exampleHistData: Example histology data
In RSCABS: Rao-Scott Cochran-Armitage by Slices Trend Test

Description Usage Format Source References Examples

Example Histology data included in StatCharrms and RSCABS.

1	data(exampleHistData)

A test data set for StatCharrms and RSCABS that contains all the necessary identifiers along with 51 histopathological endpoints.

Generation: The generation, with three levels F0, F1, and F2.
Treatment: The treatment variable, with 6 levels, where 1 represents the controls.
Replicate: The replicate variable. Observation within the same generation, treatment, and replicate value belong to the same replicate.
Genotypic_Sex: The genotypic sex either Female or Male.
Age: The age ether 16_wk or 8_wk.

US EPA Duluth MED Lab

TBA

1 2	data(exampleHistData) str(exampleHistData)

R session is headless; GTK+ not initialized.
Type Histopath() to begin.
'data.frame':	671 obs. of  56 variables:
 $ Generation                       : Factor w/ 3 levels "F0","F1","F2": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Treatment                        : int  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Replicate                        : Factor w/ 6 levels "A","B","C","D",..: 1 1 2 2 3 4 4 5 5 6 ...
 $ Genotypic_Sex                    : Factor w/ 2 levels "Female","Male": 1 2 1 2 2 1 2 1 2 1 ...
 $ Age                              : Factor w/ 2 levels "16_wk","8_wk": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Gon_Phenotype                    : int  5 1 5 1 1 5 1 5 1 5 ...
 $ Gon_Sex_Reversal                 : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Gon_Incr_Spermatagonia           : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Gon_Testicular_Degen             : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Gon_Interstitial_Cell_HH         : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Gon_Testicular_Hypoplasia        : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Gon_Testicular_Oocytes           : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Gon_Incr_Oocyte_Atresia          : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Gon_Spermatogonia_Vitellogenin   : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Gon_Perifollicular_Cell_HH       : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Gon_Decr_Yolk_Formation          : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Gon_Ovarian_Spermatogenisis      : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Gon_Proteinaceous_fluid          : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Gon_Mineralization               : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Gon_Mineralization_Collducts     : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Gon_Histiocyticcells_Intraluminal: int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Gon_Asynch_Dev                   : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Gon_Cell_infil_mononuclear       : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Gon_Inter_Fibrosis               : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Gon_Hypoplasia                   : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Gon_Inflam_Granulomatous         : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Gon_Ectopic_Ovarian_Follicles    : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Kid_Tub_Mineralization           : int  0 0 1 1 0 0 0 1 0 1 ...
 $ Kid_Glomeruli_Mineralization     : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Kid_Tub_Dilation                 : int  0 0 1 1 0 0 0 1 0 0 ...
 $ Kid_Proteinaceous_Fluid          : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Kid_Nephropathy                  : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Kid_Hematopoietictissue_Hyperp   : int  0 NA 0 NA NA 0 NA 0 NA 0 ...
 $ Kid_Tub_Epithe_Vacuolization     : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Kid_Tub_Epithe_Eosino            : int  1 3 1 2 3 2 2 1 2 1 ...
 $ Kid_Glomer_Epithe_Hypertrophy    : int  0 NA 0 NA NA 0 NA 0 NA 0 ...
 $ Kid_Tub_Casts                    : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Kid_Tub_Epithe_Necrosis          : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Kid_Tub_Protein                  : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Kid_Tub_Regeneration             : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Kid_Glomerulomegaly              : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Kid_Glomeruli_Mesangium_Incr     : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Kid_Glomeruli_BM_thickened       : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Kid_Glomeruli_Protein            : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Liv_Basophilia                   : int  -2 -2 -2 -2 -2 3 -2 -2 -2 -2 ...
 $ Liv_Cysticdegeneration           : int  -2 NA -2 NA NA 0 NA -2 NA -2 ...
 $ Liv_HCV_incr                     : int  -2 NA -2 NA NA 0 NA -2 NA -2 ...
 $ Liv_Proteinaceous_Fluid          : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Liv_Mineralization               : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Liv_Inflam_Granulomatous         : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Oth_SBGG_Hyperplasia             : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Oth_SBGG_Malformation            : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Oth_SBGG_Adenoma                 : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Oth_SBGG_Adenocarcinoma          : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Oth_Thymus_Lymphoidhyperplasia   : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Oth_Pancreas_Fibrosis            : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...