snm.R
In snm: Supervised Normalization of Microarrays

### R code from vignette source 'snm.Rnw'

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### code chunk number 1: load.library
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library(snm)


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### code chunk number 2: load.simulated.example.1
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singleChannel <- sim.singleChannel(12345)
str(singleChannel)


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### code chunk number 3: normalize.simulated.example.1
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snm.obj1 <- snm(singleChannel$raw.data,
				singleChannel$bio.var,
				singleChannel$adj.var,
			        singleChannel$int.var)


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### code chunk number 4: check.pvalues.1
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ks.test(snm.obj1$pval[singleChannel$true.nulls],"punif")