generatePedigree: Generate Pedigree example

Description Usage Arguments Value Author(s) References See Also Examples

View source: R/generatePedigree.R

Description

generatePedigree creates nonoverlapping pedigree example, which can be used for demos and code testing.

Usage

1
2
3
generatePedigree(nId, nGeneration=3, nFather=round(nId/3),
  nMother=nId - nFather, start=1, generationOrder="increasing",
  colClass="integer")

Arguments

nId

integer, number of individuals per generation, at least 2

nGeneration

integer, number of generations

nFather

integer, number of fathers per generation

nMother

integer, number of mothers per generation

start

first generation value

generationOrder

character, generation value is "increasing" or "decreasing" through generations

colClass

character, class for columns: "integer" or "factor"

Value

An extended, sorted and possibly coded pedigree object with following columns: id, father, mother, generation and sex.

Author(s)

Marcos Rico Gutierrez (author of MATLAB code) and Gregor Gorjanc (R implementation)

References

Rico Gutierrez, M. (1999) Los modelos lineales en la mejora genetica animal. Ediciones Peninsular. ISBN 84-605-9910-8.

See Also

Pedigree

Examples

1
2
3
4
5
  generatePedigree(5)
  generatePedigree(nId=5, nGeneration=4, nFather=1, nMother=2)
  generatePedigree(nId=5, nGeneration=4, nFather=1, nMother=2,
                   start=0, generationOrder="decreasing")
  generatePedigree(nId=100, nGeneration=20, nFather=10, nMother=50)

Example output

Loading required package: MASS

Attaching package: 'GeneticsPed'

The following object is masked from 'package:stats':

    family

   id father mother generation sex
1   1     NA     NA          1   1
2   2     NA     NA          1   1
3   3     NA     NA          1   2
4   4     NA     NA          1   2
5   5     NA     NA          1   1
6   6      1      4          2   1
7   7      2      3          2   1
8   8      1      3          2   2
9   9      2      4          2   2
10 10      1      3          2   2
11 11      7      9          3   1
12 12      6      9          3   2
13 13      6     10          3   1
14 14      7      8          3   1
15 15      6      8          3   1
   id father mother generation sex
1   1     NA     NA          1   1
2   2     NA     NA          1   1
3   3     NA     NA          1   2
4   4     NA     NA          1   2
5   5     NA     NA          1   1
6   6      1      4          2   1
7   7      1      3          2   1
8   8      1      3          2   2
9   9      1      3          2   2
10 10      1      4          2   2
11 11      6      9          3   1
12 12      6      8          3   2
13 13      6      8          3   2
14 14      6      8          3   2
15 15      6      9          3   2
16 16     11     13          4   2
17 17     11     13          4   2
18 18     11     14          4   2
19 19     11     14          4   1
20 20     11     14          4   2
   id father mother generation sex
1   1     NA     NA          3   1
2   2     NA     NA          3   1
3   3     NA     NA          3   2
4   4     NA     NA          3   2
5   5     NA     NA          3   1
6   6      1      4          2   1
7   7      1      3          2   2
8   8      1      4          2   2
9   9      1      3          2   2
10 10      1      4          2   2
11 11      6      8          1   1
12 12      6      9          1   2
13 13      6      9          1   2
14 14      6      9          1   1
15 15      6      9          1   2
16 16     11     13          0   1
17 17     11     13          0   1
18 18     11     13          0   2
19 19     11     13          0   1
20 20     11     13          0   1
       id father mother generation sex
1       1     NA     NA          1   1
2       2     NA     NA          1   1
3       3     NA     NA          1   1
4       4     NA     NA          1   1
5       5     NA     NA          1   1
6       6     NA     NA          1   1
7       7     NA     NA          1   1
8       8     NA     NA          1   1
9       9     NA     NA          1   1
10     10     NA     NA          1   1
11     11     NA     NA          1   2
12     12     NA     NA          1   2
13     13     NA     NA          1   1
14     14     NA     NA          1   2
15     15     NA     NA          1   1
16     16     NA     NA          1   1
17     17     NA     NA          1   2
18     18     NA     NA          1   2
19     19     NA     NA          1   2
20     20     NA     NA          1   2
21     21     NA     NA          1   2
22     22     NA     NA          1   2
23     23     NA     NA          1   2
24     24     NA     NA          1   2
25     25     NA     NA          1   2
26     26     NA     NA          1   2
27     27     NA     NA          1   2
28     28     NA     NA          1   2
29     29     NA     NA          1   2
30     30     NA     NA          1   2
31     31     NA     NA          1   2
32     32     NA     NA          1   2
33     33     NA     NA          1   2
34     34     NA     NA          1   2
35     35     NA     NA          1   2
36     36     NA     NA          1   2
37     37     NA     NA          1   2
38     38     NA     NA          1   2
39     39     NA     NA          1   2
40     40     NA     NA          1   2
41     41     NA     NA          1   2
42     42     NA     NA          1   2
43     43     NA     NA          1   2
44     44     NA     NA          1   2
45     45     NA     NA          1   2
46     46     NA     NA          1   2
47     47     NA     NA          1   2
48     48     NA     NA          1   2
49     49     NA     NA          1   1
50     50     NA     NA          1   2
51     51     NA     NA          1   2
52     52     NA     NA          1   2
53     53     NA     NA          1   2
54     54     NA     NA          1   2
55     55     NA     NA          1   2
56     56     NA     NA          1   2
57     57     NA     NA          1   2
58     58     NA     NA          1   2
59     59     NA     NA          1   2
60     60     NA     NA          1   2
61     61     NA     NA          1   2
62     62     NA     NA          1   2
63     63     NA     NA          1   2
64     64     NA     NA          1   2
65     65     NA     NA          1   2
66     66     NA     NA          1   2
67     67     NA     NA          1   2
68     68     NA     NA          1   1
69     69     NA     NA          1   1
70     70     NA     NA          1   1
71     71     NA     NA          1   2
72     72     NA     NA          1   2
73     73     NA     NA          1   2
74     74     NA     NA          1   1
75     75     NA     NA          1   2
76     76     NA     NA          1   1
77     77     NA     NA          1   1
78     78     NA     NA          1   2
79     79     NA     NA          1   2
80     80     NA     NA          1   1
81     81     NA     NA          1   1
82     82     NA     NA          1   2
83     83     NA     NA          1   1
84     84     NA     NA          1   2
85     85     NA     NA          1   2
86     86     NA     NA          1   1
87     87     NA     NA          1   2
88     88     NA     NA          1   2
89     89     NA     NA          1   1
90     90     NA     NA          1   1
91     91     NA     NA          1   1
92     92     NA     NA          1   2
93     93     NA     NA          1   1
94     94     NA     NA          1   2
95     95     NA     NA          1   1
96     96     NA     NA          1   2
97     97     NA     NA          1   2
98     98     NA     NA          1   1
99     99     NA     NA          1   1
100   100     NA     NA          1   2
101   101      1     36          2   1
102   102      6     45          2   1
103   103      4     28          2   1
104   104      5     64          2   1
105   105     10     43          2   1
106   106      5     51          2   1
107   107      3     50          2   1
108   108      5     30          2   1
109   109      9     66          2   1
110   110      6     48          2   1
111   111      5     54          2   2
112   112      3     25          2   2
113   113      8     55          2   2
114   114     10     30          2   1
115   115     10     66          2   1
116   116      2     35          2   2
117   117      9     48          2   1
118   118      3     61          2   2
119   119      5     52          2   2
120   120     10     63          2   2
121   121     10     26          2   2
122   122     10     24          2   2
123   123      4     53          2   2
124   124      7     31          2   2
125   125      2     31          2   1
126   126      2     60          2   2
127   127      6     65          2   2
128   128      4     46          2   2
129   129      6     21          2   2
130   130      3     44          2   2
131   131      3     60          2   2
132   132      2     62          2   2
133   133      4     58          2   2
134   134      7     57          2   2
135   135      2     36          2   2
136   136      6     47          2   2
137   137      8     56          2   2
138   138      8     39          2   2
139   139     10     48          2   2
140   140      6     61          2   2
141   141      3     60          2   2
142   142      2     39          2   2
143   143      7     50          2   2
144   144      4     35          2   1
145   145      9     21          2   2
146   146      9     51          2   2
147   147      4     22          2   1
148   148      6     29          2   2
149   149      1     40          2   2
150   150      8     52          2   2
151   151      5     57          2   1
152   152      6     66          2   2
153   153      2     21          2   2
154   154      8     57          2   2
155   155      8     27          2   2
156   156      2     23          2   1
157   157      5     40          2   2
158   158      2     36          2   2
159   159      1     41          2   2
160   160      5     34          2   2
161   161      1     34          2   2
162   162      6     46          2   2
163   163      5     29          2   2
164   164     10     20          2   2
165   165      5     55          2   2
166   166      7     24          2   2
167   167      1     61          2   2
168   168      4     24          2   1
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173   173      3     22          2   1
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180   180      7     60          2   1
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182   182      5     21          2   2
183   183      9     37          2   2
184   184     10     53          2   1
185   185     10     20          2   2
186   186      2     19          2   2
187   187      7     60          2   2
188   188      9     29          2   2
189   189      4     41          2   2
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192   192      7     29          2   2
193   193      2     24          2   1
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200   200      4     52          2   2
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205   205    103    166          3   1
206   206    107    162          3   1
207   207    107    123          3   1
208   208    109    153          3   1
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210   210    108    128          3   1
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213   213    101    155          3   2
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215   215    101    120          3   1
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220   220    103    123          3   2
221   221    105    167          3   2
222   222    109    138          3   2
223   223    101    152          3   2
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225   225    103    155          3   2
226   226    108    131          3   2
227   227    107    127          3   2
228   228    110    161          3   2
229   229    107    143          3   2
230   230    107    148          3   2
231   231    101    133          3   2
232   232    109    139          3   2
233   233    104    140          3   2
234   234    101    155          3   2
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237   237    109    150          3   2
238   238    108    126          3   2
239   239    103    148          3   2
240   240    104    145          3   2
241   241    103    119          3   2
242   242    102    130          3   2
243   243    108    155          3   1
244   244    104    121          3   1
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246   246    108    141          3   2
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250   250    105    141          3   2
251   251    107    124          3   2
252   252    103    141          3   2
253   253    110    155          3   2
254   254    105    159          3   2
255   255    101    143          3   2
256   256    105    119          3   2
257   257    104    124          3   2
258   258    107    165          3   1
259   259    103    155          3   2
260   260    105    142          3   2
261   261    109    127          3   2
262   262    104    159          3   2
263   263    110    133          3   2
264   264    107    148          3   2
265   265    106    118          3   2
266   266    109    153          3   2
267   267    108    132          3   2
268   268    103    136          3   1
269   269    102    148          3   2
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277   277    101    158          3   2
278   278    104    118          3   2
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280   280    110    160          3   2
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293   293    105    163          3   1
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295   295    106    134          3   2
296   296    105    154          3   1
297   297    109    153          3   2
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300   300    109    132          3   1
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310   310    210    224          4   1
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315   315    209    226          4   1
316   316    208    253          4   1
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322   322    201    218          4   2
323   323    203    223          4   2
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341   341    206    265          4   2
342   342    204    227          4   2
343   343    206    252          4   2
344   344    201    240          4   2
345   345    207    240          4   2
346   346    201    221          4   2
347   347    209    256          4   2
348   348    204    255          4   2
349   349    207    220          4   2
350   350    206    242          4   2
351   351    201    246          4   2
352   352    208    265          4   2
353   353    205    259          4   1
354   354    204    251          4   2
355   355    202    247          4   2
356   356    207    253          4   2
357   357    201    219          4   2
358   358    207    248          4   2
359   359    205    229          4   2
360   360    204    242          4   2
361   361    205    238          4   2
362   362    204    263          4   2
363   363    209    261          4   2
364   364    202    230          4   2
365   365    206    231          4   2
366   366    206    242          4   2
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368   368    204    231          4   2
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405   405    301    346          5   1
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460   460    305    335          5   1
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464   464    305    333          5   2
465   465    301    352          5   2
466   466    308    344          5   2
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484   484    305    321          5   1
485   485    306    354          5   1
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542   542    407    439          6   2
543   543    406    466          6   2
544   544    406    453          6   2
545   545    407    442          6   2
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936   936    806    821         10   2
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939   939    809    863         10   1
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945   945    805    847         10   2
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1015 1015    903    964         11   2
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1055 1055    902    965         11   2
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1104 1104   1008   1023         12   1
1105 1105   1009   1062         12   1
1106 1106   1003   1047         12   1
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1113 1113   1005   1020         12   1
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1121 1121   1002   1052         12   2
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1132 1132   1005   1026         12   2
1133 1133   1002   1024         12   2
1134 1134   1010   1030         12   2
1135 1135   1002   1043         12   2
1136 1136   1006   1031         12   2
1137 1137   1001   1028         12   2
1138 1138   1004   1066         12   2
1139 1139   1009   1051         12   2
1140 1140   1007   1028         12   2
1141 1141   1008   1042         12   2
1142 1142   1001   1020         12   2
1143 1143   1006   1067         12   2
1144 1144   1004   1036         12   2
1145 1145   1008   1047         12   2
1146 1146   1006   1042         12   2
1147 1147   1003   1024         12   2
1148 1148   1002   1058         12   2
1149 1149   1004   1048         12   2
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1151 1151   1008   1040         12   2
1152 1152   1008   1022         12   2
1153 1153   1003   1037         12   1
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1155 1155   1002   1051         12   2
1156 1156   1002   1033         12   2
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1159 1159   1002   1039         12   2
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1161 1161   1004   1032         12   1
1162 1162   1009   1039         12   2
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1164 1164   1009   1048         12   2
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1185 1185   1007   1036         12   2
1186 1186   1009   1048         12   1
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1188 1188   1001   1029         12   2
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1200 1200   1010   1052         12   2
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1215 1215   1103   1149         13   2
1216 1216   1101   1135         13   1
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1220 1220   1108   1131         13   1
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1226 1226   1106   1122         13   2
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1245 1245   1108   1167         13   2
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1330 1330   1207   1248         14   2
1331 1331   1203   1256         14   2
1332 1332   1204   1218         14   2
1333 1333   1205   1223         14   2
1334 1334   1207   1246         14   2
1335 1335   1208   1240         14   2
1336 1336   1204   1249         14   2
1337 1337   1206   1227         14   2
1338 1338   1203   1267         14   2
1339 1339   1202   1260         14   1
1340 1340   1202   1248         14   2
1341 1341   1203   1253         14   2
1342 1342   1201   1246         14   2
1343 1343   1205   1266         14   2
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1346 1346   1202   1226         14   2
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1348 1348   1204   1221         14   2
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1350 1350   1204   1239         14   2
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1352 1352   1202   1243         14   2
1353 1353   1204   1255         14   2
1354 1354   1203   1235         14   2
1355 1355   1210   1252         14   2
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1361 1361   1206   1242         14   2
1362 1362   1204   1227         14   2
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1364 1364   1204   1264         14   2
1365 1365   1206   1226         14   2
1366 1366   1207   1221         14   2
1367 1367   1201   1252         14   2
1368 1368   1206   1256         14   1
1369 1369   1208   1263         14   2
1370 1370   1201   1245         14   2
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1372 1372   1209   1233         14   2
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1376 1376   1210   1236         14   1
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1380 1380   1203   1229         14   1
1381 1381   1201   1218         14   1
1382 1382   1202   1263         14   2
1383 1383   1209   1251         14   2
1384 1384   1202   1254         14   2
1385 1385   1203   1234         14   1
1386 1386   1207   1233         14   1
1387 1387   1202   1222         14   1
1388 1388   1208   1253         14   2
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1390 1390   1201   1238         14   1
1391 1391   1202   1267         14   2
1392 1392   1206   1231         14   1
1393 1393   1209   1262         14   2
1394 1394   1202   1232         14   1
1395 1395   1207   1225         14   1
1396 1396   1202   1261         14   1
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1398 1398   1205   1250         14   2
1399 1399   1209   1230         14   1
1400 1400   1210   1264         14   1
1401 1401   1307   1332         15   1
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1405 1405   1302   1354         15   1
1406 1406   1306   1366         15   1
1407 1407   1306   1333         15   1
1408 1408   1309   1344         15   1
1409 1409   1304   1328         15   1
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1411 1411   1301   1363         15   1
1412 1412   1310   1348         15   2
1413 1413   1307   1353         15   1
1414 1414   1301   1359         15   1
1415 1415   1302   1342         15   2
1416 1416   1302   1358         15   1
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1418 1418   1301   1361         15   2
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1420 1420   1308   1349         15   2
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1422 1422   1307   1363         15   2
1423 1423   1301   1358         15   2
1424 1424   1307   1329         15   2
1425 1425   1301   1318         15   2
1426 1426   1310   1362         15   2
1427 1427   1303   1340         15   2
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1430 1430   1306   1351         15   2
1431 1431   1306   1321         15   2
1432 1432   1304   1323         15   2
1433 1433   1303   1367         15   2
1434 1434   1304   1363         15   2
1435 1435   1309   1366         15   2
1436 1436   1301   1349         15   2
1437 1437   1304   1355         15   2
1438 1438   1301   1332         15   2
1439 1439   1304   1329         15   2
1440 1440   1301   1360         15   2
1441 1441   1302   1357         15   2
1442 1442   1304   1364         15   2
1443 1443   1303   1338         15   1
1444 1444   1305   1365         15   2
1445 1445   1307   1340         15   2
1446 1446   1306   1329         15   2
1447 1447   1309   1344         15   2
1448 1448   1306   1330         15   2
1449 1449   1305   1340         15   2
1450 1450   1305   1337         15   2
1451 1451   1302   1359         15   2
1452 1452   1304   1352         15   2
1453 1453   1309   1363         15   2
1454 1454   1304   1318         15   2
1455 1455   1306   1360         15   2
1456 1456   1301   1329         15   2
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1460 1460   1310   1336         15   2
1461 1461   1304   1325         15   2
1462 1462   1305   1335         15   2
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1464 1464   1305   1355         15   2
1465 1465   1303   1333         15   2
1466 1466   1310   1335         15   2
1467 1467   1303   1351         15   2
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1475 1475   1302   1330         15   1
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1480 1480   1309   1319         15   2
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1485 1485   1305   1335         15   2
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1495 1495   1307   1325         15   1
1496 1496   1306   1361         15   2
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1515 1515   1403   1463         16   1
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1523 1523   1403   1466         16   2
1524 1524   1404   1465         16   2
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1585 1585   1408   1431         16   1
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1606 1606   1503   1555         17   1
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1611 1611   1506   1564         17   2
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1615 1615   1506   1532         17   2
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1617 1617   1510   1566         17   1
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1619 1619   1504   1564         17   2
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1621 1621   1509   1557         17   2
1622 1622   1505   1530         17   2
1623 1623   1507   1519         17   2
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1632 1632   1501   1533         17   2
1633 1633   1501   1556         17   2
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1636 1636   1509   1519         17   2
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1644 1644   1503   1552         17   2
1645 1645   1504   1546         17   2
1646 1646   1502   1539         17   2
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1706 1706   1605   1621         18   1
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1906 1906   1801   1838         20   2
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1908 1908   1807   1851         20   1
1909 1909   1808   1829         20   2
1910 1910   1810   1833         20   2
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1914 1914   1810   1866         20   1
1915 1915   1801   1824         20   2
1916 1916   1801   1861         20   2
1917 1917   1805   1832         20   2
1918 1918   1808   1841         20   2
1919 1919   1807   1862         20   2
1920 1920   1810   1840         20   1
1921 1921   1809   1842         20   2
1922 1922   1808   1838         20   1
1923 1923   1808   1831         20   2
1924 1924   1805   1824         20   2
1925 1925   1809   1823         20   1
1926 1926   1807   1830         20   2
1927 1927   1801   1861         20   2
1928 1928   1810   1839         20   1
1929 1929   1806   1841         20   2
1930 1930   1804   1826         20   2
1931 1931   1809   1864         20   2
1932 1932   1809   1850         20   1
1933 1933   1805   1828         20   1
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1970 1970   1809   1863         20   1
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1999 1999   1804   1851         20   1
2000 2000   1809   1849         20   2

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