mGSZ: Gene set analysis based on GSZ-scoring function and asymptotic p-value

Performs gene set analysis based on GSZ scoring function and asymptotic p-value. It is different from GSZ in that it implements asymptotic p-values instead of empirical p-values. Asymptotic p-values are calculated by fitting suitable distribution model to the null distribution. Unlike empirical p-values, resolution of asymptotic p-values are independent of the number of permutations and hence requires considerabely fewer permutations. In addition, this package allows gene set analysis with seven other popular gene set analysis methods.

Author
Pashupati Mishra, Petri Toronen
Date of publication
2014-02-17 12:18:46
Maintainer
Pashupati Mishra <pashupati.mishra@helsinki.fi>
License
GPL (>= 2)
Version
1.0

View on R-Forge

Man pages

calc.z.var_int
Internal mGSZ function
count.hyge.var.mean_int
Internal mGSZ function
count.prob.sum_int
Internal mGSZ function
diff.c.perm_int
Internal mGSZ function
diff.FC.perm_int
Internal mGSZ function
emp_int
Internal mGSZ function
emp.wrs_int
Internal WRS function
FC_int
Internal mGSZ function
flip_list_struct_int
Internal mGSZ function
geneSetsList
Convert gene set data in gmt file to R list
KS.p.values_int
Internal KS function
KS.score_int
Internal KS function
listTOclMatrix_int
Internal mGSZ function
log.ev.cdf_int
Internal mGSZ function
log.norm.cdf_int
Internal mGSZ function
mAllez.p.values_int
Internal mGSZ function
mGSA.p.values_int
Internal mGSZ function
mGSZ
Gene set analysis based on Gene Set Z-scoring function and...
mGSZ.adj.mean.std_int
Internal mGSZ function
mGSZ.p.values_int
Internal mGSZ function
mGSZ.test.score2_int
Internal mGSZ function
mGSZ.test.score4_int
Internal mGSZ function
mGSZ.test.score_int
Internal mGSZ function
mGSZ.test.score.stb2_int
Internal mGSZ function
mGSZ.test.score.stb3_int
Internal mGSZ function
mGSZ.test.score.stb4_int
Internal mGSZ function
pick.data.cols_int
Internal mGSZ function
plotProfile
Plot GSZ scoring function profile
rm.rows.with.noSetMembers_int
Internal mGSZ function
rm.small.genesets_int
Internal mGSZ function
setSummary_int
Internal mGSZ function
SS.p.values_int
Internal mGSZ function
SS.test.score_int
Internal mGSZ function
StabPlotData
GSZ scoring function profile data
sum.test.score_int
Internal mGSZ function
sumVarMean.calc_int
Internal mGSZ function
toMatrix_int
Internal mGSZ function
toTable
Table with top gene sets
WRS.p.values_int
Internal WRS function
WRS.test.score_int
Internal WRS function

Files in this package

mGSZ/DESCRIPTION
mGSZ/NAMESPACE
mGSZ/R
mGSZ/R/GSZ.R
mGSZ/R/StabPlotData.R
mGSZ/R/diff_c_perm.R
mGSZ/R/geneSetsList.R
mGSZ/R/mGSZ.R
mGSZ/R/other.scores.R
mGSZ/R/plotProfile.R
mGSZ/R/pvals.R
mGSZ/R/setSummary.R
mGSZ/R/toMatrix.R
mGSZ/R/toTable.R
mGSZ/mGSZ
mGSZ/mGSZ/README
mGSZ/mGSZ/pkg
mGSZ/mGSZ/pkg/DESCRIPTION
mGSZ/mGSZ/pkg/NAMESPACE
mGSZ/mGSZ/pkg/R
mGSZ/mGSZ/pkg/R/GSZ.R
mGSZ/mGSZ/pkg/R/StabPlotData.R
mGSZ/mGSZ/pkg/R/diff_c_perm.R
mGSZ/mGSZ/pkg/R/geneSetsList.R
mGSZ/mGSZ/pkg/R/mGSZ.R
mGSZ/mGSZ/pkg/R/other.scores.R
mGSZ/mGSZ/pkg/R/plotProfile.R
mGSZ/mGSZ/pkg/R/pvals.R
mGSZ/mGSZ/pkg/R/setSummary.R
mGSZ/mGSZ/pkg/R/toMatrix.R
mGSZ/mGSZ/pkg/R/toTable.R
mGSZ/mGSZ/pkg/man
mGSZ/mGSZ/pkg/man/FC_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/KS.p.values_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/KS.score_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/SS.p.values_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/SS.test.score_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/StabPlotData.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/WRS.p.values_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/WRS.test.score_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/calc.z.var_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/count.hyge.var.mean_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/count.prob.sum_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/diff.FC.perm_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/diff.c.perm_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/emp.wrs_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/emp_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/flip_list_struct_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/geneSetsList.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/listTOclMatrix_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/log.ev.cdf_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/log.norm.cdf_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/mAllez.p.values_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/mGSA.p.values_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/mGSZ.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/mGSZ.adj.mean.std_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/mGSZ.p.values_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/mGSZ.test.score.stb2_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/mGSZ.test.score.stb3_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/mGSZ.test.score.stb4_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/mGSZ.test.score2_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/mGSZ.test.score4_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/mGSZ.test.score_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/pick.data.cols_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/plotProfile.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/rm.rows.with.noSetMembers_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/rm.small.genesets_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/setSummary_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/sum.test.score_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/sumVarMean.calc_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/toMatrix_int.Rd
mGSZ/mGSZ/pkg/man/toTable.Rd
mGSZ/mGSZ/www
mGSZ/mGSZ/www/index.php
mGSZ/mGSZ_1.0.tar.gz
mGSZ/man
mGSZ/man/FC_int.Rd
mGSZ/man/KS.p.values_int.Rd
mGSZ/man/KS.score_int.Rd
mGSZ/man/SS.p.values_int.Rd
mGSZ/man/SS.test.score_int.Rd
mGSZ/man/StabPlotData.Rd
mGSZ/man/WRS.p.values_int.Rd
mGSZ/man/WRS.test.score_int.Rd
mGSZ/man/calc.z.var_int.Rd
mGSZ/man/count.hyge.var.mean_int.Rd
mGSZ/man/count.prob.sum_int.Rd
mGSZ/man/diff.FC.perm_int.Rd
mGSZ/man/diff.c.perm_int.Rd
mGSZ/man/emp.wrs_int.Rd
mGSZ/man/emp_int.Rd
mGSZ/man/flip_list_struct_int.Rd
mGSZ/man/geneSetsList.Rd
mGSZ/man/listTOclMatrix_int.Rd
mGSZ/man/log.ev.cdf_int.Rd
mGSZ/man/log.norm.cdf_int.Rd
mGSZ/man/mAllez.p.values_int.Rd
mGSZ/man/mGSA.p.values_int.Rd
mGSZ/man/mGSZ.Rd
mGSZ/man/mGSZ.adj.mean.std_int.Rd
mGSZ/man/mGSZ.p.values_int.Rd
mGSZ/man/mGSZ.test.score.stb2_int.Rd
mGSZ/man/mGSZ.test.score.stb3_int.Rd
mGSZ/man/mGSZ.test.score.stb4_int.Rd
mGSZ/man/mGSZ.test.score2_int.Rd
mGSZ/man/mGSZ.test.score4_int.Rd
mGSZ/man/mGSZ.test.score_int.Rd
mGSZ/man/pick.data.cols_int.Rd
mGSZ/man/plotProfile.Rd
mGSZ/man/rm.rows.with.noSetMembers_int.Rd
mGSZ/man/rm.small.genesets_int.Rd
mGSZ/man/setSummary_int.Rd
mGSZ/man/sum.test.score_int.Rd
mGSZ/man/sumVarMean.calc_int.Rd
mGSZ/man/toMatrix_int.Rd
mGSZ/man/toTable.Rd