In vguillemot/tidyViz: Package pour l'introduction à la visualisation en R

knitr::opts_chunk$set(
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Je me présente {.columns-2 .bigger}

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• Biostatisticien
• Intégration de données
• Machine Learning
• Cours de statistiques et de R

Quiz de bienvenue

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Au programme {.columns-2 .bigger}

Plutôt le matin

• Quiz de bienvenue
• dplyr : pour manipuler des données
• ggplot2 : pour les graphiques de base
• retour sur les couleurs dans R
• ggpubr pour combiner des graphes

Plutôt l'après-midi

• pheatmap : pour les cartes de chaleur et la classification hiérarchique
• Diagrammes de Venn et UpSet plots
• gggenes
• trackViewer::lolliplot
• Quiz de fin

Déroulement du cours

Pour favoriser l'interactivité de ce cours en distanciel, voici ce que je vous propose :

• Deux quiz (Kahoot, cf. programme)
• Des exercices réguliers
• Les étudiant·e·s sont sollicités régulièrement
• Tutoriels interactifs pour s'entraîner "à la maison"

Des données simples... pour moi

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Ressources

• Les feuilles de triche (EN) de
  • dplyr (EN)
  • ggplot2 (EN)
• La page STDHA sur les couleurs (FR)
• La page de ggpubr (EN)
• La vignette de gggenes (EN)
• La vignette de trackViewer (EN)
• R pour les débutants d'Emmanuel Paradis (FR)

moRe ! {.columns-2 .smaller}

• Livre R for Data Science : https://r4ds.had.co.nz/
• Livre R Cookbook : https://rc2e.com/
• Livre Modern Data Science with R : https://mdsr-book.github.io/mdsr2e/
• Livre Computational Genomics with R : https://compgenomr.github.io/book/
• Livre ggplot2: elegant graphics for data analysis : https://ggplot2-book.org/index.html
• Site de référence ggplot2 : https://ggplot2.tidyverse.org/reference/
• Extensions ggplot2 : https://exts.ggplot2.tidyverse.org/gallery/

• A ggplot2 Tutorial for Beautiful Plotting in R : https://www.cedricscherer.com/2019/08/05/a-ggplot2-tutorial-for-beautiful-plotting-in-r/
• Package R patchwork : https://github.com/thomasp85/patchwork
• Livre Circular Visualization in R : https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/
• Livre ComplexHeatmap : https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/
• Palettes de couleurs : https://github.com/EmilHvitfeldt/r-color-palettes

RNA-Seq {.columns-2 .bigger}

• Chaine YouTube StatQuest
• Site DoItYourself Transcriptomics : https://diytranscriptomics.com/
• Site RNA-Seqlopedia : https://rnaseq.uoregon.edu/

• Selecting between-sample RNA-Seq normalization methods from the perspective of their assumptions (Evans 2017) :

vguillemot/tidyViz documentation built on Dec. 23, 2021, 3:09 p.m.