README.md

In oc1lojo/nkbcgeneral: Generella verktyg för NKBC

nkbcgeneral

Generella verktyg för bearbetning av data från Nationellt kvalitetsregister för bröstcancer (NKBC).

Detta R-paket är en central plats för definition, implementering och dokumentation av generell bearbetning av NKBC-data i alla utdata-kanaler.

• Användning på INCA-plattformen tillsammans med R-paketet nkbcind
  • Onlinerapporter innanför inloggning på INCA-plattformen med R-paketet rccShiny
    • https://bitbucket.org/cancercentrum/brca-onlinerapporter/ (RCC-internt kodförråd)
  • NKBC Koll på läget (KPL), med R-paketet rccKPL
    • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-kpl/ (RCC-internt kodförråd)
  • NKBC Vården i siffror, med R-paketet incavis
    • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-vis/ (RCC-internt kodförråd)
• Användning lokalt på RCC Stockholm-Gotland
  • Framtagande av NKBC Interaktiva Årsrapport med R-paketen nkbcind och rccShiny
    • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-arsrapportshiny (publikt kodförråd)
  • Datauttagsärenden inom NKBC
    • jfr https://www.cancercentrum.se/samverkan/vara-uppdrag/kunskapsstyrning/kvalitetsregister/datauttag/
  • Andra sammanställningar

Jfr https://www.cancercentrum.se/samverkan/vara-uppdrag/statistik/kvalitetsregisterstatistik/

Installation

if (!requireNamespace("remotes")) {
  install.packages("remotes")
}

remotes::install_bitbucket("cancercentrum/nkbcgeneral")

Användning

library(dplyr)
library(stringr)
library(lubridate)
library(nkbcgeneral)

Läs in ögonblicksbild av NKBC exporterad från INCA.

load(
  file.path(Sys.getenv("BRCA_DATA_DIR"), "2022-09-02", "nkbc_nat_avid 2022-09-02 07-08-17.RData")
)

Generell förbearbetning av NKBC-data.

df_main <- df %>%
  mutate(across(where(is.factor), as.character)) %>%
  rename_with(
    str_replace, ends_with("_Värde"),
    pattern = "_Värde", replacement = "_Varde"
  ) %>%
  clean_nkbc_data() %>%
  mutate_nkbc_d_vars()

oc1lojo/nkbcgeneral documentation built on Sept. 2, 2022, 10:59 p.m.