Introduction au package R ecpaysage2

In ecpaysage2: A set of R resources to teach landscape ecology, landscape analysis and spatial statistics

knitr::opts_chunk$set(fig.dpi = 96)
knitr::opts_chunk$set(fig.width=6, fig.height=6) 
rm(list=ls())

• 0-Introduction

• 1-Installation

• 2-Contenu

• 3-Fonctions

• 4-Données

• 5-Documentation

• 6-Ressources complémentaires

0-Introduction {#intro}

ecpaysage2 est un package R créé pour accompagner l'école chercheur Paysage et santé des plantes : Analyser, comprendre et modéliser les processus écologiques en jeu.

Il contient des jeux de données et d'autres ressources qui seront utilisées durant la formation.

Notez qu'ecpaysage2 doit être installé sur une version de R >= 3.2.2.

Il est également nécessaire d'avoir installé les packages suivants et leurs dépendances :

-mvtnorm

-RandomFields

-splancs

-FeedbackTS

-ape

-sp

-rgdal

-SDMTools

-maptools

-ade4

-raster

-gstat

-geoR

-sf

ECPaysage n'est pas dépendant de ces packages au sens strict du terme mais ceux-ci seront utilisés au cours des TDs, il est donc préférable d'installer ces ressources avant l'école pour ne pas avoir de problème.

Comment intaller un package ?

Sous R (c'est-à-dire dans la console) tapez :

install.packages("nom du package", dependencies=TRUE)

1-Installation du package ecpaysage2 {#install}

Le package vous a été distribué sous la forme d'un fichier "source" ecpaysage2_x.x.tar.gz

L'installation se fera donc "en local".

Dans R :

install.packages("...ecpaysage2_x.x.tar.gz", repos=NULL)

Sous linux :

```{bash, eval=FALSE} R CMD INSTALL ...ecpaysage2_x.x.tar.gz

où "...ecpaysage2_x.x.tar.gz" est le chemin complet vers le fichier ecpaysage2_x.x.tar.gz

## 2-Contenu {#contenu}

Le package contient de la documentation sous forme de fichier html (les fameuses vignettes ou "long-form documentation" de R et des jeux de données.

## 3- Fonctions {#fonctions}
`ecpaysage2` ne contient aucun fonction spécifique.

## 4-Données {#données}

### 4.1 Shape files

`ecpaysage2` contient plusieurs fichiers shapefiles dont un jeu de deux fichiers complémentaires 

- naizin_parcellaire_2013_L93.shp

- naizin_lineaire_2013_L93.shp

Il s'agit de données colectées par ... et ... [références biblio].

Les fichiers se trouvent dans le dossier d'installation du package sur votre machine.

On y accède de la façon suivnate :

```r

parcellairef <- paste(system.file(package="ecpaysage2"), '/extdata/', "naizin_parcellaire_2013_L93.shp", sep='')

lineairef <- paste(system.file(package="ecpaysage2"), '/extdata/', "naizin_lineaire_2013_L93.shp", sep='')

library(sf) ; library(maptools)

naizin.parcel <- sf::st_read(parcellairef)

naizin.haie <- sf::st_read(lineairef)

maptools::getinfo.shape(parcellairef)
unique(naizin.parcel$TYPE)

plot(naizin.parcel[,4], pal=c("orange","gold","springgreen1","darkolivegreen1", "darkviolet","brown1","snow","forestgreen","darkgrey","cadetblue1"), main="Type d'occupation du sol")

plot(naizin.parcel[,4], col="white") ; plot(naizin.haie, col="red", add=T, type="l", main="")

4.2 Rasters

Le package contient un ficher raster utilisé comme exemple dans les TD de l'école.

Comme dans le cas des shapefiles, il se trouve sur votre machine dans le dossier "extdata" associé au package ecpaysage2.

Tapez le code suivant pour savoir où se trouve ce dossier :

system.file("extdata", package="ecpaysage2")

Pour lire un fichier contenu dans le dossier extdata il faut connaître le chemin complet vers ce fichier. Par exemple, pour le fichier r.tif la fonction system.file indique :

system.file("extdata/r.tif", package="ecpaysage2")

On peut lire ce fichier comme on le fait pour n'importe quel autre fichier geotiff :

library(raster)
r <- raster(system.file("extdata/r.tif", package="ecpaysage2")) 

r est un objet de la classe RasterLayer (package raster)

r

plot(r)

ecpaysage2 contient une série de fichiers dont le shapefile contours :

library(maptools)
contours <- readShapeSpatial(system.file("extdata/contours.shp", package="ecpaysage2"))
contours

contours est un objet de la class SpatialPolygonsDataFrame (package sp)

plot(contours)

RasterLayer et SpatialPolygonsDataFrame peuvent être superposés avec la fonction plot de raster:

plot(r, axes=F, addfun=plot(contours, add=TRUE), box=F) 

5-Documentation {#documentation}

Le package contient un fichier de documentation sous la forme de vignette (traditionnelles sous R). On peut les consulter à partir de la console R :

library(ecpaysage2)
vignette(package="ecpaysage2")

ou plus directement :

vignette("ecpaysage2_intro") 

6-Ressources complémentaires {#ressources}

Le package landscapemetrics sorti récemment permet de calculer toute les métriques paysagères auparavant uniquement disponibles dans Fragstats.

install.packages(pkgs="landscapemetrics", dependencies=TRUE)

Le package landscapeR permet de simuler des paysages simples sous forme de rasters.

ecpaysage2 documentation built on May 28, 2019, 3 p.m.