inst/doc/pdmclass.R

In pdmclass: Classification of Microarray Samples using Penalized Discriminant Methods

### R code from vignette source 'pdmclass.Rnw'

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### code chunk number 1: pdmclass.Rnw:76-80
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library("pdmclass")
data("fibroEset")
fibroEset
pData(fibroEset)


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### code chunk number 2: pdmclass.Rnw:90-93
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y <- as.factor(pData(fibroEset)[,2])
x <- t(exprs(fibroEset))
gn.class <- pdmClass(y ~ x, method = "pls")


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### code chunk number 3: pdmclass.Rnw:99-100 (eval = FALSE)
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## plot(gn.class, pch = levels(y))


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### code chunk number 4: pdmclass.Rnw:105-106
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plot(gn.class, pch = levels(y))


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### code chunk number 5: pdmclass.Rnw:121-122
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predict(gn.class)


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### code chunk number 6: pdmclass.Rnw:140-142
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tst <- pdmClass.cv(y, x, method = "pls")
confusion(tst, y)


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### code chunk number 7: pdmclass.Rnw:153-157
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gns <- featureNames(fibroEset)
len <- 10
tmp <- pdmGenes(y~x, genelist = gns, list.length = len, B=10)
tmp