tr_2004_01.R
In twilight: Estimation of local false discovery rate

### R code from vignette source 'tr_2004_01.Rnw'

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### code chunk number 1: tr_2004_01.Rnw:46-48 (eval = FALSE)
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## q(save="no")
## 


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### code chunk number 2: tr_2004_01.Rnw:49-56
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library(splines)
library(stats)
library(golubEsets)
library(vsn)
oldopt <- options(digits=3)
on.exit( {options(oldopt)} )
options(width=75)


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### code chunk number 3: tr_2004_01.Rnw:111-114
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data(Golub_Train)
golubNorm <- justvsn(Golub_Train)
id <- as.numeric(Golub_Train$ALL.AML) #$


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### code chunk number 4: tr_2004_01.Rnw:118-120
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Golub_Train$ALL.AML #$
id


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### code chunk number 5: tr_2004_01.Rnw:130-132
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library(twilight)
pval <- twilight.pval(golubNorm, id, B=100)


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### code chunk number 6: tr_2004_01.Rnw:137-139
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data(expval)
expval


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### code chunk number 7: tr_2004_01.Rnw:143-145
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class(expval)
names(expval)


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### code chunk number 8: tr_2004_01.Rnw:149-150
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names(expval$result) #$


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### code chunk number 9: tr_2004_01.Rnw:155-156
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expval$result[1:7,1:5] #$


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### code chunk number 10: tr_2004_01.Rnw:160-166
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bitmap(file="tr_2004_01-scores.png",width=6,height=4.5,pointsize=10)
plot(expval,which="scores",grayscale=F,legend=F)
dev.off()
bitmap(file="tr_2004_01-qvalues.png",width=6,height=4.5,pointsize=10)
plot(expval,which="qvalues")
dev.off()


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### code chunk number 11: tr_2004_01.Rnw:178-179
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expval$pi0 #$


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### code chunk number 12: tr_2004_01.Rnw:212-215
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gene <- exprs(golubNorm)[pval$result$index[1],]
corr <- twilight.pval(golubNorm,gene,method="spearman",quant.ci=0.99,B=100)
corr


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### code chunk number 13: tr_2004_01.Rnw:221-222
###################################################
corr$result[1:10,1:5] #$


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### code chunk number 14: tr_2004_01.Rnw:227-230
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bitmap(file="tr_2004_01-corr.png",width=6,height=4.5,pointsize=10)
plot(corr,which="scores",grayscale=F,legend=F)
dev.off()


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### code chunk number 15: tr_2004_01.Rnw:268-270
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yperm <- twilight.filtering(golubNorm,id,method="fc",num.perm=50,num.take=10)
dim(yperm)


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### code chunk number 16: tr_2004_01.Rnw:275-278
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yperm <- yperm[-1,]
b <- twilight.pval(golubNorm,yperm[1,],method="fc",yperm=yperm)
hist(b$result$pvalue,col="gray",br=20)


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### code chunk number 17: tr_2004_01.Rnw:281-284
###################################################
bitmap(file="tr_2004_01-hist.png",width=6,height=4.5,pointsize=10)
hist(b$result$pvalue,col="gray",br=20,main="",xlab="P-value")
dev.off()


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### code chunk number 18: tr_2004_01.Rnw:324-327
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data(exfdr)
exfdr



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### code chunk number 19: tr_2004_01.Rnw:328-329
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exfdr$result[1:5,6:9] #$


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### code chunk number 20: tr_2004_01.Rnw:334-343
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bitmap(file="tr_2004_01-fdr.png",width=6,height=4.5,pointsize=10)
plot(exfdr,which="fdr",grayscale=F,legend=T)
dev.off()
bitmap(file="tr_2004_01-volcano.png",width=6,height=4.5,pointsize=10)
plot(exfdr,which="volcano")
dev.off()
bitmap(file="tr_2004_01-effectsize.png",width=6,height=4.5,pointsize=10)
plot(exfdr,which="effectsize",legend=T)
dev.off()


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### code chunk number 21: tr_2004_01.Rnw:367-369
###################################################
tab <- plot(exfdr,which="table")
tab[1:8,]


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### code chunk number 22: tr_2004_01.Rnw:394-396
###################################################
x <- c(rep(0,2),rep(1,3))
x


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### code chunk number 23: tr_2004_01.Rnw:399-400
###################################################
twilight.combi(x,pin=FALSE,bin=FALSE)


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### code chunk number 24: tr_2004_01.Rnw:407-408
###################################################
twilight.combi(x,pin=FALSE,bin=TRUE)


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### code chunk number 25: tr_2004_01.Rnw:416-418
###################################################
y <- c(rep(0,4),rep(1,4))
y


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### code chunk number 26: tr_2004_01.Rnw:421-422
###################################################
twilight.combi(y,pin=TRUE,bin=FALSE)


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### code chunk number 27: tr_2004_01.Rnw:429-430
###################################################
twilight.combi(y,pin=TRUE,bin=TRUE)


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### code chunk number 28: tr_2004_01.Rnw:435-436
###################################################
twilight.permute.pair(y,7,bal=TRUE)


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### code chunk number 29: tr_2004_01.Rnw:439-440
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Sys.sleep(30)