GenomicAlignmentsIntroduction.R
In GenomicAlignments: Representation and manipulation of short genomic alignments

### R code from vignette source 'GenomicAlignmentsIntroduction.Rnw'

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### code chunk number 1: options
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options(width=72)


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### code chunk number 2: install (eval = FALSE)
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## if (!require("BiocManager"))
##     install.packages("BiocManager")
## BiocManager::install("GenomicAlignments")


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### code chunk number 3: initialize
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library(GenomicAlignments)


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### code chunk number 4: readGAlignments
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library(GenomicAlignments)
aln1_file <- system.file("extdata", "ex1.bam", package="Rsamtools")
aln1 <- readGAlignments(aln1_file)
aln1
length(aln1)


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### code chunk number 5: accessors
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head(seqnames(aln1))
seqlevels(aln1)
head(strand(aln1))
head(cigar(aln1))
head(qwidth(aln1))
head(start(aln1))
head(end(aln1))
head(width(aln1))
head(njunc(aln1))


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### code chunk number 6: SessionInfo
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sessionInfo()