MOB.R
In party: A Laboratory for Recursive Partytioning

### R code from vignette source 'MOB.Rnw'

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### code chunk number 1: setup
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require("party")
options(useFancyQuotes = FALSE)


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### code chunk number 2: MOB.Rnw:232-233
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library("party")


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### code chunk number 3: MOB.Rnw:238-239
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data("BostonHousing", package = "mlbench")


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### code chunk number 4: MOB.Rnw:253-255
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BostonHousing$lstat <- log(BostonHousing$lstat)
BostonHousing$rm <- BostonHousing$rm^2


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### code chunk number 5: MOB.Rnw:270-272
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BostonHousing$chas <- factor(BostonHousing$chas, levels = 0:1, labels = c("no", "yes"))
BostonHousing$rad <- factor(BostonHousing$rad, ordered = TRUE)


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### code chunk number 6: MOB.Rnw:283-285
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ctrl <- mob_control(alpha = 0.05, bonferroni = TRUE, minsplit = 40,
  objfun = deviance, verbose = TRUE)


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### code chunk number 7: MOB.Rnw:298-300
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fmBH <- mob(medv ~ lstat + rm | zn + indus + chas + nox + age + dis + rad + tax + crim + b + ptratio,
  data = BostonHousing, control = ctrl, model = linearModel)


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### code chunk number 8: MOB.Rnw:309-310
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fmBH


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### code chunk number 9: MOB.Rnw:316-317 (eval = FALSE)
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## plot(fmBH)


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### code chunk number 10: BostonHousing-plot
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plot(fmBH)


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### code chunk number 11: MOB.Rnw:350-351
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coef(fmBH)


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### code chunk number 12: MOB.Rnw:357-358
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summary(fmBH, node = 7)


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### code chunk number 13: MOB.Rnw:365-366
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sctest(fmBH, node = 7)


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### code chunk number 14: MOB.Rnw:372-375
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mean(residuals(fmBH)^2)
logLik(fmBH)
AIC(fmBH)


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### code chunk number 15: MOB.Rnw:378-380
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nt <- NROW(coef(fmBH))
nk <- NCOL(coef(fmBH))


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### code chunk number 16: MOB.Rnw:396-398
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data("PimaIndiansDiabetes2", package = "mlbench")
PimaIndiansDiabetes <- na.omit(PimaIndiansDiabetes2[,-c(4, 5)])


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### code chunk number 17: MOB.Rnw:418-420
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fmPID <- mob(diabetes ~ glucose | pregnant + pressure + mass + pedigree + age,
  data = PimaIndiansDiabetes, model = glinearModel, family = binomial())


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### code chunk number 18: MOB.Rnw:425-426 (eval = FALSE)
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## plot(fmPID)


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### code chunk number 19: PimaIndiansDiabetes-plot
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plot(fmPID)


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### code chunk number 20: MOB.Rnw:460-462
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coef(fmPID)
exp(coef(fmPID)[,2])


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### code chunk number 21: MOB.Rnw:465-466
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risk <- round(100 * (exp(coef(fmPID)[,2])-1), digits = 1)