Nothing
### R code from vignette source 'pepXMLTab.Rnw'
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### code chunk number 1: options
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options(width=70)
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### code chunk number 2: loadpkg
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library(pepXMLTab)
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### code chunk number 3: pepTab
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#MyriMatch example
pepxml <- system.file("extdata/pepxml", "Myrimatch.pepXML",
package="pepXMLTab")
tttt <- pepXML2tab(pepxml)
tttt[1:2,]
#Mascot example
pepxml <- system.file("extdata/pepxml", "Mascot.pepXML", package="pepXMLTab")
tttt <- pepXML2tab(pepxml)
tttt[1:2,]
#SEQUEST example
pepxml <- system.file("extdata/pepxml", "SEQUEST.pepXML", package="pepXMLTab")
tttt <- pepXML2tab(pepxml)
tttt[1:2,]
#XTandem example
pepxml <- system.file("extdata/pepxml", "XTandem.pepXML", package="pepXMLTab")
tttt <- pepXML2tab(pepxml)
tttt[1:2,]
###################################################
### code chunk number 4: filter
###################################################
## MyriMatch example
pepxml <- system.file("extdata/pepxml", "Myrimatch.pepXML",
package="pepXMLTab")
tttt <- pepXML2tab(pepxml)
passed <- PSMfilter(tttt, pepFDR=0.01, scorecolumn='mvh', hitrank=1,
minpeplen=6, decoyprefix='rev_')
passed[1, ]
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### code chunk number 5: SessionInfo
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sessionInfo()
Any scripts or data that you put into this service are public.
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