proteinProfiles.R
In proteinProfiles: Protein Profiling

### R code from vignette source 'proteinProfiles.Rnw'

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### code chunk number 1: proteinProfiles.Rnw:15-16
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  if(exists(".orig.enc")) options(encoding = .orig.enc)


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### code chunk number 2: settings
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set.seed(1)
options(width=65)


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### code chunk number 3: load_package
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library(proteinProfiles)


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### code chunk number 4: install_package (eval = FALSE)
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## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
##     install.packages("BiocManager")
## BiocManager::install("proteinProfiles")


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### code chunk number 5: getting_help (eval = FALSE)
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## vignette(package="proteinProfiles")
## vignette("proteinProfiles")
## ?profileDistance


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### code chunk number 6: load_dataset
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data(ips_sample)
ls()


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### code chunk number 7: explore_ratios
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head(ratios)


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### code chunk number 8: explore_annotation
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colnames(annotation)


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### code chunk number 9: remove_na
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ratios_filtered <- filterFeatures(ratios, 0.3, verbose=TRUE)


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### code chunk number 10: grep_anno_protein_name
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names(annotation)
index_28S <- grepAnnotation(annotation, pattern="^28S", column="Protein.Name")
index_28S


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### code chunk number 11: grep_anno_ribosome_kegg
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index_ribosome <- grepAnnotation(annotation, "Ribosome", "KEGG")
index_ribosome


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### code chunk number 12: profile_1
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z1 <- profileDistance(ratios, index_28S)
z1$d0
z1$p.value
plotProfileDistance(z1)


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### code chunk number 13: profile_2
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z2 <- profileDistance(ratios, index_ribosome, nSample=2000)
plotProfileDistance(z2)


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### code chunk number 14: sessionInfo
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toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)