Nothing
### R code from vignette source 'sapFinder.Rnw'
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### code chunk number 1: style
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BiocStyle::latex(use.unsrturl=FALSE)
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### code chunk number 2: createdb
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library(sapFinder)
vcf <- system.file("extdata/sapFinder_test.vcf",
package="sapFinder")
annotation <- system.file("extdata/sapFinder_test_ensGene.txt",
package="sapFinder")
refseq <- system.file("extdata/sapFinder_test_ensGeneMrna.fa",
package="sapFinder")
xref <- system.file("extdata/sapFinder_test_BioMart.Xref.txt",
package="sapFinder")
outdir <- "db_dir"
prefix <- "sapFinder_test"
db.files <- dbCreator(vcf=vcf, annotation=annotation,
refseq=refseq, outdir=outdir,
prefix=prefix,xref=xref)
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### code chunk number 3: databasesearching
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outdir<-"."
mgf.path <- system.file("extdata/sapFinder_test.mgf",
package="sapFinder")
protein.db <- db.files[1]
xml.path <- runTandem(spectra=mgf.path, fasta=protein.db,
outdir = outdir,tol=10, tolu="ppm",
itol=0.1, itolu="Daltons")
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### code chunk number 4: parserGear
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parserGear(file=xml.path, db=db.files[1],
outdir='parser_outdir', prefix=prefix)
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### code chunk number 5: mascotParser (eval = FALSE)
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## dat_file<-"mascot_raw.dat"
## parserGear(file=dat_file, db=db.files[1],
## outdir='parser_outdir', prefix=prefix)
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### code chunk number 6: reportg
###################################################
reportCreator(indir="parser_outdir",
db= db.files[1], varInfor=db.files[2],prefix=prefix)
###################################################
### code chunk number 7: auto
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vcf <- system.file("extdata/sapFinder_test.vcf",
package="sapFinder")
annotation <- system.file("extdata/sapFinder_test_ensGene.txt",
package="sapFinder")
refseq <- system.file("extdata/sapFinder_test_ensGeneMrna.fa",
package="sapFinder")
mgf.path <- system.file("extdata/sapFinder_test.mgf",
package="sapFinder")
xref <- system.file("extdata/sapFinder_test_BioMart.Xref.txt",
package="sapFinder")
easyRun(vcf=vcf,annotation=annotation,refseq=refseq,
outdir="test",prefix="sapFinder_test",
spectra=mgf.path,cpu=0,tol=10, tolu="ppm",
itol=0.1,itolu="Daltons",xref=xref)
###################################################
### code chunk number 8: sessionInfo
###################################################
toLatex(sessionInfo())
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