pablorm296/covidMex
Official SARS-CoV-2 Data for Mexico and the World

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In pablorm296/covidMex: Official SARS-CoV-2 Data for Mexico and the World 

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

Un paquete para obtener datos oficiales sobre casos de Covid-19 en México y el mundo. Creado por Pablo Reyes. Última actualizacion: r Sys.time().

Instalación :package:

Para instalar el paquete, es necesario usar install_github, pues el paquete no está disponible en la CRAN.

devtools::install_github("pablorm296/covidMex")

Uso :wrench:

Básico

Datos abiertos de la Secretaría de Salud

Para obtener el último reporte oficial sobre casos de SARS-CoV-2 en México, usa la función covidOfficialMx.

library(covidMex)

# Descargar reporte oficial de la SS (datos abiertos)
datos_abiertos <- covidOfficialMx()

Casos sospechosos y confirmados en México

En las primeras versiones de este paquete, sólo era posible examinar un reporte de casos sospechosos y casos confirmados con un número limitado de variables. Esto se debía a que la Secretaría de Salud del Gobierno Federal publicaba estas dos tablas en formato PDF y sólo mediante terceros era posible conseguir versiones en formato abierto (CSV, XLSX). Afortunadamente, desde el 14 de abril de 2020, la Secretaría de Salud comenzó a publicar un reporte en formato abierto más completo con información de los casos a los que se les da seguimiento (véase arriba el uso de covidOfficialMx).

Decidí mantener estas dos tablas de casos sospechosos y confirmados para garantizar una continuidad en el formato de los datos y el funcionamiento del código escrito con el paquete; esto facilitará su comparación y análisis.

Para obtener el reporte de casos confirmados en México, usa la función covidConfirmedMx. Para obtener el reporte sobre los casos sospechosos en México, usa la función covidSuspectsMx.

# Descargar reporte de casos sospechosos
sospechosos <- covidSuspectsMx()

# Descargar reporte de casos confirmados
confirmados <- covidConfirmedMx()

Situación en resto del mundo

Para obtener el reporte más reciente sobre nuevos casos y defunciones en el mundo, usa la función covidWWSituation.

# Descargar reporte de nuevos casos y defunciones en el mundo
casosCovidMundo <- covidWWSituation()

Avanzado

Obtener reportes específicos

covidConfirmedMx, covidSuspectsMx, covidOfficialMx y covidWWSituation son wrappers de getData.

La función getData te permite descargar un reporte oficial específico. Con el parámetro where especificas el ámbito del reporte (México o el resto del mundo). Con el parámetro type puedes especificar el tipo de reporte a cargar (casos confirmados o casos sospechosos). Con el parámetro date especificas la versión del reporte (fecha en que fue publicado). Si no se encuentra la fecha especificada, getData intentará descargar el reporte del día anterior y notificará al usuario por medio de una warning. 

# Descargar reporte en formato abierto de la secretaría de Salud
oficial <- getData(where = "Mexico", type = "suspects", date = "today", 
                   source = "SSA", neat = TRUE)

# Descargar reporte de casos sospechosos en México
sospechosos <- getData(where = "Mexico", type = "suspects", date = "today", 
                       source = "Serendipia", neat = TRUE)

# Descargar reporte de casos confirmados en México
confirmados <- getData(where = "Mexico", type = "confirmed", date = "today",
                       source = "Serendipia", neat = TRUE)

# Descarga una versión anterior del reporte
sospechosos_old <- getData(where = "Mexico", type = "confirmed", date = "16/03/2020", 
                           source = "Serendipia", neat = TRUE)

# Descarga reporte de situación en resto del mundo
casosCovidMundo <- getData(where = "worldWide", type = "confirmed", date = "today", 
                           source = "ECDC", neat = TRUE)

Seguro notaste que getData también acepta un parámetro source; éste sirve para especificar la fuente de datos a cargar. Por el momento, getData usa cuatro fuentes de datos:

  1. Secretaría de Salud: Reporte en formato abierto del seguimiento que se da a los casos positivos y sospechosos de SARS-CoV-2 en México.
  2. Serendipia: Serendipia, una iniciativa de periodismo de datos que ha publicado versiones .csv y .xlsx (creadas con I:heart:PDF) de los reportes publicados por la Secretaría de Salud del Gobierno de México.
  3. European Centre for Disease Prevention and Control: La agencia de la Unión Europea encargada de la seguridad sanitaria. Además de publicar un reporte diario sobre casos de Covid-19 y defunciones en países europeos, el ECDC también empezó a publicar reportes de casos en todos los países del mundo independientes a los publicados por la Organización Mundial de la Salud. Esta fuente es la predeterminada al momento de descargar la tabla de casos confirmados para el resto de países en el mundo.
  4. Johns Hopkins University Dashboard: Repositorio en GitHub con los datos mostrados en el mapa interactivo del Johns Hopkins University Center for Systems Science and Engineering con datos de casos de Covid-19 en el mundo. La principal fuente de información de este repositorio son los datos publicados por la Organización Mundial de la Salud (OMS). Se incluyó esta fuente de datos porque es, sin duda alguna, uno de los repositorios más populares hasta el momento con datos de la pandemia. Sin embargo, los datos tienen múltiples problemas (registros incorrectos o desactualizados). Además, la OMS cambió su hora de corte el 15 de marzo de 2020, yuxtaponiendo casos correspondientes al día anterior. Esto comprometió las comparaciones entre datos antes y después de esa fecha. Por estas razones, el ECDC es la fuente predeterminada cuando se trata de datos para países del resto del mundo.

Los usuarios de versiones anteriores notarán que la fuente Guzmart ya no está en esta lista. Aunque aún se puede usar este paquete para acceder a los reportes publicados en el repositorio de Katia Guzmán, usando getData o GetFromGuzmart, esta opción ha sido deprecada, pues el repositorio dejó de recibir actualizaciones el 6 de abril de 2020.

# Descargar reporte de casos confirmados en México
# Esta vez, especificando que queremos usar el sitio de Serendipia
confirmados <- getData(where = "Mexico", type = "confirmed", date = "today",
                       source = "Serendipia", neat = TRUE)

# Descarga reporte de casos en el resto del mundo
# Especificamos que lo queremos desde el repositorio de la Johns Hopkins University
casosCovidMundo <- getData(where = "worldWide", type = "confirmed", date = "today", 
                           source = "JHU", neat = TRUE)

Adicionalmente, cada vez que el usuario cargue el paquete, un mensaje le notificará las fuentes de datos disponibles:

library(covidMex)

covidMex::startUpMessage()

El último parámetro de getData es neat. Este parámetro le indica a la función si el usuario desea pre procesar el tibble obtenido de las fuentes de datos. En el caso del reporte oficial generado por la Secretaría de Salud, neat convertirá en factor las variable y usará el catálogo de valores adjunto al dataset.

Una nota sobre los parámetros

Debido a la variedad de fuentes de datos y formatos en los que se presentan estos, cuando usas getData, debes tener en cuenta que no todas las combinaciones de parámetros son posibles. Por favor, toma en cuenta la siguiente tabla. En ella, podras ver los parámetros válidos dado un valor de where.

| Where | Source | Type | Date | Neat | |-----------|------------|---------------------|------------------------------------------------------|-------------| | Mexico | Serendipia | confirmed, suspects | today o cualquier fecha del 15/03/2020 en adelante | TRUE, FALSE | | Mexico | SSA | confirmed | today | TRUE, FALSE | | Mexico | Guzmart | confirmed | today o cualquier fecha del 16/03/2020 al 06/04/2020 | TRUE, FALSE | | worldWide | ECDC | confirmed | today o cualquier fecha del 01/01/2020 en adelante | TRUE, FALSE | | worldWide | JHU | confirmed | today o cualquier fecha del 24/01/2020 en adelante | TRUE, FALSE |

Generando gráficas a partir de los datos

library(tidyverse)
library(extrafont)

Edades de los infectados en México

# Tabla de casos confirmados
covidConfirmedMx() %>% 
  # Asignar casos a grupos de edad (10 grupos; 0-10, 11-20, 19-30... 81-90, 90+)
  mutate(GrupoEdad = cut(edad, 
                         breaks = c(seq(0, 90, by = 10), Inf),
                         include.lowest = T)) %>%
  # ggplot!
  ggplot() +
  geom_bar(aes(x = GrupoEdad, y = ..count..), colour = "#CC7390", 
           fill = "#CC7390", alpha = 0.5, na.rm = T) +
  labs(x = "Grupo de Edad", y = "Casos",
       title = "¿Qué edad tienen los infectados de SARS-CoV-2 en México?") +
  theme_light() + 
  theme(text = element_text(family = "Quicksand Medium"),
        title = element_text(family = "Keep Calm Med"))

Evolución de número de casos en cinco países del mundo

# Tabla de nuevos casos y muertes
covidWWSituation() %>%
  # Seleccionar países
  filter(pais_territorio %in% c("Mexico", "Spain", 
                                "Italy", "Brazil", 
                                "United_States_of_America")) %>%
  # Covertrr fechas en Date y cambiar guiones bajos en espacios
  mutate(fecha_corte = as.Date(fecha_corte), 
         pais_territorio = gsub("_", " ", pais_territorio, fixed = T)) %>%
  # Ordenar y agrupar
  arrange(pais_territorio, fecha_corte) %>%
  group_by(pais_territorio) %>%
  # Contar casos acumulados
  mutate(casos_acumulados = cumsum(casos_nuevos)) %>%
  # Eliminar observaciones vacías hasta encontrar el primer caso
  # Mantener filas a partir de la primer fila donde casos_nuevos != 0
  filter(row_number() >= min(row_number()[casos_acumulados > 100])) %>%
  # Días desde el primer caso y suma acumulada de casos
  mutate(dias_transcurridos = fecha_corte - fecha_corte[1L]) %>%
  # ggplot!
  ggplot(aes(x = dias_transcurridos, y = casos_acumulados, colour = pais_territorio)) + 
  # Líneas
  geom_line(size = 1.2, alpha = 0.7) +
  # Escalas
  scale_y_continuous(trans = "log2") +
  # Títulos
  labs(y = "log(Casos acumulados)", x = "Días transcurridos desde el caso N° 100",
       title = "¿Qué tan rápido se contagia el SARS-CoV-2?",
       subtitle = "Casos acumulados en cinco países desde que se confirmó el caso N° 100",
       colour = "País",
       caption = "Datos del Centro Europeo para la Prevención y Control de Enfermedades") +
  # Tema <3
  theme_light() + 
  theme(text = element_text(family = "Quicksand Medium"),
        title = element_text(family = "Keep Calm Med"))

Fuentes de datos :books:

Por favor, si usas este paquete en publicaciones, cita el paquete y las fuentes de datos.

Los datos de casos sospechosos y confirmados en México son publicados por la Secretaría de Salud federal del gobierno mexicano:

Las versiones plain text de los reportes de la Secretaría de Salud fueron publicadas originalmente en:

Los datos del reporte situacional en el resto del mundo son publicados por dos fuentes: el Centro Europeo para la Prevención y Control de Enfermedades (ECDC) y el Johns Hopkins University Center for Systems Science and Engineering.

Build & Test Info :construction_worker:

Probado en:

knitr::kable(as.data.frame(R.Version()))

Changelog :clipboard:

0.1.0 - 18/03/2020

Added

0.2.0 - 19/03/2020

Fixed

Changed

Added

0.2.1 - 19/03/2020

Fixed

0.3.0 - 23/03/2020

Added

Fixed

0.3.1 - 24/03/2020

Fixed

0.4.0 - 26/03/2020

Fixed

Added

0.5.0 - 26/04/2020

Fixed

Deprecated

Changed

Added

Unrelelased

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pablorm296/covidMex documentation built on May 2, 2020, 4:56 p.m.

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