inst/doc/PAPiPackage.R

In PAPi: Predict metabolic pathway activity based on metabolomics data

### R code from vignette source 'PAPiPackage.Rnw'

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### code chunk number 1: LoadMetabolomicsData
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library(PAPi)
library(svDialogs)
data(metabolomicsData)
print(metabolomicsData)


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### code chunk number 2: LoadKeggLibrary
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data(keggLibrary)
print(keggLibrary)


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### code chunk number 3: UsingaddKeggCodes
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print(metabolomicsData)
print(keggLibrary)
AddedKegg <- addKeggCodes(
	metabolomicsData,
	keggLibrary,
	save = FALSE,
	addCodes = TRUE
)
print(AddedKegg)


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### code chunk number 4: ApplyingPAPi
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data(papiData)
print(papiData)
#papiResults <- papi(papiData, save = FALSE, offline = TRUE, localDatabase = "default")
data(papiResults)
head(papiResults)


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### code chunk number 5: papiResults
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data(papiResults)
head(papiResults)


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### code chunk number 6: papiHtest
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head(papiResults)
ApplyingHtest <- papiHtest(
	papiResults,
	save = FALSE,
	StatTest = "T"
)
head(ApplyingHtest)


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### code chunk number 7: papiLine
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head(papiResults)
papiLine(
	papiResults, 
	relative = TRUE, 
	setRef.cond = TRUE, 
	Ref.cond = "cond1", 
	save = FALSE
)