RCyjs: Display and manipulate graphs in cytoscape.js

Interactive viewing and exploration of graphs, connecting R to Cytoscape.js.

AuthorPaul Shannon
Date of publicationNone
MaintainerPaul Shannon <pshannon@systemsbiology.org>
LicenseGPL-2
Version1.6.0
http://rcytoscape.systemsbiology.net

View on Bioconductor

Functions

addGraph Man page
addGraph,RCyjsClass-method Man page
biocGraphToCytoscapeJSON Man page
class:RCyjsClass Man page
clearSelection Man page
clearSelection,RCyjsClass-method Man page
createTestGraph Man page
deleteSelectedNodes Man page
deleteSelectedNodes,RCyjsClass-method Man page
eda Man page
edaNames Man page
fit Man page
fitContent Man page
fitContent,RCyjsClass-method Man page
fit,RCyjsClass-method Man page
fitSelectedContent Man page
fitSelectedContent,RCyjsClass-method Man page
getEdgeCount Man page
getEdgeCount,RCyjsClass-method Man page
getJSON Man page
getJSON,RCyjsClass-method Man page
getLayout Man page
getLayout,RCyjsClass-method Man page
getNodeCount Man page
getNodeCount,RCyjsClass-method Man page
getNodes Man page
getNodeSize Man page
getNodeSize,RCyjsClass-method Man page
getNodes,RCyjsClass-method Man page
getPosition Man page
getPosition,RCyjsClass-method Man page
getSelectedNodes Man page
getSelectedNodes,RCyjsClass-method Man page
getSize Man page
getSize,RCyjsClass-method Man page
getZoom Man page
getZoom,RCyjsClass-method Man page
hAlign Man page
hAlign,RCyjsClass-method Man page
hideAllEdges Man page
hideAllEdges,RCyjsClass-method Man page
hideEdges Man page
hideEdges,RCyjsClass-method Man page
hideSelectedNodes Man page
hideSelectedNodes,RCyjsClass-method Man page
httpAddGraph Man page
httpAddGraph,RCyjsClass-method Man page
httpSetStyle Man page
httpSetStyle,RCyjsClass-method Man page
invertNodeSelection Man page
invertNodeSelection,RCyjsClass-method Man page
layout Man page
layout,RCyjsClass-method Man page
layoutSelectionInGrid Man page
layoutSelectionInGridInferAnchor Man page
layoutSelectionInGridInferAnchor,RCyjsClass-method Man page
layoutSelectionInGrid,RCyjsClass-method Man page
layoutStrategies Man page
layoutStrategies,RCyjsClass-method Man page
noa Man page
noaNames Man page
RCyjs Man page
RCyjsClass-class Man page
redraw Man page
redraw,RCyjsClass-method Man page
restoreLayout Man page
restoreLayout,RCyjsClass-method Man page
\S4method{addGraph}{RCyjsClass} Man page
\S4method{clearSelection}{RCyjsClass} Man page
\S4method{deleteSelectedNodes}{RCyjsClass} Man page
\S4method{fitContent}{RCyjsClass} Man page
\S4method{fit}{RCyjsClass} Man page
\S4method{fitSelectedContent}{RCyjsClass} Man page
\S4method{getEdgeCount}{RCyjsClass} Man page
\S4method{getJSON}{RCyjsClass} Man page
\S4method{getLayout}{RCyjsClass} Man page
\S4method{getNodeCount}{RCyjsClass} Man page
\S4method{getNodeSize}{RCyjsClass} Man page
\S4method{getNodes}{RCyjsClass} Man page
\S4method{getPosition}{RCyjsClass} Man page
\S4method{getSelectedNodes}{RCyjsClass} Man page
\S4method{getSize}{RCyjsClass} Man page
\S4method{getZoom}{RCyjsClass} Man page
\S4method{hAlign}{RCyjsClass} Man page
\S4method{hideAllEdges}{RCyjsClass} Man page
\S4method{hideEdges}{RCyjsClass} Man page
\S4method{hideSelectedNodes}{RCyjsClass} Man page
\S4method{httpAddGraph}{RCyjsClass} Man page
\S4method{httpSetStyle}{RCyjsClass} Man page
\S4method{invertNodeSelection}{RCyjsClass} Man page
\S4method{layout}{RCyjsClass} Man page
\S4method{layoutSelectionInGridInferAnchor}{RCyjsClass} Man page
\S4method{layoutSelectionInGrid}{RCyjsClass} Man page
\S4method{layoutStrategies}{RCyjsClass} Man page
\S4method{redraw}{RCyjsClass} Man page
\S4method{restoreLayout}{RCyjsClass} Man page
\S4method{saveLayout}{RCyjsClass} Man page
\S4method{selectNodes}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setBackgroundColor}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultEdgeColor}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultEdgeFont}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultEdgeFontSize}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultEdgeFontSize}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultEdgeFontWeight}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultEdgeLineColor}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultEdgeLineStyle}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultEdgeOpacity}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultEdgeSourceArrowColor}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultEdgeSourceArrowShape}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultEdgeTargetArrowColor}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultEdgeTargetArrowShape}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultEdgeTextOpacity}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultEdgeWidth}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultNodeBorderColor}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultNodeBorderWidth}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultNodeColor}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultNodeFontColor}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultNodeFontSize}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultNodeHeight}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultNodeShape}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultNodeSize}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setDefaultNodeWidth}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setEdgeColorRule}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setEdgeSourceArrowColorRule}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setEdgeSourceArrowShapeRule}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setEdgeStyle}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setEdgeTargetArrowColorRule}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setEdgeTargetArrowShapeRule}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setEdgeWidthRule}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setGraph}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setNodeAttributes}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setNodeColorRule}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setNodeLabelAlignment}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setNodeLabelRule}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setNodeShapeRule}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setNodeSizeRule}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setPosition}{RCyjsClass} Man page
\S4method{setZoom}{RCyjsClass} Man page
\S4method{sfn}{RCyjsClass} Man page
\S4method{showAllEdges}{RCyjsClass} Man page
\S4method{showAll}{RCyjsClass} Man page
\S4method{showEdges}{RCyjsClass} Man page
\S4method{vAlign}{RCyjsClass} Man page
saveLayout Man page
saveLayout,RCyjsClass-method Man page
selectNodes Man page
selectNodes,RCyjsClass-method Man page
setBackgroundColor Man page
setBackgroundColor,RCyjsClass-method Man page
setDefaultEdgeColor Man page
setDefaultEdgeColor,RCyjsClass-method Man page
setDefaultEdgeFont Man page
setDefaultEdgeFont,RCyjsClass-method Man page
setDefaultEdgeFontSize Man page
setDefaultEdgeFontSize Man page
setDefaultEdgeFontSize,RCyjsClass-method Man page
setDefaultEdgeFontSize,RCyjsClass-method Man page
setDefaultEdgeFontWeight Man page
setDefaultEdgeFontWeight,RCyjsClass-method Man page
setDefaultEdgeLineColor Man page
setDefaultEdgeLineColor,RCyjsClass-method Man page
setDefaultEdgeLineStyle Man page
setDefaultEdgeLineStyle,RCyjsClass-method Man page
setDefaultEdgeOpacity Man page
setDefaultEdgeOpacity,RCyjsClass-method Man page
setDefaultEdgeSourceArrowColor Man page
setDefaultEdgeSourceArrowColor,RCyjsClass-method Man page
setDefaultEdgeSourceArrowShape Man page
setDefaultEdgeSourceArrowShape,RCyjsClass-method Man page
setDefaultEdgeTargetArrowColor Man page
setDefaultEdgeTargetArrowColor,RCyjsClass-method Man page
setDefaultEdgeTargetArrowShape Man page
setDefaultEdgeTargetArrowShape,RCyjsClass-method Man page
setDefaultEdgeTextOpacity Man page
setDefaultEdgeTextOpacity,RCyjsClass-method Man page
setDefaultEdgeWidth Man page
setDefaultEdgeWidth,RCyjsClass-method Man page
setDefaultNodeBorderColor Man page
setDefaultNodeBorderColor,RCyjsClass-method Man page
setDefaultNodeBorderWidth Man page
setDefaultNodeBorderWidth,RCyjsClass-method Man page
setDefaultNodeColor Man page
setDefaultNodeColor,RCyjsClass-method Man page
setDefaultNodeFontColor Man page
setDefaultNodeFontColor,RCyjsClass-method Man page
setDefaultNodeFontSize Man page
setDefaultNodeFontSize,RCyjsClass-method Man page
setDefaultNodeHeight Man page
setDefaultNodeHeight,RCyjsClass-method Man page
setDefaultNodeShape Man page
setDefaultNodeShape,RCyjsClass-method Man page
setDefaultNodeSize Man page
setDefaultNodeSize,RCyjsClass-method Man page
setDefaultNodeWidth Man page
setDefaultNodeWidth,RCyjsClass-method Man page
setEdgeColorRule Man page
setEdgeColorRule,RCyjsClass-method Man page
setEdgeSourceArrowColorRule Man page
setEdgeSourceArrowColorRule,RCyjsClass-method Man page
setEdgeSourceArrowShapeRule Man page
setEdgeSourceArrowShapeRule,RCyjsClass-method Man page
setEdgeStyle Man page
setEdgeStyle,RCyjsClass-method Man page
setEdgeTargetArrowColorRule Man page
setEdgeTargetArrowColorRule,RCyjsClass-method Man page
setEdgeTargetArrowShapeRule Man page
setEdgeTargetArrowShapeRule,RCyjsClass-method Man page
setEdgeWidthRule Man page
setEdgeWidthRule,RCyjsClass-method Man page
setGraph Man page
setGraph,RCyjsClass-method Man page
setNodeAttributes Man page
setNodeAttributes,RCyjsClass-method Man page
setNodeColorRule Man page
setNodeColorRule,RCyjsClass-method Man page
setNodeLabelAlignment Man page
setNodeLabelAlignment,RCyjsClass-method Man page
setNodeLabelRule Man page
setNodeLabelRule,RCyjsClass-method Man page
setNodeShapeRule Man page
setNodeShapeRule,RCyjsClass-method Man page
setNodeSizeRule Man page
setNodeSizeRule,RCyjsClass-method Man page
setPosition Man page
setPosition,RCyjsClass-method Man page
setZoom Man page
setZoom,RCyjsClass-method Man page
sfn Man page
sfn,RCyjsClass-method Man page
showAll Man page
showAllEdges Man page
showAllEdges,RCyjsClass-method Man page
showAll,RCyjsClass-method Man page
showEdges Man page
showEdges,RCyjsClass-method Man page
show,RCyjsClass-method Man page
simpleDemoGraph Man page
vAlign Man page
vAlign,RCyjsClass-method Man page

Files

RCyjs/.BBSoptions
RCyjs/DESCRIPTION
RCyjs/NAMESPACE
RCyjs/NEWS
RCyjs/R
RCyjs/R/RCyjs-class.R RCyjs/R/utils.R
RCyjs/README
RCyjs/build
RCyjs/build/vignette.rds
RCyjs/inst
RCyjs/inst/doc
RCyjs/inst/doc/RCyjs.R
RCyjs/inst/doc/RCyjs.Rnw
RCyjs/inst/doc/RCyjs.pdf
RCyjs/inst/extdata
RCyjs/inst/extdata/hypoxiaLayout.RData
RCyjs/inst/scripts
RCyjs/inst/scripts/rcyjs.html
RCyjs/inst/unitTests
RCyjs/inst/unitTests/test_RCyjs.R
RCyjs/man
RCyjs/man/RCyjs-class.Rd
RCyjs/tests
RCyjs/tests/runTests.R
RCyjs/vignettes
RCyjs/vignettes/RCyjs.Rnw
RCyjs/vignettes/abstract.png
RCyjs/vignettes/fig0.png
RCyjs/vignettes/fig1.png
RCyjs/vignettes/fig2.png
RCyjs/vignettes/hypoxiaNetwork.png
RCyjs/vignettes/tmp.RData

Questions? Problems? Suggestions? or email at ian@mutexlabs.com.

Please suggest features or report bugs with the GitHub issue tracker.

All documentation is copyright its authors; we didn't write any of that.