In tzoltak/EWDraport: Utility functions used to build knitr reports automatically

library(EWDwskazniki)
obiekty = get("obiekty")
wymaganeObiekty = c("typSzkoly", "modele", "tabelki", "tytulRaportu", "autorRaportu")
if (!all(wymaganeObiekty %in% names(obiekty))) {
  stop("Brak niezbędnych obiektów: '",
       paste0(wymaganeObiekty[!(wymaganeObiekty %in% names(obiekty))], collapse = "', "),
       "'.")
}
typSzkoly = obiekty$typSzkoly
modele = obiekty$modele
tabelki = obiekty$tabelki
tytulRaportu = obiekty$tytulRaportu
autorRaportu = obiekty$autorRaportu
if ("encoding" %in% names(obiekty)) {
  encoding = obiekty$encoding
} else {
  encoding = "windows-1250"
}
rm(obiekty)

# \captionsetup[table]{name=New Table Name}
#   - \captionsetup[table]{labelformat=empty}
tytuly = data.frame(gh =   "w zakresie przedmiotów humanistycznych",
                    gh_h = "w zakresie historii i wiedzy o społeczeństwie.",
                    gh_p = "w zakresie języka polskiego",
                    gm =   "w zakresie przedmiotów matematyczno-przyrodniczych",
                    gm_p = "w zakresie przedmiotów przyrodniczych",
                    gm_m = "w zakresie matematyki", 
                    m_mR = "w zakresie matematyki", 
                    mlp =  "w zakresie języka polskiego", 
                    mlh =  "w zakresie przedmiotów humanistycznych", 
                    mlm =  "w zakresie matematyki", 
                    mlmp = "w zakresie przedmiotów matematyczno-przyrodniczych", 
                    mtp =  "w zakresie języka polskiego", 
                    mth =  "w zakresie przedmiotów humanistycznych", 
                    mtm =  "w zakresie matematyki", 
                    mtmp = "w zakresie przedmiotów matematyczno-przyrodniczych", 
                    stringsAsFactors = FALSE)
modelu = tytuly
rocznik = list("1" = "pierwszy", "2" = "drugi", "3" = "trzeci",
               "4" = "czwarty", "5" = "piąty", "6" = "szósty")

szablon3rysunki = "trzyRysunki.tex"
szablon2rysunki = "dwaRysunkiKropka.tex"
szablon1rysunek = "jedenRysunek.tex"

folderWskazniki = paste0(folderRoboczy, "/")
if (typSzkoly %in% c("LO", "T")) {
  egz = "m"
  if (all(grepl("R$", names(modele)))) {
    folderRysunki = paste0(folderWskazniki, "rysunki ", typSzkoly, "/")
  } else if (all(substr(names(modele), 2, 2) %in% "l") |
             all(substr(names(modele), 2, 2) %in% "t")) {
    folderRysunki = paste0(folderWskazniki, "rysunki/")
  } else {
    stop("Nie można rozpoznać typu szkoły.")
  }
} else if (typSzkoly %in% c("gimn.", "gimn")) {
  egz = "g"
  typSzkoly = "gimn"
  folderRysunki = paste0(folderWskazniki, "rysunki/")
} else {
  stop("Nie można rozpoznać typu szkoły.")
}

pagebreak = 0;
resetPageBreak = function(value = 0){
  pagebreak <<- value;
}
printPageBreak = function(){
  if (pagebreak %% 2 == 1) {
    cat("\n\n\\clearpage\n\n");
  }
  pagebreak <<- pagebreak + 1;
}

img_template = 
  list("img-params" = list(dpi = 300, fig.width = 6, fig.height = 6,
                           out.width = "804px", out.height = "804px"))
knitr::opts_template$set(img_template)
pdf.options(encoding = 'ISOLatin2.enc')
panderOptions('knitr.auto.asis', FALSE)

inicjalizuj_numeracje()

title: r tytulRaportu date: r Sys.Date() author: r autorRaportu

#panderOptions('table.split.table', Inf)
#panderOptions('table.emphasize.rownames', FALSE)
#panderOptions('table.caption.prefix', "Table: ")

cat("\n\\section{Liczba obserwacji}\\label{liczba-obserwacji}\n")
tmpTab = tabelki$liczbaZdajacych
rownames(tmpTab) = NULL
n = ustaw_naglowek_tabeli("Liczba zdających poszczególne części egzaminu.")
#pander_table(tmpTab)
kable_table(tmpTab, n)

if (egz == "g") {
  n = ustaw_naglowek_tabeli("Liczba zdających części humanistyczne w podziale na lata pisania egzaminu gimnazjalnego i sprawdzianu.")
  tab = tabelki$liczbaZdajacychPoLatach
  tab = tab[, grepl("^rok_g$|^rok_s$|^zdający$|^gh", colnames(tab))]
  #pander_table(tab)
  print(kable_table(tab, n))

  n = ustaw_naglowek_tabeli("Liczba zdających części matematyczne w podziale na lata pisania egzaminu gimnazjalnego i sprawdzianu.")
  tab = tabelki$liczbaZdajacychPoLatach
  tab = tab[, grepl("^rok_g$|^rok_s$|^zdający$|^gm", colnames(tab))]
  #pander_table(tab)
  print(kable_table(tab, n))
} else if (egz == "m") {
  n = ustaw_naglowek_tabeli("Liczba zdających egzamin w podziale na lata pisania egzaminu gimnazjalnego i matury.")
  tab = tabelki$liczbaZdajacychPoLatach
  #pander_table(tab)
  print(kable_table(tab, n))
}

cat("\\pagebreak");
cat("\n\\section{Statystyki opisowe}\\label{Statystyki-opisowe}\n")

for (ind in which(grepl("^wy|^we", names(tabelki)))) {
  if (grepl("Sum", names(tabelki)[ind])) {
    naglowek = "Statystyki opisowe wyników surowych"
  } else if (grepl("Norm", names(tabelki)[ind])) {
    naglowek = "Statystyki opisowe wyskalowanych wyników"
  }

  if (grepl("^we", names(tabelki)[ind])) {
    naglowek = paste0(naglowek, " egzaminu „na wejściu”")
  } else if (grepl("^wy", names(tabelki)[ind])) {
    naglowek = paste0(naglowek, " egzaminu „na wyjściu”")
  }

  if (grepl("Wydl$", names(tabelki)[ind])) {
    naglowek = paste0(naglowek, " w podziale ze względu na rok zdawania egzaminu „na wejściu”.")
  } else if (grepl("Plec$", names(tabelki)[ind])) {
    naglowek = paste0(naglowek, " w podziale na płcie.")
  }

  n = ustaw_naglowek_tabeli(naglowek)
  #cat(pander_table(tabelki[[ind]]))
  print(kable_table(tabelki[[ind]], n))
  cat("\n\n")
}

# cat("\n\\section{Modele EWD}\\label{Modele-EWD}\n")

for (ind in seq_along(modele)) {
  nazwaModelu = names(modele)[ind]

  cat("\n\n\\pagebreak\n\n")
  cat(paste0("\n\\section{Model EWD ", tytuly[nazwaModelu],
             "}\\label{", nazwaModelu, "}\n"))

  plik = c(paste0(folderWskazniki, "porownanie ",
                  sub("^m[lt]", "m_", nazwaModelu), ".txt"),
           paste0(folderWskazniki, "porownanie ", typSzkoly, ".txt"))
  plik = plik[file.exists(plik)]
  if (length(plik) == 1) {
    porownania = parsuj_plik_porownanie(plik, encoding = encoding)
  } else {
    stop("Nie udało się otworzyć pliku z porównaniem modeli dla modelu ",
         nazwaModelu, ".")
  }

  if ("linkTest" %in% names(porownania)) {
    n = ustaw_naglowek_tabeli(paste0("Linktest modeli ", modelu[nazwaModelu], "."))
    #pander_table(porownania$linkTest)
    print(kable_table(porownania$linkTest, n))
  }
  if ("czyRosnaca" %in% names(porownania)) {
    n = ustaw_naglowek_tabeli(paste0("Monotoniczność funkcji przewidywania modeli ",
                                     modelu[nazwaModelu], "."))
    #pander_table(porownania$czyRosnaca)
    print(kable_table(porownania$czyRosnaca, n))
  }
  if ("statystyki" %in% names(porownania)) {
    n = ustaw_naglowek_tabeli(paste0("Statystyki dopasowania modeli ",
                                     modelu[nazwaModelu], "."))
    #pander_table(porownania$statystyki)
    print(kable_table(porownania$statystyki, n))
  }
  if ("parametry" %in% names(porownania)) {
    n = ustaw_naglowek_tabeli(paste0("Statystyki dopasowania modeli ",
                                     modelu[nazwaModelu], "."))
    #pander_table(porownania$parametry)
    print(kable_table(porownania$parametry, n))
  }

  plikiRysunki = list.files(folderRysunki, pattern = "[.]png")
  plikiRysunki = 
    plikiRysunki[grepl("_stopien[[:digit:]]_", plikiRysunki) &
                   grepl(paste0(sub("^m[lt]", "m_", nazwaModelu),
                                "_(sum|norm|irt)"), plikiRysunki)]
  stopnie = sort(unique(gsub("^.*_stopien([[:digit:]])_.*$", "\\1", plikiRysunki)))
  lataWy = gsub("^.*_rok_[sgm]([[:digit:]]{1,4})_.*$", "\\1", plikiRysunki)
  lataWy = sort(unique(lataWy[lataWy != plikiRysunki]))
  if (length(lataWy) == 0) {
    lataWy = ""
  }
  wydl = sort(unique(gsub("^.*_wydl([[:digit:]]).*$", "\\1", plikiRysunki)))

  resetPageBreak(1);
  for (st in stopnie) {
    cat(paste0("\n\\subsection{Wielomian ", st, "-ego stopnia dla modelu ",
               modelu[nazwaModelu], "}\\label{StopienWielomianu-", st, ",",
               nazwaModelu, "}\n"))
    for (strRok in lataWy) {
      rysunki = plikiRysunki[grepl(paste0("_stopien", st, "_"), plikiRysunki)]
      if (length(rysunki) > 2) {
        rysunki = rysunki[grepl(paste0("_rok_[sgm]", strRok, "_"), rysunki)]
        if (length(rysunki) != 2) {
          stop("Sprawdź liczbę plików z wykresami stopnia wielomianu. (", nazwaModelu, ")")
        }
      } else if (length(rysunki) != 2) {
        stop("Sprawdź liczbę plików z wykresami stopnia wielomianu. (", nazwaModelu, ")")
      }
      rysunki = paste0(folderRysunki, sub(".png", "", rysunki))
      temp = paste0("Diagnostyka dopasowania wielomianu ",
                    st, "-ego stopnia dla modelu ",
                    modelu[nazwaModelu],
                    ifelse(strRok == "", ".",
                           paste0(", ", rocznik[[strRok]],
                                  " rocznik w ramach analizowanego okresu.")))
      znacznikiTabeliRysunkow = list(Przypis = daj_naglowek_wykresu(temp),
                                     Plik1 = rysunki[1],
                                     Plik2 = rysunki[2])
      cat("\n", drukuj_szablon(plikSzablonuTex = szablon2rysunki,
                               znaczniki = znacznikiTabeliRysunkow))
      printPageBreak()
    }
  }

  cat(paste0("\n\\subsection{Podsumowanie modelu ",
             modelu[nazwaModelu], "}\\label{Podsumowanie-,",
             nazwaModelu, "}\n"))

  if ("lm" %in% class(modele[[ind]])) {
    schowek = suppressWarnings(przygotuj_do_schowka_es(modele[[ind]], FALSE))
  } else if ("lmerMod" %in% class(modele[[ind]])) {
    schowek = suppressWarnings(przygotuj_do_schowka_me(modele[[ind]], FALSE))
  } else {
    stop("Model nieobsługiwanej klasy: '",
         paste0(class(modele[[ind]]), collapse = "', '"), "'. (", nazwaModelu, ")")
  }

  n = ustaw_naglowek_tabeli("Statystyki dopasowania modelu EWD.")
  if ("dopasowanie" %in% names(schowek)) {
    schowek$AICtab = as.data.frame(as.list(schowek$dopasowanie),
                                   check.names = FALSE)
  }
  #pander(schowek$AICtab)
  print(kable_table(schowek$AICtab, n))
  cat("\n\n")

  if ("efLos" %in% names(schowek)) {
    n = ustaw_naglowek_tabeli("Dekompozycja wariancji modelu EWD.")
    schowek$efLos[, 2] =
      sub("(Intercept)", "stała", schowek$efLos[, 2], fixed = TRUE)
    # pander(schowek$efLos,
    #        justify = ifelse(sapply(schowek$efLos, class) == "numeric",
    #                         "right", "left"))
    print(kable_table(schowek$efLos, n))
    cat("\n\n")
  }

  n = ustaw_naglowek_tabeli(paste0("Parametry efektów stałych modelu ",
                                   modelu[nazwaModelu], "."))
  schowek$efSt[, 1] = gsub("(Intercept)", "(stała)", schowek$efSt[, 1],
                           fixed = TRUE)
  schowek$efSt[, 1] = gsub(", raw = TRUE", "", schowek$efSt[, 1])
  schowek$efSt[, 1] = gsub("poly[(]([^,]+),[ ]*[[:digit:]][)]([[:digit:]])", "(\\1^\\2)",
                           schowek$efSt[, 1])
  schowek$efSt[, 1] = gsub("I(", "(", schowek$efSt[, 1], fixed = TRUE)
  schowek$efSt[, 1] = gsub("pleckobieta", "płeć: kobieta", schowek$efSt[, 1])
  schowek$efSt[, 1] = gsub("dysleksja_mtak", "dysleksja matura", schowek$efSt[, 1])
  schowek$efSt[, 1] = gsub("dysleksja_gtak", "dysleksja egz. gimn.", schowek$efSt[, 1])
  schowek$efSt[, 1] = gsub("dysleksja_gtak", "dysleksja spr.", schowek$efSt[, 1])
  schowek$efSt[, 1] = gsub("wydl([[:digit:]])", "wydłużona nauka:\\1", schowek$efSt[, 1])
  schowek$efSt = schowek$efSt[, -ncol(schowek$efSt) + 0:1]
  colnames(schowek$efSt) = c("Zmienna", "Wartość", "Odch. Std.",
                             "Statystyka t", "Istotność")[1:ncol(schowek$efSt)]
  #pander_table(schowek$efSt)
  print(kable_table(schowek$efSt, n))
  cat("\n\n")

  rysunki = list.files(folderRysunki, pattern = "[.]png")
  rysunki = 
    rysunki[grepl(paste0("_", typSzkoly, "_[[:digit:]]{4}"), rysunki) &
              grepl(paste0("_", sub("^m[lt]", "m_", nazwaModelu),
                           "_(homo|norm|reszty|przew)"), rysunki)]
  rysunki = paste0(folderRysunki, gsub(".png", "", rysunki))
  if (length(rysunki) == 0) {
    stop("Sprawdź nazwy plików z wykresami diagnostyki. (", nazwaModelu, ")")
  }

  temp = paste0("Wykresy diagnostyczne modelu ", modelu[nazwaModelu], ".")
  znacznikiTabeliRysunkow =
    list(Przypis = daj_naglowek_wykresu(temp),
         Plik1 = rysunki[grep("reszty_w_funkcji", rysunki)],
         Plik2 = rysunki[grep("homoscedatycznosc", rysunki)])
  # resetPageBreak(1);
  # printPageBreak();
  cat("\n", drukuj_szablon(plikSzablonuTex = szablon2rysunki,
                           znaczniki = znacznikiTabeliRysunkow))
  znacznikiTabeliRysunkow =
    list(Przypis = daj_naglowek_wykresu(temp),
         Plik1 = rysunki[grep("normalnosc_reszt", rysunki)])
  cat("\n", drukuj_szablon(plikSzablonuTex = szablon1rysunek,
                           znaczniki = znacznikiTabeliRysunkow))
  if (length(grep("przew_ef_los_w_funkcji", rysunki)) == 1 &
      length(grep("normalnosc_ef_los", rysunki)) == 1) {
    znacznikiTabeliRysunkow =
      list(Przypis = daj_naglowek_wykresu(temp),
           Plik1 = rysunki[grep("przew_ef_los_w_funkcji", rysunki)],
           Plik2 = rysunki[grep("normalnosc_ef_los", rysunki)])
    cat("\n", drukuj_szablon(plikSzablonuTex = szablon2rysunki,
                             znaczniki = znacznikiTabeliRysunkow))
  }

  rysunki = list.files(folderRysunki, pattern = "[.]png")
  rysunki = rysunki[grepl("panorama_EWD_", rysunki) &
                      grepl(paste0("_", nazwaModelu, "_[[:digit:]]{4}"), rysunki)]
  rysunki = paste0(folderRysunki, gsub(".png", "", rysunki))
  rysunki = rysunki[order(nchar(rysunki))]
  if (length(rysunki) != 2) {
    stop("Sprawdź liczbę plików z wykresami panoramy EWD. (", nazwaModelu, ")")
  }
  temp = paste0("Związki pomiędzy średnimi wynikami „na wyjściu” i „na wejściu” a EWD ",
                modelu[nazwaModelu], ".")
  znacznikiTabeliRysunkow =  list(Przypis = daj_naglowek_wykresu(temp),
                                  Plik1 = rysunki[1],
                                  Plik2 = rysunki[2])
  cat("\n", drukuj_szablon(plikSzablonuTex = szablon2rysunki,
                           znaczniki = znacznikiTabeliRysunkow))
  cat("\n\\pagebreak\n")
  cat("\n\\clearpage\n")
  }