muscle-vignette.R
In muscle: Multiple Sequence Alignment with MUSCLE

### R code from vignette source 'muscle-vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: muscle-vignette.Rnw:64-65
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library(muscle)


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### code chunk number 2: muscle-vignette.Rnw:70-71
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umax


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### code chunk number 3: muscle-vignette.Rnw:76-77
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aln <- muscle(umax)


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### code chunk number 4: muscle-vignette.Rnw:82-83
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aln


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### code chunk number 5: muscle-vignette.Rnw:88-90
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file.path <- system.file("extdata", "someORF.fa", package = "Biostrings")
orf <- readDNAStringSet(file.path, format = "fasta")


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### code chunk number 6: muscle-vignette.Rnw:95-96
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orf


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### code chunk number 7: muscle-vignette.Rnw:109-110
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aln <- muscle(umax, diags = TRUE)


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### code chunk number 8: muscle-vignette.Rnw:115-116
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aln <- muscle(umax, gapopen = -30)


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### code chunk number 9: muscle-vignette.Rnw:121-122
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aln <- muscle(umax, quiet = TRUE)


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### code chunk number 10: muscle-vignette.Rnw:127-128
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aln <- muscle(umax, maxhours = 24.0)


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### code chunk number 11: muscle-vignette.Rnw:139-140
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sessionInfo()