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In ronaldoalves-ms/sustools: Recursos computacionais para trabalho com dados do Sistema Único de Saúde

sustools

O pacote sustools tem como objetivo fornecer recursos computacionais para rotinas de trabalho com dados do Sistema Único de Saúde (SUS).

O público-alvo do pacote sustools inclui gestores e técnicos das Secretarias Estaduais e Municipais de Saúde e do Ministério da Saúde, pesquisadores da área de epidemiologia e saúde pública e estudantes de graduação e pós-graduação de variados campos das ciências da saúde.

Atualmente, o pacote sustools reúne as quatro funções descritas abaixo:

• search_cnes: realiza consultas de estabelecimentos de saúde do SUS por meio do site do Ministério da Saúde, recuperando informações básicas dos estabelecimentos. Esta função é indicada para aplicação no Cadastro Nacional de Estabelecimentos de Saúde (CNES).

• stop_birthdefect: detecta e classifica códigos da CID-10 de acordo com a lista brasileira de anomalias congênitas prioritárias para vigilância do SUS (Cardoso-dos-Santos, 2021). Esta função é indicada para aplicação no Sistema de Informações sobre Nascidos Vivos (Sinasc).

• stop_hospitalization: detecta e classifica códigos da CID-10 de acordo com a lista brasileira de internações por condições sensíveis à atenção primária em saúde (Alfradique, 2009). Esta função é indicada para aplicação no Sistema de Informações Hospitalares (SIH).

• stop_childdeath: detecta e classifica códigos da CID-10 de acordo com a lista brasileira de causas de mortes evitáveis (em menores de 5 anos de idade) por intervenções do SUS (Malta, 2007; Malta, 2010). Esta função é indicada para aplicação no Sistema de Informações sobre Mortalidade (SIM).

Como instalar?

Este pacote pode ser instalado no R executando os códigos abaixo:

install.packages("devtools")
devtools::install_github("ronaldoalves-ms/sustools")

Como usar?

A função search_cnes possui um único argumento, nu_cnes, que especifica um vetor de códigos de estabelecimentos de saúde a serem consultados. As funções stop_birthdefect, stop_hospitalization e stop_childdeath possuem dois argumentos principais: (i) o argumento dados que especifica o data frame de interesse, (ii) o argumento var_nome que especifica a variável com os códigos da CID-10 a serem classificados. Veja exemplos simples de aplicação a seguir.

library(sustools)

nu_cnes <- c(2269783, 2269880, 2270021, 2270390, 2708353)
df_cnes <- search_cnes(nu_cnes)

dados
df_sinasc <- stop_birthdefect(dados, dados$var_nome)
df_sih <- stop_hospitalization(dados, dados$var_nome)
df_sim <- stop_childdeath(dados, dados$var_nome)

A função search_cnes retorna um dataframe com informações básicas dos estabelecimentos de saúde. As funções stop_birthdefect, stop_hospitalization e stop_childdeath retornam um dataframe enriquecido com a variável "stop_code", cuja estrutura compreende os variados níveis das listas brasileiras de classificação -- veja o arquivo stop_tables para detalhes das classificações.

Referências

Cardoso-dos-Santos AC, Medeiros-de-Souza AC, Bremm JM, Alves RFS, Araújo VEM, et al. Lista de anomalias congênitas prioritárias para vigilância no âmbito do Sistema de Informações sobre Nascidos Vivos do Brasil. Epidemiol Serv Saúde. 2021;30(1):e2020835. Disponível em: Link

Alfradique ME, Bonolo PF, Dourado I, Lima-Costa MF, Macinko J, et al. Internações por condições sensíveis à atenção primária: a construção da lista brasileira como ferramenta para medir o desempenho do sistema de saúde (Projeto ICSAP - Brasil). Cad Saúde Pública. 2009;25(6):1337-1349. Disponível em: Link

Malta DC, Duarte EC, Almeida MF, Dias MAS, Neto OLM, et al. Lista de causas de mortes evitáveis por intervenções do Sistema Único de Saúde do Brasil. Epidemiol Serv Saúde. 2007;16(4):233-244. Disponível em: Link

Malta DC, Sardinha LMV, Moura L, et al. Atualização da lista de causas de mortes evitáveis por intervenções do Sistema Único de Saúde do Brasil. Epidemiol Serv Saúde. 2010;19(2):173-176. Disponível em: Link

Dúvidas e sugestões

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ronaldoalves-ms/sustools documentation built on Dec. 30, 2021, 12:19 a.m.