MBttest.R
In MBttest: Multiple Beta t-Tests

### R code from vignette source 'MBttest.Rnw'

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### code chunk number 1: style
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BiocStyle::latex(use.unsrturl=FALSE)


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### code chunk number 2: options
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options(width=72)
options(showHeadLines=3)
options(showTailLines=3)


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### code chunk number 3: MBttest.Rnw:57-59
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set.seed(102)
options(width = 90)


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### code chunk number 4: MBttest.Rnw:62-63
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library(MBttest)


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### code chunk number 5: MBttest.Rnw:68-70
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data(jkttcell)
jkttcell[1:10,]


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### code chunk number 6: MBttest.Rnw:75-76
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head(jkttcell)


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### code chunk number 7: MBttest.Rnw:99-100
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sjknull1<-simulat(yy=jkttcell[1:500,], nci=7,r1=3,r2=3,p=0, q=0.2)


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### code chunk number 8: MBttest.Rnw:115-116
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mysim1<-smbetattest(X=sjknull1,na=3,nb=3,alpha=0.05)


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### code chunk number 9: MBttest.Rnw:172-173
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res<-mbetattest(X=jkttcell[1:1000,],na=3,nb=3,W=1,alpha=0.05,file="jurkat_NS_48h_tag_mbetattest.csv")


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### code chunk number 10: MBttest.Rnw:177-179
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data(dat)
head(dat)


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### code chunk number 11: MAplot
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maplot(dat=dat,r1=3,r2=3,TT=350,matitle="MA plot")


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### code chunk number 12: figMAplot
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maplot(dat=dat,r1=3,r2=3,TT=350,matitle="MA plot")


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### code chunk number 13: MAplot50
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maplot(dat=dat,r1=3,r2=3,TT=50,matitle="MA plot")


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### code chunk number 14: figMAplot50
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maplot(dat=dat,r1=3,r2=3,TT=50,matitle="MA plot")


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### code chunk number 15: heatmapwithtree
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myheatmap(dat=dat,r1=3,r2=3,maptitle="Jurkat T-cell heatmap2")


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### code chunk number 16: figheatmapwithtree
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myheatmap(dat=dat,r1=3,r2=3,maptitle="Jurkat T-cell heatmap2")


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### code chunk number 17: heatmapwithouttree
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myheatmap(dat=dat,r1=3,r2=3,tree="none",maptitle="Jurkat T-cell heatmap3")


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### code chunk number 18: figheatmapwithouttree
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myheatmap(dat=dat,r1=3,r2=3,tree="none",maptitle="Jurkat T-cell heatmap3")


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### code chunk number 19: heatmapwithcoltree
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myheatmap(dat=dat,r1=3,r2=3,colrs="redblue", tree="column",
method="pearson", maptitle="Jurkat T-cell heatmap")


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### code chunk number 20: figheatmapwithcoltree
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myheatmap(dat=dat,r1=3,r2=3,colrs="redblue", tree="column",
method="pearson", maptitle="Jurkat T-cell heatmap")


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### code chunk number 21: MBttest.Rnw:261-262
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sessionInfo()