BasicSTARRseq.R
In BasicSTARRseq: Basic peak calling on STARR-seq data

### R code from vignette source 'BasicSTARRseq.rnw'

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### code chunk number 1: BasicSTARRseq.rnw:18-19
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library(BasicSTARRseq)


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### code chunk number 2: BasicSTARRseq.rnw:39-45
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starrseqFileName <- system.file("extdata", "smallSTARR.bam",
                                package="BasicSTARRseq")
inputFileName <- system.file("extdata", "smallInput.bam",
                             package="BasicSTARRseq")
STARRseqData(sample=starrseqFileName, control=inputFileName,
             pairedEnd=TRUE)


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### code chunk number 3: BasicSTARRseq.rnw:48-50
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STARRseqData(sample=starrseqFileName, control=inputFileName,
             pairedEnd=FALSE)


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### code chunk number 4: BasicSTARRseq.rnw:53-57
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starrseqGRanges <- granges(readGAlignmentPairs(starrseqFileName))
inputGRanges <- granges(readGAlignmentPairs(inputFileName))
data <- STARRseqData(sample=starrseqGRanges, control=inputGRanges)
data


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### code chunk number 5: BasicSTARRseq.rnw:62-64
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peaks <- getPeaks(data)
peaks


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### code chunk number 6: BasicSTARRseq.rnw:105-106
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sessionInfo()