focalCall.R
In focalCall: Detection of focal aberrations in DNA copy number data

### R code from vignette source 'focalCall.Rnw'

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### code chunk number 1: focalCall.Rnw:64-66
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library(focalCall)
data(BierkensCNA)


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### code chunk number 2: focalCall.Rnw:79-80
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calls_focals<-focalCall(CGHset, CNVset, focalSize = 3, minFreq=2)


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### code chunk number 3: focalCall.Rnw:88-89
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FreqPlot(calls_focals, header="FrequencyPlot all aberrations")


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### code chunk number 4: focalCall.Rnw:95-96
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FreqPlotfocal(calls_focals, header="FrequencyPlot all aberrations")


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### code chunk number 5: focalCall.Rnw:106-107
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igvFiles(calls_focals)


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### code chunk number 6: focalCall.Rnw:122-123
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sessionInfo()