f: FuMa object
In yhoogstrate/FuMaR: FusionMatcher (R wrapper)
Usage
1
data("f")
Format
The format is:
List of 6
$ binary : chr "fuma"
$ egm : logi FALSE
$ strand_specific_matching: logi FALSE
$ datasets :List of 3
..$ :List of 2
.. ..$ :Formal class 'fSet' [package "chimera"] with 4 slots
.. .. .. ..@ fusionInfo:List of 7
.. .. .. .. ..$ fusionTool : chr "deFuse"
.. .. .. .. ..$ UniqueCuttingPositionCount: chr "0"
.. .. .. .. ..$ SeedCount : chr "11"
.. .. .. .. ..$ RescuedCount : chr "0"
.. .. .. .. ..$ SplicePattern : chr "-"
.. .. .. .. ..$ FusionGene : chr "MT-ND5->J01415.25"
.. .. .. .. ..$ frameShift : chr "-"
.. .. .. ..@ fusionLoc :Formal class 'GRangesList' [package "GenomicRanges"] with 5 slots
.. .. .. .. .. ..@ unlistData :Formal class 'GRanges' [package "GenomicRanges"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 1 level "chrMT": 1
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'IRanges' [package "IRanges"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int [1:2] 13868 8407
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int [1:2] 139 153
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": 1
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData :List of 5
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownGene : chr [1:2] "MT-ND5" "J01415.25"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscript : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownExonNumber : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscriptStrand : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ FusionJunctionSequence: chr [1:2] "TAAAATAAAATCCCCACTATGCACATTTTATTTCTCCAACATACTCGGATTCTACCCTAGCATCACACACCGCACAATCCCCTATCTAGGCCTTCTTACGAGCCAAAACCTGCCCCTACTCCTCCTA"| __truncated__ "CCCCATACTCCTTACACTATTCCTCATCACCCAACTAAAAATATTAAACACAAACTACCACCTACCTCCCTCACCAAAGCCCATAAAAATAAAAAATTATAACAAACCCTGAGAACCAAAATGAACG"| __truncated__
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr "chrMT"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr NA
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2
.. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ partitioning :Formal class 'PartitioningByEnd' [package "IRanges"] with 5 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ end : int [1:2] 1 2
.. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : chr [1:2] "gene1" "gene2"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "GRanges"
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. ..@ fusionRNA :Formal class 'DNAStringSet' [package "Biostrings"] with 5 slots
.. .. .. .. .. ..@ pool :Formal class 'SharedRaw_Pool' [package "XVector"] with 2 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ xp_list : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ .link_to_cached_object_list: list()
.. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'GroupedIRanges' [package "XVector"] with 7 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ group : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "DNAString"
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. ..@ fusionGA :Formal class 'GAlignments' [package "GenomicAlignments"] with 8 slots
.. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 0 levels:
.. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ start : int(0)
.. .. .. .. .. ..@ cigar : chr(0)
.. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*":
.. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr(0)
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. ..$ :Formal class 'fSet' [package "chimera"] with 4 slots
.. .. .. ..@ fusionInfo:List of 7
.. .. .. .. ..$ fusionTool : chr "deFuse"
.. .. .. .. ..$ UniqueCuttingPositionCount: chr "0"
.. .. .. .. ..$ SeedCount : chr "99"
.. .. .. .. ..$ RescuedCount : chr "0"
.. .. .. .. ..$ SplicePattern : chr "-"
.. .. .. .. ..$ FusionGene : chr "MT-ND4->MT-ND2"
.. .. .. .. ..$ frameShift : chr "-"
.. .. .. ..@ fusionLoc :Formal class 'GRangesList' [package "GenomicRanges"] with 5 slots
.. .. .. .. .. ..@ unlistData :Formal class 'GRanges' [package "GenomicRanges"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 1 level "chrMT": 1
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'IRanges' [package "IRanges"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int [1:2] 11483 5320
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int [1:2] 224 66
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": 1
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData :List of 5
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownGene : chr [1:2] "MT-ND4" "MT-ND2"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscript : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownExonNumber : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscriptStrand : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ FusionJunctionSequence: chr [1:2] "GTATAATACGCCTCACACTCATTCTCAACCCCCTGACAAAACACATAGCCTACCCCTTCCTTGTACTATCCCTATGAGGCATAATTATAACAAGCTCCATCTGCCTACGACAAACAGACCTAAAATC"| __truncated__ "CCATCACCCTCCTTAACCTCTACTTCTACCTACGCCTAATCTACTCCACCTCAATCACACTACTC"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr "chrMT"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr NA
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2
.. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ partitioning :Formal class 'PartitioningByEnd' [package "IRanges"] with 5 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ end : int [1:2] 1 2
.. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : chr [1:2] "gene1" "gene2"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "GRanges"
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. ..@ fusionRNA :Formal class 'DNAStringSet' [package "Biostrings"] with 5 slots
.. .. .. .. .. ..@ pool :Formal class 'SharedRaw_Pool' [package "XVector"] with 2 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ xp_list : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ .link_to_cached_object_list: list()
.. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'GroupedIRanges' [package "XVector"] with 7 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ group : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "DNAString"
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. ..@ fusionGA :Formal class 'GAlignments' [package "GenomicAlignments"] with 8 slots
.. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 0 levels:
.. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ start : int(0)
.. .. .. .. .. ..@ cigar : chr(0)
.. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*":
.. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr(0)
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
..$ :List of 2
.. ..$ :Formal class 'fSet' [package "chimera"] with 4 slots
.. .. .. ..@ fusionInfo:List of 7
.. .. .. .. ..$ fusionTool : chr "deFuse"
.. .. .. .. ..$ UniqueCuttingPositionCount: chr "0"
.. .. .. .. ..$ SeedCount : chr "99"
.. .. .. .. ..$ RescuedCount : chr "0"
.. .. .. .. ..$ SplicePattern : chr "-"
.. .. .. .. ..$ FusionGene : chr "MT-ND4->MT-ND2"
.. .. .. .. ..$ frameShift : chr "-"
.. .. .. ..@ fusionLoc :Formal class 'GRangesList' [package "GenomicRanges"] with 5 slots
.. .. .. .. .. ..@ unlistData :Formal class 'GRanges' [package "GenomicRanges"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 1 level "chrMT": 1
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'IRanges' [package "IRanges"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int [1:2] 11483 5320
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int [1:2] 224 66
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": 1
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData :List of 5
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownGene : chr [1:2] "MT-ND4" "MT-ND2"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscript : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownExonNumber : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscriptStrand : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ FusionJunctionSequence: chr [1:2] "GTATAATACGCCTCACACTCATTCTCAACCCCCTGACAAAACACATAGCCTACCCCTTCCTTGTACTATCCCTATGAGGCATAATTATAACAAGCTCCATCTGCCTACGACAAACAGACCTAAAATC"| __truncated__ "CCATCACCCTCCTTAACCTCTACTTCTACCTACGCCTAATCTACTCCACCTCAATCACACTACTC"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr "chrMT"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr NA
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2
.. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ partitioning :Formal class 'PartitioningByEnd' [package "IRanges"] with 5 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ end : int [1:2] 1 2
.. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : chr [1:2] "gene1" "gene2"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "GRanges"
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. ..@ fusionRNA :Formal class 'DNAStringSet' [package "Biostrings"] with 5 slots
.. .. .. .. .. ..@ pool :Formal class 'SharedRaw_Pool' [package "XVector"] with 2 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ xp_list : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ .link_to_cached_object_list: list()
.. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'GroupedIRanges' [package "XVector"] with 7 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ group : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "DNAString"
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. ..@ fusionGA :Formal class 'GAlignments' [package "GenomicAlignments"] with 8 slots
.. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 0 levels:
.. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ start : int(0)
.. .. .. .. .. ..@ cigar : chr(0)
.. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*":
.. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr(0)
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. ..$ :Formal class 'fSet' [package "chimera"] with 4 slots
.. .. .. ..@ fusionInfo:List of 7
.. .. .. .. ..$ fusionTool : chr "deFuse"
.. .. .. .. ..$ UniqueCuttingPositionCount: chr "0"
.. .. .. .. ..$ SeedCount : chr "2"
.. .. .. .. ..$ RescuedCount : chr "0"
.. .. .. .. ..$ SplicePattern : chr "-"
.. .. .. .. ..$ FusionGene : chr "SCNN1A->TNFRSF1A"
.. .. .. .. ..$ frameShift : chr "-"
.. .. .. ..@ fusionLoc :Formal class 'GRangesList' [package "GenomicRanges"] with 5 slots
.. .. .. .. .. ..@ unlistData :Formal class 'GRanges' [package "GenomicRanges"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 1 level "chr12": 1
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'IRanges' [package "IRanges"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int [1:2] 6457765 6443410
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int [1:2] 129 117
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData :List of 5
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownGene : chr [1:2] "SCNN1A" "TNFRSF1A"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscript : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownExonNumber : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscriptStrand : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ FusionJunctionSequence: chr [1:2] "TGGGTCTTCCAGATGCTATCGCGACAGAACAATTACACCGTCAACAACAAGAGAAATGGAGTGGCCAAAGTCAACATCTTCTTCAAGGAGCTGAACTACAAAACCAATTCTGAGTCTCCCTCTGTCA"| __truncated__ "GGTGCTCCTGGAGCTGTTGGTGGGAATATACCCCTCAGGGGTTATTGGACTGGTCCCTCACCTAGGGGACAGGGAGAAGAGAGATAGTGTGTGTCCCCAAGGAAAATATATCCACC"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr "chr12"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr NA
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2
.. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ partitioning :Formal class 'PartitioningByEnd' [package "IRanges"] with 5 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ end : int [1:2] 1 2
.. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : chr [1:2] "gene1" "gene2"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "GRanges"
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. ..@ fusionRNA :Formal class 'DNAStringSet' [package "Biostrings"] with 5 slots
.. .. .. .. .. ..@ pool :Formal class 'SharedRaw_Pool' [package "XVector"] with 2 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ xp_list : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ .link_to_cached_object_list: list()
.. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'GroupedIRanges' [package "XVector"] with 7 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ group : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "DNAString"
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. ..@ fusionGA :Formal class 'GAlignments' [package "GenomicAlignments"] with 8 slots
.. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 0 levels:
.. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ start : int(0)
.. .. .. .. .. ..@ cigar : chr(0)
.. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*":
.. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr(0)
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
..$ :List of 2
.. ..$ :Formal class 'fSet' [package "chimera"] with 4 slots
.. .. .. ..@ fusionInfo:List of 7
.. .. .. .. ..$ fusionTool : chr "deFuse"
.. .. .. .. ..$ UniqueCuttingPositionCount: chr "0"
.. .. .. .. ..$ SeedCount : chr "2"
.. .. .. .. ..$ RescuedCount : chr "0"
.. .. .. .. ..$ SplicePattern : chr "-"
.. .. .. .. ..$ FusionGene : chr "SCNN1A->TNFRSF1A"
.. .. .. .. ..$ frameShift : chr "-"
.. .. .. ..@ fusionLoc :Formal class 'GRangesList' [package "GenomicRanges"] with 5 slots
.. .. .. .. .. ..@ unlistData :Formal class 'GRanges' [package "GenomicRanges"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 1 level "chr12": 1
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'IRanges' [package "IRanges"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int [1:2] 6457765 6443410
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int [1:2] 129 117
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData :List of 5
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownGene : chr [1:2] "SCNN1A" "TNFRSF1A"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscript : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownExonNumber : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscriptStrand : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ FusionJunctionSequence: chr [1:2] "TGGGTCTTCCAGATGCTATCGCGACAGAACAATTACACCGTCAACAACAAGAGAAATGGAGTGGCCAAAGTCAACATCTTCTTCAAGGAGCTGAACTACAAAACCAATTCTGAGTCTCCCTCTGTCA"| __truncated__ "GGTGCTCCTGGAGCTGTTGGTGGGAATATACCCCTCAGGGGTTATTGGACTGGTCCCTCACCTAGGGGACAGGGAGAAGAGAGATAGTGTGTGTCCCCAAGGAAAATATATCCACC"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr "chr12"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr NA
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2
.. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ partitioning :Formal class 'PartitioningByEnd' [package "IRanges"] with 5 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ end : int [1:2] 1 2
.. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : chr [1:2] "gene1" "gene2"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "GRanges"
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. ..@ fusionRNA :Formal class 'DNAStringSet' [package "Biostrings"] with 5 slots
.. .. .. .. .. ..@ pool :Formal class 'SharedRaw_Pool' [package "XVector"] with 2 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ xp_list : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ .link_to_cached_object_list: list()
.. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'GroupedIRanges' [package "XVector"] with 7 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ group : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "DNAString"
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. ..@ fusionGA :Formal class 'GAlignments' [package "GenomicAlignments"] with 8 slots
.. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 0 levels:
.. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ start : int(0)
.. .. .. .. .. ..@ cigar : chr(0)
.. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*":
.. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr(0)
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. ..$ :Formal class 'fSet' [package "chimera"] with 4 slots
.. .. .. ..@ fusionInfo:List of 7
.. .. .. .. ..$ fusionTool : chr "deFuse"
.. .. .. .. ..$ UniqueCuttingPositionCount: chr "0"
.. .. .. .. ..$ SeedCount : chr "4"
.. .. .. .. ..$ RescuedCount : chr "0"
.. .. .. .. ..$ SplicePattern : chr "-"
.. .. .. .. ..$ FusionGene : chr "HGSNAT->RP11-428L9.1"
.. .. .. .. ..$ frameShift : chr "-"
.. .. .. ..@ fusionLoc :Formal class 'GRangesList' [package "GenomicRanges"] with 5 slots
.. .. .. .. .. ..@ unlistData :Formal class 'GRanges' [package "GenomicRanges"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 2 levels "chr8","chr10": 1 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int [1:2] 1 1
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'IRanges' [package "IRanges"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int [1:2] 43035429 8925081
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int [1:2] 123 93
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": 1
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData :List of 5
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownGene : chr [1:2] "HGSNAT" "RP11-428L9.1"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscript : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownExonNumber : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscriptStrand : logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ FusionJunctionSequence: chr [1:2] "TAGGAAGTGAGGAGCGTCTCTGCCCGGCCGCCCATCGTCTGAGATGTGGGGAGCACCTCTGCCCCGCCGCCCTGTCTGGGATGTGAGGAGTGCCTCTGCTGGGCCGCAGCCCTGTCTGGGAG" "AAAGAAGGTGATTAATTCTGCCTAAGTTCGACACGATCCCATGAGACGACCCTGCCATCCAGAGAAGCACAATCTTCAGCCTTCAAGACACT"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr [1:2] "chr8" "chr10"
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr [1:2] NA NA
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2
.. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ partitioning :Formal class 'PartitioningByEnd' [package "IRanges"] with 5 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ end : int [1:2] 1 2
.. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : chr [1:2] "gene1" "gene2"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "GRanges"
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. ..@ fusionRNA :Formal class 'DNAStringSet' [package "Biostrings"] with 5 slots
.. .. .. .. .. ..@ pool :Formal class 'SharedRaw_Pool' [package "XVector"] with 2 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ xp_list : list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ .link_to_cached_object_list: list()
.. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'GroupedIRanges' [package "XVector"] with 7 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ group : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "DNAString"
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. ..@ fusionGA :Formal class 'GAlignments' [package "GenomicAlignments"] with 8 slots
.. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 0 levels:
.. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ start : int(0)
.. .. .. .. .. ..@ cigar : chr(0)
.. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*":
.. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list()
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
.. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi(0)
.. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr(0)
.. .. .. .. .. ..@ metadata : list()
$ dataset_names : chr [1:3] "Example dataset 1" "Example dataset 2" "Example dataset 3"
$ dataset_exported_files : NULL
- attr(*, "class")= chr [1:2] "list" "FuMa"
Examples
1
2
yhoogstrate/FuMaR documentation built on May 4, 2019, 2:33 p.m.
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Usage
1 | data("f")
|
Format
The format is: List of 6 $ binary : chr "fuma" $ egm : logi FALSE $ strand_specific_matching: logi FALSE $ datasets :List of 3 ..$ :List of 2 .. ..$ :Formal class 'fSet' [package "chimera"] with 4 slots .. .. .. ..@ fusionInfo:List of 7 .. .. .. .. ..$ fusionTool : chr "deFuse" .. .. .. .. ..$ UniqueCuttingPositionCount: chr "0" .. .. .. .. ..$ SeedCount : chr "11" .. .. .. .. ..$ RescuedCount : chr "0" .. .. .. .. ..$ SplicePattern : chr "-" .. .. .. .. ..$ FusionGene : chr "MT-ND5->J01415.25" .. .. .. .. ..$ frameShift : chr "-" .. .. .. ..@ fusionLoc :Formal class 'GRangesList' [package "GenomicRanges"] with 5 slots .. .. .. .. .. ..@ unlistData :Formal class 'GRanges' [package "GenomicRanges"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 1 level "chrMT": 1 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'IRanges' [package "IRanges"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int [1:2] 13868 8407 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int [1:2] 139 153 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": 1 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData :List of 5 .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownGene : chr [1:2] "MT-ND5" "J01415.25" .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscript : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownExonNumber : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscriptStrand : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ FusionJunctionSequence: chr [1:2] "TAAAATAAAATCCCCACTATGCACATTTTATTTCTCCAACATACTCGGATTCTACCCTAGCATCACACACCGCACAATCCCCTATCTAGGCCTTCTTACGAGCCAAAACCTGCCCCTACTCCTCCTA"| __truncated__ "CCCCATACTCCTTACACTATTCCTCATCACCCAACTAAAAATATTAAACACAAACTACCACCTACCTCCCTCACCAAAGCCCATAAAAATAAAAAATTATAACAAACCCTGAGAACCAAAATGAACG"| __truncated__ .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr "chrMT" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr NA .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2 .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ partitioning :Formal class 'PartitioningByEnd' [package "IRanges"] with 5 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ end : int [1:2] 1 2 .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : chr [1:2] "gene1" "gene2" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "GRanges" .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. ..@ fusionRNA :Formal class 'DNAStringSet' [package "Biostrings"] with 5 slots .. .. .. .. .. ..@ pool :Formal class 'SharedRaw_Pool' [package "XVector"] with 2 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ xp_list : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ .link_to_cached_object_list: list() .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'GroupedIRanges' [package "XVector"] with 7 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ group : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "DNAString" .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. ..@ fusionGA :Formal class 'GAlignments' [package "GenomicAlignments"] with 8 slots .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 0 levels: .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ start : int(0) .. .. .. .. .. ..@ cigar : chr(0) .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 0 .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr(0) .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. ..$ :Formal class 'fSet' [package "chimera"] with 4 slots .. .. .. ..@ fusionInfo:List of 7 .. .. .. .. ..$ fusionTool : chr "deFuse" .. .. .. .. ..$ UniqueCuttingPositionCount: chr "0" .. .. .. .. ..$ SeedCount : chr "99" .. .. .. .. ..$ RescuedCount : chr "0" .. .. .. .. ..$ SplicePattern : chr "-" .. .. .. .. ..$ FusionGene : chr "MT-ND4->MT-ND2" .. .. .. .. ..$ frameShift : chr "-" .. .. .. ..@ fusionLoc :Formal class 'GRangesList' [package "GenomicRanges"] with 5 slots .. .. .. .. .. ..@ unlistData :Formal class 'GRanges' [package "GenomicRanges"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 1 level "chrMT": 1 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'IRanges' [package "IRanges"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int [1:2] 11483 5320 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int [1:2] 224 66 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": 1 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData :List of 5 .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownGene : chr [1:2] "MT-ND4" "MT-ND2" .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscript : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownExonNumber : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscriptStrand : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ FusionJunctionSequence: chr [1:2] "GTATAATACGCCTCACACTCATTCTCAACCCCCTGACAAAACACATAGCCTACCCCTTCCTTGTACTATCCCTATGAGGCATAATTATAACAAGCTCCATCTGCCTACGACAAACAGACCTAAAATC"| __truncated__ "CCATCACCCTCCTTAACCTCTACTTCTACCTACGCCTAATCTACTCCACCTCAATCACACTACTC" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr "chrMT" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr NA .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2 .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ partitioning :Formal class 'PartitioningByEnd' [package "IRanges"] with 5 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ end : int [1:2] 1 2 .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : chr [1:2] "gene1" "gene2" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "GRanges" .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. ..@ fusionRNA :Formal class 'DNAStringSet' [package "Biostrings"] with 5 slots .. .. .. .. .. ..@ pool :Formal class 'SharedRaw_Pool' [package "XVector"] with 2 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ xp_list : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ .link_to_cached_object_list: list() .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'GroupedIRanges' [package "XVector"] with 7 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ group : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "DNAString" .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. ..@ fusionGA :Formal class 'GAlignments' [package "GenomicAlignments"] with 8 slots .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 0 levels: .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ start : int(0) .. .. .. .. .. ..@ cigar : chr(0) .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 0 .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr(0) .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() ..$ :List of 2 .. ..$ :Formal class 'fSet' [package "chimera"] with 4 slots .. .. .. ..@ fusionInfo:List of 7 .. .. .. .. ..$ fusionTool : chr "deFuse" .. .. .. .. ..$ UniqueCuttingPositionCount: chr "0" .. .. .. .. ..$ SeedCount : chr "99" .. .. .. .. ..$ RescuedCount : chr "0" .. .. .. .. ..$ SplicePattern : chr "-" .. .. .. .. ..$ FusionGene : chr "MT-ND4->MT-ND2" .. .. .. .. ..$ frameShift : chr "-" .. .. .. ..@ fusionLoc :Formal class 'GRangesList' [package "GenomicRanges"] with 5 slots .. .. .. .. .. ..@ unlistData :Formal class 'GRanges' [package "GenomicRanges"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 1 level "chrMT": 1 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'IRanges' [package "IRanges"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int [1:2] 11483 5320 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int [1:2] 224 66 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": 1 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData :List of 5 .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownGene : chr [1:2] "MT-ND4" "MT-ND2" .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscript : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownExonNumber : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscriptStrand : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ FusionJunctionSequence: chr [1:2] "GTATAATACGCCTCACACTCATTCTCAACCCCCTGACAAAACACATAGCCTACCCCTTCCTTGTACTATCCCTATGAGGCATAATTATAACAAGCTCCATCTGCCTACGACAAACAGACCTAAAATC"| __truncated__ "CCATCACCCTCCTTAACCTCTACTTCTACCTACGCCTAATCTACTCCACCTCAATCACACTACTC" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr "chrMT" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr NA .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2 .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ partitioning :Formal class 'PartitioningByEnd' [package "IRanges"] with 5 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ end : int [1:2] 1 2 .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : chr [1:2] "gene1" "gene2" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "GRanges" .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. ..@ fusionRNA :Formal class 'DNAStringSet' [package "Biostrings"] with 5 slots .. .. .. .. .. ..@ pool :Formal class 'SharedRaw_Pool' [package "XVector"] with 2 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ xp_list : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ .link_to_cached_object_list: list() .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'GroupedIRanges' [package "XVector"] with 7 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ group : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "DNAString" .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. ..@ fusionGA :Formal class 'GAlignments' [package "GenomicAlignments"] with 8 slots .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 0 levels: .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ start : int(0) .. .. .. .. .. ..@ cigar : chr(0) .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 0 .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr(0) .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. ..$ :Formal class 'fSet' [package "chimera"] with 4 slots .. .. .. ..@ fusionInfo:List of 7 .. .. .. .. ..$ fusionTool : chr "deFuse" .. .. .. .. ..$ UniqueCuttingPositionCount: chr "0" .. .. .. .. ..$ SeedCount : chr "2" .. .. .. .. ..$ RescuedCount : chr "0" .. .. .. .. ..$ SplicePattern : chr "-" .. .. .. .. ..$ FusionGene : chr "SCNN1A->TNFRSF1A" .. .. .. .. ..$ frameShift : chr "-" .. .. .. ..@ fusionLoc :Formal class 'GRangesList' [package "GenomicRanges"] with 5 slots .. .. .. .. .. ..@ unlistData :Formal class 'GRanges' [package "GenomicRanges"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 1 level "chr12": 1 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'IRanges' [package "IRanges"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int [1:2] 6457765 6443410 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int [1:2] 129 117 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData :List of 5 .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownGene : chr [1:2] "SCNN1A" "TNFRSF1A" .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscript : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownExonNumber : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscriptStrand : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ FusionJunctionSequence: chr [1:2] "TGGGTCTTCCAGATGCTATCGCGACAGAACAATTACACCGTCAACAACAAGAGAAATGGAGTGGCCAAAGTCAACATCTTCTTCAAGGAGCTGAACTACAAAACCAATTCTGAGTCTCCCTCTGTCA"| __truncated__ "GGTGCTCCTGGAGCTGTTGGTGGGAATATACCCCTCAGGGGTTATTGGACTGGTCCCTCACCTAGGGGACAGGGAGAAGAGAGATAGTGTGTGTCCCCAAGGAAAATATATCCACC" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr "chr12" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr NA .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2 .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ partitioning :Formal class 'PartitioningByEnd' [package "IRanges"] with 5 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ end : int [1:2] 1 2 .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : chr [1:2] "gene1" "gene2" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "GRanges" .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. ..@ fusionRNA :Formal class 'DNAStringSet' [package "Biostrings"] with 5 slots .. .. .. .. .. ..@ pool :Formal class 'SharedRaw_Pool' [package "XVector"] with 2 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ xp_list : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ .link_to_cached_object_list: list() .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'GroupedIRanges' [package "XVector"] with 7 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ group : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "DNAString" .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. ..@ fusionGA :Formal class 'GAlignments' [package "GenomicAlignments"] with 8 slots .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 0 levels: .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ start : int(0) .. .. .. .. .. ..@ cigar : chr(0) .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 0 .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr(0) .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() ..$ :List of 2 .. ..$ :Formal class 'fSet' [package "chimera"] with 4 slots .. .. .. ..@ fusionInfo:List of 7 .. .. .. .. ..$ fusionTool : chr "deFuse" .. .. .. .. ..$ UniqueCuttingPositionCount: chr "0" .. .. .. .. ..$ SeedCount : chr "2" .. .. .. .. ..$ RescuedCount : chr "0" .. .. .. .. ..$ SplicePattern : chr "-" .. .. .. .. ..$ FusionGene : chr "SCNN1A->TNFRSF1A" .. .. .. .. ..$ frameShift : chr "-" .. .. .. ..@ fusionLoc :Formal class 'GRangesList' [package "GenomicRanges"] with 5 slots .. .. .. .. .. ..@ unlistData :Formal class 'GRanges' [package "GenomicRanges"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 1 level "chr12": 1 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'IRanges' [package "IRanges"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int [1:2] 6457765 6443410 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int [1:2] 129 117 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData :List of 5 .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownGene : chr [1:2] "SCNN1A" "TNFRSF1A" .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscript : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownExonNumber : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscriptStrand : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ FusionJunctionSequence: chr [1:2] "TGGGTCTTCCAGATGCTATCGCGACAGAACAATTACACCGTCAACAACAAGAGAAATGGAGTGGCCAAAGTCAACATCTTCTTCAAGGAGCTGAACTACAAAACCAATTCTGAGTCTCCCTCTGTCA"| __truncated__ "GGTGCTCCTGGAGCTGTTGGTGGGAATATACCCCTCAGGGGTTATTGGACTGGTCCCTCACCTAGGGGACAGGGAGAAGAGAGATAGTGTGTGTCCCCAAGGAAAATATATCCACC" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr "chr12" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr NA .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2 .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ partitioning :Formal class 'PartitioningByEnd' [package "IRanges"] with 5 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ end : int [1:2] 1 2 .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : chr [1:2] "gene1" "gene2" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "GRanges" .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. ..@ fusionRNA :Formal class 'DNAStringSet' [package "Biostrings"] with 5 slots .. .. .. .. .. ..@ pool :Formal class 'SharedRaw_Pool' [package "XVector"] with 2 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ xp_list : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ .link_to_cached_object_list: list() .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'GroupedIRanges' [package "XVector"] with 7 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ group : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "DNAString" .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. ..@ fusionGA :Formal class 'GAlignments' [package "GenomicAlignments"] with 8 slots .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 0 levels: .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ start : int(0) .. .. .. .. .. ..@ cigar : chr(0) .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 0 .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr(0) .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. ..$ :Formal class 'fSet' [package "chimera"] with 4 slots .. .. .. ..@ fusionInfo:List of 7 .. .. .. .. ..$ fusionTool : chr "deFuse" .. .. .. .. ..$ UniqueCuttingPositionCount: chr "0" .. .. .. .. ..$ SeedCount : chr "4" .. .. .. .. ..$ RescuedCount : chr "0" .. .. .. .. ..$ SplicePattern : chr "-" .. .. .. .. ..$ FusionGene : chr "HGSNAT->RP11-428L9.1" .. .. .. .. ..$ frameShift : chr "-" .. .. .. ..@ fusionLoc :Formal class 'GRangesList' [package "GenomicRanges"] with 5 slots .. .. .. .. .. ..@ unlistData :Formal class 'GRanges' [package "GenomicRanges"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 2 levels "chr8","chr10": 1 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int [1:2] 1 1 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'IRanges' [package "IRanges"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int [1:2] 43035429 8925081 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int [1:2] 123 93 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": 1 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2 .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData :List of 5 .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownGene : chr [1:2] "HGSNAT" "RP11-428L9.1" .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscript : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownExonNumber : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ KnownTranscriptStrand : logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..$ FusionJunctionSequence: chr [1:2] "TAGGAAGTGAGGAGCGTCTCTGCCCGGCCGCCCATCGTCTGAGATGTGGGGAGCACCTCTGCCCCGCCGCCCTGTCTGGGATGTGAGGAGTGCCTCTGCTGGGCCGCAGCCCTGTCTGGGAG" "AAAGAAGGTGATTAATTCTGCCTAAGTTCGACACGATCCCATGAGACGACCCTGCCATCCAGAGAAGCACAATCTTCAGCCTTCAAGACACT" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr [1:2] "chr8" "chr10" .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr [1:2] NA NA .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 2 .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ partitioning :Formal class 'PartitioningByEnd' [package "IRanges"] with 5 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ end : int [1:2] 1 2 .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : chr [1:2] "gene1" "gene2" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "GRanges" .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. ..@ fusionRNA :Formal class 'DNAStringSet' [package "Biostrings"] with 5 slots .. .. .. .. .. ..@ pool :Formal class 'SharedRaw_Pool' [package "XVector"] with 2 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ xp_list : list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ .link_to_cached_object_list: list() .. .. .. .. .. ..@ ranges :Formal class 'GroupedIRanges' [package "XVector"] with 7 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ group : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ start : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ width : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "integer" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "DNAString" .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. ..@ fusionGA :Formal class 'GAlignments' [package "GenomicAlignments"] with 8 slots .. .. .. .. .. ..@ NAMES : NULL .. .. .. .. .. ..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 0 levels: .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ start : int(0) .. .. .. .. .. ..@ cigar : chr(0) .. .. .. .. .. ..@ strand :Formal class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": .. .. .. .. .. .. .. ..@ lengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "S4Vectors"] with 6 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ rownames : NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ nrows : int 0 .. .. .. .. .. .. .. ..@ listData : Named list() .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementType : chr "ANY" .. .. .. .. .. .. .. ..@ elementMetadata: NULL .. .. .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() .. .. .. .. .. ..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomeInfoDb"] with 4 slots .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqnames : chr(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ seqlengths : int(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ is_circular: logi(0) .. .. .. .. .. .. .. ..@ genome : chr(0) .. .. .. .. .. ..@ metadata : list() $ dataset_names : chr [1:3] "Example dataset 1" "Example dataset 2" "Example dataset 3" $ dataset_exported_files : NULL - attr(*, "class")= chr [1:2] "list" "FuMa"
Examples
1 2 |
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Embedding an R snippet on your website
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.