plotExG.R
In pathRender: Render molecular pathways

### R code from vignette source 'plotExG.Rnw'

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### code chunk number 1: lkmapk
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library(graph)
library(pathRender)
library(Rgraphviz)
data(pancrCaIni)
plot(pancrCaIni, nodeAttrs=pwayRendAttrs(pancrCaIni))


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### code chunk number 2: doall
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library(ALL)
if (!exists("ALL")) data(ALL)


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### code chunk number 3: doredu
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if ("package:hgu95av2" %in% search()) detach("package:hgu95av2")
library(hgu95av2.db)
red1 = reduceES( ALL, nodes(pancrCaIni), revmap(hgu95av2SYMBOL), "symbol" )
red1
pData(featureData(red1))


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### code chunk number 4: dored2
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collap1 = reduceES( ALL, nodes(pancrCaIni), revmap(hgu95av2SYMBOL), "symbol", mean )
collap1


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### code chunk number 5: dothp
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library(RColorBrewer)
plotExGraph(pancrCaIni, collap1, 1)