inst/APCode/Ch9.R

### R code from vignette source 'Ch9.rnw'

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### code chunk number 1: setup
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source("GenericSettings.R")


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### code chunk number 2: Ch9.rnw:24-26
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data(HandHeight, package="MindOnStats")
str(HandHeight)


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### code chunk number 3: 3HandsVHeights
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plot(HandSpan~Height, data=HandHeight, ylab="Hand span")


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### code chunk number 4: Ch9.rnw:39-40
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summary(Hand.lm <- lm(HandSpan~Height, data=HandHeight))


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### code chunk number 5: 4HandResidsQQNorm
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Residuals = residuals(Hand.lm)
qqnorm(Residuals)
qqline(Residuals)


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### code chunk number 6: 4HandResidsVFits
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Fits=fitted(Hand.lm)
plot(Residuals~Fits)


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### code chunk number 7: XHandHeightFittedLinePlot
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plot(HandSpan~Height, data=HandHeight)
abline(Hand.lm)


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### code chunk number 8: Ch9.rnw:71-74
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data(Cereals, package="MindOnStats")
str(Cereals)
summary(Energy.lm <- lm(Energy~Dfibre, data=Cereals))


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### code chunk number 9: 6EnergyResidsQQNorm
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qqnorm(residuals(Energy.lm))
qqline(residuals(Energy.lm))


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### code chunk number 10: 6EnergyResidsVFits
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plot(residuals(Energy.lm)~fitted(Energy.lm))


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### code chunk number 11: Ch9.rnw:100-102
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data(Textbooks, package="MindOnStats")
summary(BookWeight.lm <- lm(Weight~Thickness, data=Textbooks))


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### code chunk number 12: 13BookWeightResidsQQNorm
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Residuals = residuals(BookWeight.lm)
qqnorm(Residuals)
qqline(Residuals)


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### code chunk number 13: 13BookWeightResidsVFits
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Fits = fitted(BookWeight.lm)
plot(Residuals~Fits)
abline(h=0)


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### code chunk number 14: Ch9.rnw:127-128
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sqrtWeight = sqrt(Textbooks$Weight)


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### code chunk number 15: Ch9.rnw:136-137
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summary(Energy.lm2 <- lm(Energy~Protein+Carbo+Dfibre, data=Cereals))


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### code chunk number 16: 15Energy4ResidGraphs
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Residuals=residuals(Energy.lm2)
Fits=fitted(Energy.lm2)
par(mfrow=c(2,2))
plot(Residuals~Cereals$Protein, xlab="Protein")
abline(h=0)
plot(Residuals~Cereals$Carbo, xlab="Carbohydrates")
abline(h=0)
plot(Residuals~Cereals$Dfibre, xlab="Dietary fibre")
abline(h=0)
plot(Residuals~Fits, xlab="Fitted values")
abline(h=0)


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### code chunk number 17: Ch9.rnw:159-161
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data(TimePerception, package="MindOnStats")
summary(TenSec.lm <- lm(TenSec~FiveSec*Gender, data=TimePerception))


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### code chunk number 18: XFitsVX
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plot(fitted(TenSec.lm)~TimePerception$FiveSec, xlab="Five seconds", main = "Predicted values for Ten Seconds vs actual data for Five Seconds", ylab="Fitted values")


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### code chunk number 19: Ch9.rnw:175-176
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summary( Price.lm1 <- lm(Price~Thickness+Weight+Year+Coverstyle+Colour+CD, data=Textbooks))


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### code chunk number 20: 16TextbooksPriceResidsWeight
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Residuals=residuals(Price.lm1)
attach(Textbooks)
plot(Residuals~Weight)
abline(h=0)


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### code chunk number 21: 16TextbooksPriceResidsColour
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plot(Residuals~Colour)


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### code chunk number 22: 16TextbooksPriceResidsYear
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plot(Residuals~Year)
abline(h=0)
detach(Textbooks)


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### code chunk number 23: Ch9.rnw:204-205
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summary(Price.lm2 <- lm(Price~poly(Thickness,2,raw=TRUE)+poly(Weight,2,raw=TRUE)+Year+Coverstyle+Colour+CD, data=Textbooks))


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### code chunk number 24: Ch9.rnw:214-215
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anova(Energy.lm)


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### code chunk number 25: Ch9.rnw:219-220
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confint(Energy.lm)


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### code chunk number 26: Ch9.rnw:227-229
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predict(Energy.lm, Cereals[1:5,], interval="prediction")
predict(Energy.lm, Cereals[1:5,], interval="confidence")

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