PHYLOGR: Functions for Phylogenetically Based Statistical Analyses

Manipulation and analysis of phylogenetically simulated data sets and phylogenetically based analyses using GLS.

AuthorRamon Diaz-Uriarte <rdiaz@cnio.es> and Theodore Garland, Jr <theodore.garland@ucr.edu>
Date of publication2014-11-10 01:39:39
MaintainerRamon Diaz-Uriarte <rdiaz02@gmail.com>
LicenseGPL (>= 2)
Version1.0.8
http://ligarto.org/rdiaz

View on CRAN

Functions

cancor.phylog Man page
cor.origin Man page
GarlandJanis.IC Man page
GarlandJanis.Original Man page
GarlandJanis.varcov Man page
Lacertid.IC Man page
Lacertid.Original Man page
Lacertid.varcov Man page
lm.phylog Man page
matrix.D Man page
number.of.simulations Man page
number.of.tips.inp Man page
number.of.tips.pdi Man page
number.of.tips.sim Man page
num.sim.tips Man page
phylog.gls.fit Man page
plot.phylog.cancor Man page
plot.phylog.lm Man page
plot.phylog.prcomp Man page
prcomp.phylog Man page
print.summary.phylog.cancor Man page
print.summary.phylog.lm Man page
print.summary.phylog.prcomp Man page
read.inp.data Man page
read.pdi.data Man page
read.phylip.data Man page
read.phylog.matrix Man page
read.sim.data Man page
scan.inp.file Man page
scan.pdi.file Man page
scan.simulation.file Man page
SimulExample Man page
summary.phylog.cancor Man page
summary.phylog.lm Man page
summary.phylog.prcomp Man page
tips.names.inp Man page
tips.names.pdi Man page

Files

PHYLOGR
PHYLOGR/COPYING
PHYLOGR/inst
PHYLOGR/inst/Examples
PHYLOGR/inst/Examples/iclag.pdi
PHYLOGR/inst/Examples/49hmt.sim
PHYLOGR/inst/Examples/49hmt.inp
PHYLOGR/inst/Examples/49ms.sim
PHYLOGR/inst/Examples/ifsmi.pdi
PHYLOGR/inst/Examples/icfxx.sim
PHYLOGR/inst/Examples/ihshw.sim
PHYLOGR/inst/Examples/ihshw.fic
PHYLOGR/inst/Examples/49ms.fic
PHYLOGR/inst/Examples/49lbr.pdi
PHYLOGR/inst/Examples/ihshw.pdi
PHYLOGR/inst/Examples/49hmt.pdi
PHYLOGR/inst/Examples/ifsmi.sim
PHYLOGR/inst/Examples/49hmt.fic
PHYLOGR/inst/Examples/49lbr.inp
PHYLOGR/inst/Examples/Rplots.ps
PHYLOGR/inst/Examples/iclag.sim
PHYLOGR/inst/Examples/49ms.dsc
PHYLOGR/inst/Examples/LacertidData.PhylipIntree
PHYLOGR/inst/Examples/49ms.pdi
PHYLOGR/inst/Examples/Examples-code.R
PHYLOGR/inst/Examples/LacertidData.PhylipInfile
PHYLOGR/inst/Examples/Index
PHYLOGR/inst/Examples/iclag.fic
PHYLOGR/inst/Examples/ifsmi.fic
PHYLOGR/inst/Examples/icfxx.pdi
PHYLOGR/inst/Examples/ifsmi.dsc
PHYLOGR/inst/Examples/Examples.pdf
PHYLOGR/inst/Examples/49lbr.sim
PHYLOGR/inst/Examples/icfxx.fic
PHYLOGR/NAMESPACE
PHYLOGR/data
PHYLOGR/data/GarlandJanis.Original.txt.gz
PHYLOGR/data/Lacertid.varcov.txt.gz
PHYLOGR/data/GarlandJanis.varcov.txt.gz
PHYLOGR/data/SimulExample.txt.gz
PHYLOGR/data/Lacertid.IC.txt.gz
PHYLOGR/data/GarlandJanis.IC.txt.gz
PHYLOGR/data/Lacertid.Original.txt.gz
PHYLOGR/R
PHYLOGR/R/PHYLOGR.R
PHYLOGR/MD5
PHYLOGR/DESCRIPTION
PHYLOGR/man
PHYLOGR/man/plot.phylog.lm.Rd PHYLOGR/man/read.pdi.data.Rd PHYLOGR/man/summary.phylog.lm.Rd PHYLOGR/man/cor.origin.Rd PHYLOGR/man/read.sim.data.Rd PHYLOGR/man/Lacertid.varcov.Rd PHYLOGR/man/matrix.D.Rd PHYLOGR/man/Lacertid.IC.Rd PHYLOGR/man/cancor.phylog.Rd PHYLOGR/man/Helper.functions.Rd PHYLOGR/man/summary.phylog.prcomp.Rd PHYLOGR/man/SimulExample.Rd PHYLOGR/man/phylog.gls.fit.Rd PHYLOGR/man/GarlandJanis.IC.Rd PHYLOGR/man/GarlandJanis.varcov.Rd PHYLOGR/man/GarlandJanis.Original.Rd PHYLOGR/man/prcomp.phylog.Rd PHYLOGR/man/read.phylog.matrix.Rd PHYLOGR/man/lm.phylog.Rd PHYLOGR/man/plot.phylog.prcomp.Rd PHYLOGR/man/print.summary.phylog.Rd PHYLOGR/man/plot.phylog.cancor.Rd PHYLOGR/man/read.phylip.data.Rd PHYLOGR/man/Lacertid.Original.Rd PHYLOGR/man/summary.phylog.cancor.Rd PHYLOGR/man/read.inp.data.Rd
PHYLOGR/INDEX
PHYLOGR/CHANGES

Questions? Problems? Suggestions? or email at ian@mutexlabs.com.

Please suggest features or report bugs with the GitHub issue tracker.

All documentation is copyright its authors; we didn't write any of that.