vignette.R
In INPower: An R package for computing the number of susceptibility SNPs

### R code from vignette source 'vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: start
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library(INPower)


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### code chunk number 2: data file
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datafile <- system.file("sampleData", "data.rda", package="INPower")


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### code chunk number 3: load data
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load(datafile)
data


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### code chunk number 4: SNPs
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MAFs  <- data[, "MAF"]
betas <- data[, "Beta"]
pow   <- data[, "Power"] 


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### code chunk number 5: call1
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INPower(MAFs, betas, pow, span=0.5, binary.outcome=FALSE, 
        sample.size=seq(25000,125000,by=25000), 
        signif.lvl=10^(-7), tgv=0.8, k=seq(25,125,by=25))


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### code chunk number 6: call2
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INPower(MAFs, betas, pow, span=0.5, binary.outcome=FALSE, 
        sample.size=seq(25000,125000,by=25000), 
        signif.lvl=10^(-7), k=seq(25,125,by=25))


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### code chunk number 7: call3
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INPower(MAFs, betas, pow, span=0.5, binary.outcome=FALSE,
        sample.size=seq(25000,125000,by=25000), 
        signif.lvl=10^(-7), multi.stage.option=list(al=5*10^(-5), pi=0.3),
        tgv=0.8 , k=seq(25,125,by=25))


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### code chunk number 8: sessionInfo
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sessionInfo()