CHARGE_Vignette.R
In CHARGE: CHARGE: CHromosome Assessment in R from Gene Expression data

### R code from vignette source 'CHARGE_Vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: load the gene expression data
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library(CHARGE)
library(GenomicRanges)
library(SummarizedExperiment)
library(EnsDb.Hsapiens.v86)
data(datExprs)
datExprs


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### code chunk number 2: subset for genes on chromosome 21
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chr21 <- seqlengths(EnsDb.Hsapiens.v86)["21"]
chr21Ranges <-  GRanges("21", IRanges(end = chr21, width=chr21))
cvExpr.out <- cvExpr(se = datExprs, region = chr21Ranges)


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### code chunk number 3: plot the CV of gene expression
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plotcvExpr(cvExpr = cvExpr.out)


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### code chunk number 4: fig1
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plotcvExpr(cvExpr = cvExpr.out)


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### code chunk number 5: plot the CV of gene expression
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datExprs <- clusterExpr(se = datExprs, cvExpr = cvExpr.out,
                        threshold = "25%")


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### code chunk number 6: check sample classification
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data.frame(colData(datExprs))[c("Group", "Ploidy")]


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### code chunk number 7: plot the pca of clustering
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pcaExpr(se = datExprs, cvExpr = cvExpr.out, threshold = "25%")


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### code chunk number 8: fig2
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pcaExpr(se = datExprs, cvExpr = cvExpr.out, threshold = "25%")


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### code chunk number 9: bimodal test
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bimodalTest.out <- bimodalTest(se = datExprs, cvExpr = cvExpr.out,
                               threshold = "25%")
bimodalTest.out[[1]]


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### code chunk number 10: plot the density plot of Z scores
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plot(bimodalTest.out[[2]])


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### code chunk number 11: fig3
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plot(bimodalTest.out[[2]])


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### code chunk number 12: Expression Finder
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chrLengths <- GRanges(seqinfo(EnsDb.Hsapiens.v86)[c(1:22, "X", "Y")])
exprFinder.out <- exprFinder(se = datExprs, ranges = chrLengths,
                             binWidth = 1e+9, binStep = 1e+9, threshold = "25%")
exprFinder.out[1:3 ,c(1,6:10)]


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### code chunk number 13: annotation
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sessionInfo()