plgem: Detect differential expression in microarray and proteomics datasets with the Power Law Global Error Model (PLGEM)

Share:

The Power Law Global Error Model (PLGEM) has been shown to faithfully model the variance-versus-mean dependence that exists in a variety of genome-wide datasets, including microarray and proteomics data. The use of PLGEM has been shown to improve the detection of differentially expressed genes or proteins in these datasets.

Author
Mattia Pelizzola <mattia.pelizzola@gmail.com> and Norman Pavelka <normanpavelka@gmail.com>
Date of publication
None
Maintainer
Norman Pavelka <normanpavelka@gmail.com>
License
GPL-2
Version
1.46.0
URLs

View on Bioconductor

Man pages

LPSeset
ExpressionSet for Testing PLGEM
plgem.deg
Selection of Differentially Expressed Genes/Proteins With...
plgem.fit
PLGEM Fitting and Evaluation
plgem.obsStn
Computation of Observed PLGEM-STN Statistics
plgem.resampledStn
Computation of Resampled PLGEM-STN Statistics
plgem.write.summary
Write the Result of a PLGEM Analysis to the Working Directory
run.plgem
Wrapper for Power Law Global Error Model (PLGEM) analysis...
setGpar
Set graphical parameters for PLGEM fitting evaluation plots

Files in this package

plgem/DESCRIPTION
plgem/NAMESPACE
plgem/NEWS
plgem/R
plgem/R/plgem.deg.R
plgem/R/plgem.fit.R
plgem/R/plgem.obsStn.R
plgem/R/plgem.pValue.r
plgem/R/plgem.resampledStn.R
plgem/R/plgem.write.summary.R
plgem/R/privateFunctions.R
plgem/R/run.plgem.R
plgem/R/setGpar.R
plgem/R/zzz.r
plgem/build
plgem/build/vignette.rds
plgem/data
plgem/data/LPSeset.rda
plgem/inst
plgem/inst/CITATION
plgem/inst/doc
plgem/inst/doc/plgem.R
plgem/inst/doc/plgem.Rnw
plgem/inst/doc/plgem.pdf
plgem/man
plgem/man/LPSeset.Rd
plgem/man/plgem.deg.Rd
plgem/man/plgem.fit.Rd
plgem/man/plgem.obsStn.Rd
plgem/man/plgem.pValue.rd
plgem/man/plgem.resampledStn.Rd
plgem/man/plgem.write.summary.Rd
plgem/man/run.plgem.Rd
plgem/man/setGpar.Rd
plgem/vignettes
plgem/vignettes/plgem.Rnw