$ID %in% no_id_0 & jn_master$another_name_ID != 0] <- 0

  # (和名チェックリスト ver.1.10への対応) シベリアカラマツ(別科同名)
hub_master$Hub_name[
  hub_master$Hub_name=="シベリアカラマツ" &
  hub_master$Family_name_JP=="マツ"] <- 
  "シベリアカラマツ(マツ科)"
hub_master$Hub_name[
  hub_master$Hub_name=="シベリアカラマツ" &
  hub_master$Family_name_JP=="キンポウゲ"] <- 
  "シベリアカラマツ(キンポウゲ科)"
jn_master$Family_name_JP[
  jn_master$Family_name_JP=="ツルボラン"] <- 
  "ワスレグサ"

x1は，和名チェックリストにある和名をすべて抽出． 多いので，下記では最初の50だけ． x2は，色々なパターンを含む和名．

  # hubやjnの種名を抽出(全種)
x1 <- 
  c(hub_master$all_name, hub_master$Hub_name, jn_master$common_name, jn_master$another_name) %>%
  purrr::map(str_split, "/") %>%
  unlist() %>% unique() %>% sort() %>%
  c("だみーの和名", .)

  # 和名の例
x2 <- c("だみー", "ススキ", "ハリガネワラビ", "オミナエシ", "コナスビ", "カナビキソウ", 
  "ヤイトバナ", "チガヤ", "キジムシロ", "ハエドクソウ", "キツネノマゴ", "シロヨメナ", 
  "オオフジシダ", "コマツナギ", "アイヌタチツボスミレ", "シベリアカラマツ", "アオイモドキ")

入力和名に対する和名・学名の候補を出力する． なお，x1は多いので，最初の50だけを使用．

wamei_check(x1[1:50], hub_master, jn_master)
wamei_check(x1[1:50], hub_master, jn_master, wide=FALSE)
wamei_check(x2,       hub_master, jn_master,             ds=c(GL, SF, WF))
wamei_check(x2,       hub_master, jn_master, wide=FALSE, ds=c(GL, SF, WF))

エクセルと同等の出力の場合．

wamei_check_ex(x1[1:50], hub_master, jn_master, wide=FALSE)
wamei_check_ex(x2,       hub_master, jn_master)

合致する全ての和名・学名等を出力する場合は，wameicheckrの関数を使わなくても可能．

hub_long <- 
  hub_master %>%
  tidyr::pivot_longer(cols= GL:YL, names_to = "source", values_to = "ID", values_drop_na = TRUE)
tibble::tibble(input = x2) %>%
  left_join(hub_long, by=c("input"="all_name")) %>%
  left_join(jn_master)

matutosi/wameicheckr documentation built on Aug. 14, 2024, 4:39 p.m.