title: "Introduction au package ECPaysage
"
author: |
| Jean-Pierre Rossi
| INRA - CBGP, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations, Montpellier http://www6.montpellier.inra.fr/cbgp/
date: "r Sys.Date()
"
fontsize: 12pt
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%\VignetteIndexEntry{introduction_ecpaysage}
%\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
\usepackage[utf8]{inputenc}
ECPaysage
, versions de R et autres packages à installerLe package ECPaysage
doit être installé sur une version de R >= 3.2.2.
Il est également nécessaire d'avoir installé les packages suivants et leurs dépendances :
-mvtnorm
-RandomFields
-splancs
-FeedbackTS
-ape
-sp
-rgdal
-SDMTools
-maptools
-ade4
-raster
-gstat
-geoR
-R2jags
Pour R2jags
il est également nécessaire d'installer JAGS (http://mcmc-jags.sourceforge.net/, voir documentation du package R2jags
)
ECPaysage
n'est pas dépendant de ces packages au sens strict du terme mais ceux-ci seront utilisés au cours des TDs.
Par exemple sous R
tapez :
install.packages("nom du package", dependencies=TRUE)
ECPaysage
ECPaysage
contient des jeux de données qui seront utilisés durant les TD de l'école chercheur. Certains jeux de données sont accessibles avec la fonction data
d'autres sont stockés dans le dossier extdata
qui se trouve dans le répertoire d'installation de R
.
Chargez le package :
library(ECPaysage)
Par exemple tapez :
data(xy104pt)
xy104pt
est un objet de la classe SpatialPoints
(package sp
)
head(xy104pt)
Les données cartographiques ont été stockées dans leur format natif (geotiff, shapefile...) et peuvent être chargées avec les fonctions classiques de lecture de ces fichiers.
Les données sont contenues dans le dossier extdata
qui se trouve sur votre disque dur dans le dossier d'installation de R
. On y accède en suivant le chemin indiqué par la fonction system.file
Tapez le code suivant pour savoir où se trouve ce dossier :
system.file("extdata", package="ECPaysage")
Ce que vous lisez ci-dessus est le chemin vers le dossier sur la machine qui compile ce manuel, vous lisez certainement autre chose pour votre propre machine.
Pour lire un fichier contenu dans le dossier extdata
il faut connaître le chemin complet vers ce fichier. Par exemple, pour le fichier r.tif
la fonction system.file
indique :
system.file("extdata/r.tif", package="ECPaysage")
On peut lire ce fichier pour comme on le ferait pour n'importe quel autre fichier geotiff :
library(raster) r <- raster(system.file("extdata/r.tif", package="ECPaysage"))
r
est un objet de la classe RasterLayer
(package raster
)
r
plot(r)
ECPaysage contient une série de fichiers (liste ci-dessous) dont le shapefile contours
:
library(maptools) contours <- readShapeSpatial(system.file("extdata/contours.shp", package="ECPaysage")) contours
contours
est un objet de la class SpatialPolygonsDataFrame
(package sp
)
plot(contours)
RasterLayer
et SpatialPolygonsDataFrame
peuvent être superposés avec la fonction plot
de raster
:
plot(r, axes=F, addfun=plot(contours, add=TRUE), box=F)
ECPaysage
extdata/
r
est un raster de 528 par 841 pixel de résolution 50m. Le fichier décrit un paysage au nord de Montpellier (source IGN).
landuses:
1 : "Bati" 2 : "Broussailles" 3 : "Carriere decharge" 4 : "Eau libre" 5 : "Foret" 6 : "Prairie" 7 : "Rocher eboulis" 8 : "Sable gravier" 9 : "Vigne verger" 10 : "Zone d'activites"
ods_coteaux_2km_1_l93.tif
est un raster utilisé pour illustrer le fonctionnement du logiciel fragstat.
landuses:
0 : background 3 : cereale 4 : colza 5 : mais 6 : prairies 7 : proteol 8 : tournesol
Une série de 104 buffers circulaires de 600 m de rayon situés dans le raster r.
extdata/
Ce shapefile délimite le paysage décrit dans r.tif (voir plus haut).
data()
Tapez ?nom du jeu de données
pour afficher la description.
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