inst/doc/CopywriteR.R

In CopywriteR: Copy number information from targeted sequencing using off-target reads

### R code from vignette source 'CopywriteR.Rnw'

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### code chunk number 1: style-Sweave
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: load.CopywriteR
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library(CopywriteR)


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### code chunk number 3: get.root.folder
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data.folder <- tools::file_path_as_absolute(file.path(getwd()))


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### code chunk number 4: preCopywriteR
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preCopywriteR(output.folder = file.path(data.folder),
              bin.size = 20000,
              ref.genome = "mm10_4")


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### code chunk number 5: list.dirs
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list.dirs(path = file.path(data.folder), full.names = FALSE)[2]


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### code chunk number 6: list.dirs
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list.files(path = file.path(data.folder, "mm10_4_20kb"), full.names = FALSE)


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### code chunk number 7: show.blacklist
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load(file = file.path(data.folder, "mm10_4_20kb", "blacklist.rda"))
blacklist.grange


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### code chunk number 8: show.GC.mappa
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load(file = file.path(data.folder, "mm10_4_20kb", "GC_mappability.rda"))
GC.mappa.grange[1001:1011]


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### code chunk number 9: create.BiocParallelParam
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bp.param <- SnowParam(workers = 1, type = "SOCK")
bp.param


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### code chunk number 10: CopywriteR
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path <- SCLCBam::getPathBamFolder()
samples <- list.files(path = path, pattern = ".bam$", full.names = TRUE)
controls <- samples
sample.control <- data.frame(samples, controls)

CopywriteR(sample.control = sample.control,
           destination.folder = file.path(data.folder),
           reference.folder = file.path(data.folder, "mm10_4_20kb"),
           bp.param = bp.param)


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### code chunk number 11: CNAprofiles.folder.contents
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cat(list.files(path = file.path(data.folder, "CNAprofiles")), sep = "\n")


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### code chunk number 12: read.counts.example
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read.table(file = file.path(data.folder, "CNAprofiles", "read_counts.txt"),
           header = TRUE)[1001:1006, ]


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### code chunk number 13: log2.read.counts.example
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read.table(file = file.path(data.folder, "CNAprofiles",
                            "log2_read_counts.igv"), header = TRUE)[817:822, ]


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### code chunk number 14: CNAprofiles.folder.contents
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cat(list.files(path = file.path(data.folder, "CNAprofiles", "qc")), sep = "\n")


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### code chunk number 15: CNAprofiles.folder.contents
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plotCNA(destination.folder = file.path(data.folder))


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### code chunk number 16: CNAprofiles.folder.contents.2
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cat(list.files(path = file.path(data.folder, "CNAprofiles")), sep = "\n")


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### code chunk number 17: plots.folder.contents
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cat(list.files(path = file.path(data.folder, "CNAprofiles", "plots")), sep = "\n")


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### code chunk number 18: sessionInfo
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toLatex(sessionInfo())