R/allGeneric.R

In les: Identifying Differential Effects in Tiling Microarray Data

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## generics for les package
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## generic Les
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setGeneric("Les",
           function(pos, pval, chr)
           {standardGeneric("Les")}
           )

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## generic ci
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setGeneric("ci",
           function(object, subset, nBoot=100, conf=0.95,
                    nCores=NULL, ...)
           {standardGeneric("ci")}
           )

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## generic estimate
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setGeneric("estimate",
           function(object, win, weighting=triangWeight,
                    grenander=TRUE, se=FALSE, minProbes=3,
                    method="la", nCores=NULL, verbose=FALSE, ...)
           {standardGeneric("estimate")}
           )

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## generic regions
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setGeneric("regions",
           function(object, limit=NULL, minLength=2, maxGap=Inf,
                    verbose=FALSE, ...)
           {standardGeneric("regions")}
           )


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## generic threshold
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setGeneric("threshold",
           function(object, grenander=FALSE, verbose=FALSE, ...)
           {standardGeneric("threshold")}
           )


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## generic export
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setGeneric("export",
           function(object, file, format="bed", chr, range,
                    description="Lambda", strand=".", group="les",
                    precision=4, ...)
           {standardGeneric("export")}
           )


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## generic chi2
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setGeneric("chi2",
           function(object, winSize, regions, offset, fdr="lfdr",
                    method, scaling=les:::scaleNorm, nCores=NULL,
                    verbose=FALSE, ...)
           {standardGeneric("chi2")}
           )