plgem: Detect differential expression in microarray and proteomics datasets with the Power Law Global Error Model (PLGEM)

The Power Law Global Error Model (PLGEM) has been shown to faithfully model the variance-versus-mean dependence that exists in a variety of genome-wide datasets, including microarray and proteomics data. The use of PLGEM has been shown to improve the detection of differentially expressed genes or proteins in these datasets.

AuthorMattia Pelizzola <mattia.pelizzola@gmail.com> and Norman Pavelka <normanpavelka@gmail.com>
Date of publicationNone
MaintainerNorman Pavelka <normanpavelka@gmail.com>
LicenseGPL-2
Version1.46.0
http://www.genopolis.it

View on Bioconductor

Files

plgem/DESCRIPTION
plgem/NAMESPACE
plgem/NEWS
plgem/R
plgem/R/plgem.deg.R plgem/R/plgem.fit.R plgem/R/plgem.obsStn.R
plgem/R/plgem.pValue.r
plgem/R/plgem.resampledStn.R plgem/R/plgem.write.summary.R plgem/R/privateFunctions.R plgem/R/run.plgem.R plgem/R/setGpar.R
plgem/R/zzz.r
plgem/build
plgem/build/vignette.rds
plgem/data
plgem/data/LPSeset.rda
plgem/inst
plgem/inst/CITATION
plgem/inst/doc
plgem/inst/doc/plgem.R
plgem/inst/doc/plgem.Rnw
plgem/inst/doc/plgem.pdf
plgem/man
plgem/man/LPSeset.Rd plgem/man/plgem.deg.Rd plgem/man/plgem.fit.Rd plgem/man/plgem.obsStn.Rd
plgem/man/plgem.pValue.rd
plgem/man/plgem.resampledStn.Rd plgem/man/plgem.write.summary.Rd plgem/man/run.plgem.Rd plgem/man/setGpar.Rd
plgem/vignettes
plgem/vignettes/plgem.Rnw

Questions? Problems? Suggestions? or email at ian@mutexlabs.com.

Please suggest features or report bugs with the GitHub issue tracker.

All documentation is copyright its authors; we didn't write any of that.