BrainStars.R
In BrainStars: query gene expression data and plots from BrainStars (B*)

### R code from vignette source 'BrainStars.Rnw'

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### code chunk number 1: BrainStars.Rnw:69-70
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library("BrainStars")


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### code chunk number 2: BrainStars.Rnw:75-76
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my.eset <- getBrainStars(query = "1439627_at", type = "expression")


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### code chunk number 3: BrainStars.Rnw:82-85
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ids <- c("1439627_at", "1439631_at", "1439633_at")
my.esets <- getBrainStars(query = ids, type = "expression")
my.esets


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### code chunk number 4: BrainStars.Rnw:89-90
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my.mat <- exprs(my.esets)


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### code chunk number 5: BrainStars.Rnw:95-96
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my.ann <- getBrainStars(query = "1439627_at", type = "probeset")


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### code chunk number 6: BrainStars.Rnw:102-106
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getBrainStarsFigure("1439627_at", "exprgraph",   "png")
getBrainStarsFigure("1439627_at", "exprmap",     "png")
getBrainStarsFigure("1439627_at", "switchgraph", "pdf")
getBrainStarsFigure("1439627_at", "switchhist",  "png")


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### code chunk number 7: BrainStars.Rnw:131-133
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recep.mat   <- getBrainStars(query = "receptor/10,5",  type = "search")
recep.count <- getBrainStars(query = "receptor/count", type = "search")


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### code chunk number 8: BrainStars.Rnw:142-143
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mk.genes.count <- getBrainStars(query = "high/LS/count", type = "marker")


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### code chunk number 9: BrainStars.Rnw:148-149
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ms.genes.list <- getBrainStars(query = "low/SCN/all", type = "multistate")


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### code chunk number 10: BrainStars.Rnw:153-154
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os.genes.count <- getBrainStars(query = "count", type = "onestate")


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### code chunk number 11: BrainStars.Rnw:159-162
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gfc.genes1.count <- getBrainStars(query = "tf//count",         type = "genefamily")
gfc.genes2.list  <- getBrainStars(query = "tf/terminal/all",   type = "genefamily")
gfc.genes3.count <- getBrainStars(query = "tf/terminal/count", type = "genefamily")


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### code chunk number 12: BrainStars.Rnw:167-168
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os.genes <- getBrainStars(query = "high/SCN/ME/all", type = "ntnh")