In vguillemot/tidyViz: Package pour l'introduction à la visualisation en R

knitr::opts_chunk$set(
  collapse = TRUE,
  comment = "#>",
  echo = TRUE
)
library(ggplot2)

Avant toutes choses

Nous aurons besoin des packages gggenes et trackViewer :

• Vérifier que les packages gggenes et trackViewer sont bien installés
• Si non, les installer, puis les charger

Attention ! Vous trouverez gggenes sur le CRAN et trackViewer sur Bioconductor !

library(gggenes)
library(trackViewer)

gggenes

Le package

1. Installer le package : install.packages("gggenes")
2. Charger le package : library(gggenes)
3. Consulter l'aide : ?gggenes
4. Consulter la vignette : vignette("introduction-to-gggenes", package = "gggenes")

Les données d'exemple

head(example_genes)

Représenter des "gènes" le long d'un génome

ggplot(example_genes,
       aes(xmin = start,
           xmax = end,
           y = molecule,
           fill = gene)) +
  geom_gene_arrow() +
  facet_wrap( ~ molecule, 
              scales = "free", 
              ncol = 1) +
  scale_fill_brewer(palette = "Set3") +
  theme_genes()

Représenter des "gènes" le long d'un génome

ggplot(example_genes,
       aes(xmin = start,
           xmax = end,
           y = molecule,
           fill = gene)) +
  geom_gene_arrow() +
  facet_wrap( ~ molecule, 
              scales = "free", 
              ncol = 1) +
  scale_fill_brewer(palette = "Set3") +
  theme_genes()

trackViewer

Le package

1. Installer le package : BiocManager::install("trackViewer")
2. Charger le package : library(trackViewer)
3. Consulter l'aide : ?trackViewer
4. Consulter la-les vignette-s : browseVignettes("trackViewer")
5. Faire attention aux mises à jour !

Exemple

Pour les besoins de l'exemple, j'ai sauvegardé des données de méthylation dans le package du cours. On peut les charger comme ceci :

data("methy", package = "tidyViz")
data("features", package = "tidyViz")
data("gr", package = "tidyViz")

Représenter des sites de méthylation

lolliplot(methy, features, ranges=gr)

Représenter des sites de méthylation

dandelion.plot(methy, features, ranges=gr)

vguillemot/tidyViz documentation built on Dec. 23, 2021, 3:09 p.m.