R/limpa-mortalidade-letalidade.R

In mellohenrique/codeplan.boletim: Gerador dos dados do Boletim da Codeplan

#' @title Limpa os dados do ministerio da saude para o formato utilizado pelo boletim na planilha mortalidade letalidade
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#' @description Recebe os dados no formato utilizado pelo ministerio da saude e limpa eles para o formato usado pelo boletim da codeplan na planilha de letalidade mortalidade
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#' @param dados base dados carregada do ministerio da saude a ser lida
#' @param produto_dt variavel logica que define se o produto da funcao e um data.table (se produto_dt == TRUE) ou um data.frame (se produto_dt = FALSE), padrao utilizado e FALSE
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#' @return Um data.frame com os dados do ministério da saúde de COVID 19
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#' @import data.table
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#' @export
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#' @examples
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limpa_mortalidade_letalidade <- function(dados, produto_dt = FALSE){

  dados = checa_transforma_dt(dados)

  dados = dados[data == max(data) & is.na(codmun), .(data, populacaoTCU2019, estado, casosAcumulado, obitosAcumulado, casosNovos)]

  dados[, `:=`(estado = {ifelse(is.na(estado) | estado == "", "BR", estado)},
               letalidade = obitosAcumulado/casosAcumulado,
               mortalidade = 100000 * obitosAcumulado/populacaoTCU2019,
               casos_100k = 100000 * casosAcumulado/populacaoTCU2019)]

  retorna_dt_df(dados, produto_dt = produto_dt)
}