inst/doc/LRBaseDbi.R

In LRBaseDbi: DBI to construct LRBase-related package

### R code from vignette source 'LRBaseDbi.Rnw'

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### code chunk number 1: style-Sweave
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: LRBaseDbi.Rnw:58-62
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library('LRBaseDbi')
if(interactive()){
  example('makeLRBasePackage')
}


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### code chunk number 3: LRBaseDbi.Rnw:70-76
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if(interactive()){
  filepath <- list.files(destination, full.names=TRUE)
  install.packages(filepath, repos=NULL, type='source')
  library('FANTOM5.Hsa.eg.db')
  packageVersion('FANTOM5.Hsa.eg.db')
}


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### code chunk number 4: LRBaseDbi.Rnw:86-93
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if(interactive()){
  columns(FANTOM5.Hsa.eg.db)
  keytypes(FANTOM5.Hsa.eg.db)
  key_FN5 <- keys(FANTOM5.Hsa.eg.db, keytype='GENEID_R')
  head(select(FANTOM5.Hsa.eg.db, keys=key_FN5[1:2],
       columns=c('GENEID_L', 'GENEID_R'), keytype='GENEID_R'))
}


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### code chunk number 5: LRBaseDbi.Rnw:102-111
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if(interactive()){
  species(FANTOM5.Hsa.eg.db)
  nomenclature(FANTOM5.Hsa.eg.db)
  listDatabases(FANTOM5.Hsa.eg.db)
  dbInfo(FANTOM5.Hsa.eg.db)
  dbfile(FANTOM5.Hsa.eg.db)
  dbschema(FANTOM5.Hsa.eg.db)
  dbconn(FANTOM5.Hsa.eg.db)
}


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### code chunk number 6: LRBaseDbi.Rnw:132-140
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if(interactive()){
  if (!requireNamespace('BiocManager', quietly = TRUE)){
    install.packages('BiocManager')
  }
  BiocManager::install('scTensor')
  library('scTensor')
  vignette('scTensor')
}