fishervig.R
In aylmer: A generalization of Fisher's exact test

### R code from vignette source 'fishervig.Rnw'

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### code chunk number 1: setup
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ignore <- require(aylmer,quietly=TRUE)
ignore <- require(partitions,quietly=TRUE)


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### code chunk number 2: load_iqd
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data(iqd)  # Table 1


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### code chunk number 3: test_iqd
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jj <- aylmer.test(iqd)


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### code chunk number 4: print_iqd
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jj


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### code chunk number 5: test_iqd_alternative
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jj1 <- aylmer.test(iqd, alternative=function(x){x[1,1]})


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### code chunk number 6: print_iqd_test
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jj1


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### code chunk number 7: aylmerTestA
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shifts
aylmer.test(shifts)


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### code chunk number 8: fisherA
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fisher.test(shifts[-1,  ])$p.value
fisher.test(shifts[  ,-3])$p.value


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### code chunk number 9: loadIcons
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set.seed(0)
data(icons)


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### code chunk number 10: useGood
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good(icons)


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### code chunk number 11: calculateIconStats
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iconstats <- aylmer.test(icons, simulate.p.value=TRUE)


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### code chunk number 12: printIconStats
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iconstats


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### code chunk number 13: dataPurum
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data(purum)


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### code chunk number 14: randomPurum
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set.seed(1)
rP <- randomprobs(purum,B=800)


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### code chunk number 15: fishervig.Rnw:598-599
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g <- function(x) max(abs(x-t(x)),na.rm=TRUE)


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### code chunk number 16: purum_gender
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set.seed(1)
jj7 <- aylmer.test(purum, alternative=g, simulate.p.value=TRUE,B=2000)


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### code chunk number 17: print_iqd_test
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jj7


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### code chunk number 18: plotPurum
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plot(rP, xlab="index", ylab="log(Prob)", type="o", pch=16, cex=0.4, axes=FALSE)
axis(side=1,pos=min(rP)-1)
axis(side=2,pos= -20)
val <-  -175.5185
segments(x0=0,x1=800,y0=val,y1=val,col="gray",lwd=2)
points(x = 1, y=rP[1],pch=16,cex=1.5)
text(x = 1, y=rP[1],"observation",pos=4)


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### code chunk number 19: fishervig.Rnw:769-770
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data(frogs)


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### code chunk number 20: CalculateFrogStats
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frogResults <- aylmer.test(frogs, simulate.p.value=TRUE,B=2000)


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### code chunk number 21: printFrogStats
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frogResults


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### code chunk number 22: printFrogsMatrix
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frogs.matrix


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### code chunk number 23: fishervig.Rnw:916-918
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data(gear) # Table 6
aylmer.test(gear)


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### code chunk number 24: calcGear
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jj <- aylmer.test(gear,alternative="less")$p.value
jj <- round(jj*1e8)/1e3