plgem: Detect differential expression in microarray and proteomics datasets with the Power Law Global Error Model (PLGEM)

The Power Law Global Error Model (PLGEM) has been shown to faithfully model the variance-versus-mean dependence that exists in a variety of genome-wide datasets, including microarray and proteomics data. The use of PLGEM has been shown to improve the detection of differentially expressed genes or proteins in these datasets.

Author
Mattia Pelizzola <mattia.pelizzola@gmail.com> and Norman Pavelka <normanpavelka@gmail.com>
Date of publication
None
Maintainer
Norman Pavelka <normanpavelka@gmail.com>
License
GPL-2
Version
1.46.0
URLs

View on Bioconductor

Man pages

LPSeset
ExpressionSet for Testing PLGEM
plgem.deg
Selection of Differentially Expressed Genes/Proteins With...
plgem.fit
PLGEM Fitting and Evaluation
plgem.obsStn
Computation of Observed PLGEM-STN Statistics
plgem.resampledStn
Computation of Resampled PLGEM-STN Statistics
plgem.write.summary
Write the Result of a PLGEM Analysis to the Working Directory
run.plgem
Wrapper for Power Law Global Error Model (PLGEM) analysis...
setGpar
Set graphical parameters for PLGEM fitting evaluation plots

Files in this package

plgem/DESCRIPTION
plgem/NAMESPACE
plgem/NEWS
plgem/R
plgem/R/plgem.deg.R
plgem/R/plgem.fit.R
plgem/R/plgem.obsStn.R
plgem/R/plgem.pValue.r
plgem/R/plgem.resampledStn.R
plgem/R/plgem.write.summary.R
plgem/R/privateFunctions.R
plgem/R/run.plgem.R
plgem/R/setGpar.R
plgem/R/zzz.r
plgem/build
plgem/build/vignette.rds
plgem/data
plgem/data/LPSeset.rda
plgem/inst
plgem/inst/CITATION
plgem/inst/doc
plgem/inst/doc/plgem.R
plgem/inst/doc/plgem.Rnw
plgem/inst/doc/plgem.pdf
plgem/man
plgem/man/LPSeset.Rd
plgem/man/plgem.deg.Rd
plgem/man/plgem.fit.Rd
plgem/man/plgem.obsStn.Rd
plgem/man/plgem.pValue.rd
plgem/man/plgem.resampledStn.Rd
plgem/man/plgem.write.summary.Rd
plgem/man/run.plgem.Rd
plgem/man/setGpar.Rd
plgem/vignettes
plgem/vignettes/plgem.Rnw