kdetrees.R
In kdetrees: Nonparametric method for identifying discordant phylogenetic trees

### R code from vignette source 'kdetrees.Rnw'

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### code chunk number 1: preamble
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ops <- options(width=60)
library(kdetrees)


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### code chunk number 2: kdetrees.complete (eval = FALSE)
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## kdetrees.complete("trees.tre")


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### code chunk number 3: read.tree (eval = FALSE)
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## library(ape)
## apicomplexa <- read.tree("apicomplexa.tre")


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### code chunk number 4: kdetrees
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result <- kdetrees(apicomplexa)
result


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### code chunk number 5: kdetrees.diss (eval = FALSE)
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## kdetrees(apicomplexa, k=1.25, distance="diss", topo.only=TRUE)


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### code chunk number 6: plot
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plot(result)


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### code chunk number 7: hist
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hist(result)


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### code chunk number 8: outlierplot
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plot(result$outliers[[1]])


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### code chunk number 9: write.tree (eval = FALSE)
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## write.tree(result$outliers,file="outliers.tre")
## result.df <- as.data.frame(result)
## write.csv(result.df, file="scores.csv")


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### code chunk number 10: adv1 (eval = FALSE)
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## kdetrees(apicomplexa, bw=list(prop=0.5))


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### code chunk number 11: adv2 (eval = FALSE)
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## kdetrees(apicomplexa, bw=6)


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### code chunk number 12: postamble
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options(ops)