inst/doc/iASeqVignette.R

In iASeq: iASeq: integrating multiple sequencing datasets for detecting allele-specific events

### R code from vignette source 'iASeqVignette.Rnw'

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### code chunk number 1: iASeqVignette.Rnw:21-25
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library(iASeq)
data(sampleASE)
colnames(sampleASE_exprs)
sampleASE_studyid


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### code chunk number 2: iASeqVignette.Rnw:31-32
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sampleASE_repid


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### code chunk number 3: iASeqVignette.Rnw:39-40
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sampleASE_refid


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### code chunk number 4: iASeqVignette.Rnw:46-48
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motif.fitted<-iASeqmotif(sampleASE_exprs,sampleASE_studyid,sampleASE_repid,
	sampleASE_refid,K=1:5,iter.max=5,tol=1e-3)


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### code chunk number 5: iASeqVignette.Rnw:53-58
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motif.fitted$bic

plotBIC(motif.fitted)



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### code chunk number 6: iASeqVignette.Rnw:73-75
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plotMotif(motif.fitted$bestmotif,cutoff=0.9)



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### code chunk number 7: iASeqVignette.Rnw:83-86
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head(motif.fitted$bestmotif$p.post)