jaccard: Jaccard distance matrix

Description Usage Arguments Details Value Author(s) References See Also Examples

Description

Computes Jaccard distances between the columns of a 0-1-matrix.

Usage

1
jaccard(regmat)

Arguments

regmat

0-1-matrix. Columns are species, rows are regions.

Details

The Jaccard distance between two species is 1-(number of regions where both species are present)/(number of regions where at least one species is present). As a similarity coefficient, this is S22 in Shi (1993).

Thank you to Laurent Buffat for improving this function!

Value

A symmetrical matrix of Jaccard distances.

Author(s)

Christian Hennig [email protected] http://www.homepages.ucl.ac.uk/~ucakche

References

Shi, G. R. (1993) Multivariate data analysis in palaeoecology and palaeobiogeography - a review. Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology 105, 199-234.

See Also

kulczynski, dicedist

Examples

1
2
3

Example output

Loading required package: MASS
Loading required package: mclust
Package 'mclust' version 5.3
Type 'citation("mclust")' for citing this R package in publications.
        [,1]   [,2]   [,3]   [,4]   [,5]   [,6]   [,7]   [,8]   [,9]  [,10]
 [1,] 0.0000 0.9655 0.9286 0.9630 0.9630 0.9655 0.8889 0.5000 0.9259 0.8148
 [2,] 0.9655 0.0000 0.8000 1.0000 1.0000 0.5000 0.8000 1.0000 1.0000 1.0000
 [3,] 0.9286 0.8000 0.0000 1.0000 1.0000 0.5000 0.8000 1.0000 1.0000 1.0000
 [4,] 0.9630 1.0000 1.0000 0.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.9444 1.0000 1.0000
 [5,] 0.9630 1.0000 1.0000 1.0000 0.0000 1.0000 1.0000 0.9444 1.0000 0.8000
 [6,] 0.9655 0.5000 0.5000 1.0000 1.0000 0.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
 [7,] 0.8889 0.8000 0.8000 1.0000 1.0000 1.0000 0.0000 1.0000 1.0000 1.0000
 [8,] 0.5000 1.0000 1.0000 0.9444 0.9444 1.0000 1.0000 0.0000 0.8889 0.7222
 [9,] 0.9259 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.8889 0.0000 0.8333
[10,] 0.8148 1.0000 1.0000 1.0000 0.8000 1.0000 1.0000 0.7222 0.8333 0.0000
[11,] 0.9286 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 0.9500 1.0000 1.0000
[12,] 0.8571 1.0000 0.8571 1.0000 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000
[13,] 0.3667 0.9130 0.9130 0.9545 0.9545 0.8636 1.0000 0.5185 0.9091 0.7727
[14,] 0.9259 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.9474 1.0000 1.0000
[15,] 1.0000 0.6667 0.6667 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[16,] 0.8519 0.8333 0.8333 1.0000 1.0000 1.0000 0.2500 1.0000 1.0000 1.0000
[17,] 0.9630 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000
[18,] 0.9655 0.5000 0.5000 1.0000 1.0000 0.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[19,] 0.7857 1.0000 1.0000 0.8571 1.0000 1.0000 1.0000 0.6842 0.8750 0.9091
[20,] 0.4848 0.9167 0.9600 0.9565 0.9565 0.9167 1.0000 0.4231 0.9130 0.8333
[21,] 0.4333 0.8500 0.8500 0.9500 0.9500 0.8500 0.8500 0.6429 0.9000 0.7500
[22,] 0.9643 0.7500 0.3333 1.0000 1.0000 0.3333 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[23,] 0.9630 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[24,] 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[25,] 0.9630 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.9444 1.0000 1.0000
[26,] 0.8889 0.8000 0.8000 1.0000 1.0000 0.8000 0.5000 1.0000 1.0000 1.0000
[27,] 0.8889 0.8000 0.8000 1.0000 1.0000 1.0000 0.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[28,] 0.9630 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[29,] 0.9630 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[30,] 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[31,] 0.9630 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.9444 1.0000 1.0000
[32,] 0.9630 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[33,] 0.9630 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[34,] 0.9630 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000
[35,] 0.9655 0.0000 0.8000 1.0000 1.0000 0.5000 0.8000 1.0000 1.0000 1.0000
[36,] 0.2121 0.9062 0.9062 0.9688 0.9688 0.9062 0.9062 0.4848 0.9375 0.8438
[37,] 0.9643 0.7500 0.7500 1.0000 1.0000 0.7500 1.0000 0.9474 0.6667 0.8333
[38,] 1.0000 0.6667 0.6667 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[39,] 0.9630 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[40,] 0.9655 0.5000 0.5000 1.0000 1.0000 0.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[41,] 0.9655 0.5000 0.8000 1.0000 1.0000 0.5000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[42,] 0.8929 1.0000 1.0000 0.7500 0.7500 1.0000 1.0000 0.8421 1.0000 0.8750
[43,] 0.9630 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[44,] 0.8889 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.8333 1.0000 0.8571
[45,] 0.9630 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[46,] 0.6786 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.6000 0.8000 0.7500
[47,] 1.0000 0.6667 0.6667 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[48,] 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[49,] 0.8519 1.0000 1.0000 1.0000 0.7500 1.0000 1.0000 0.9000 1.0000 0.8750
[50,] 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[51,] 0.9630 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.9444 0.5000 1.0000
[52,] 0.9259 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.9474 0.6667 1.0000
[53,] 0.8519 1.0000 1.0000 1.0000 0.7500 1.0000 1.0000 0.7778 0.5000 0.5000
[54,] 0.9259 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.9474 1.0000 1.0000
[55,] 0.9630 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[56,] 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.8333 1.0000 1.0000
[57,] 0.8889 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.8333 0.3333 0.6667
[58,] 0.9630 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[59,] 0.8519 1.0000 1.0000 0.7500 0.7500 1.0000 1.0000 0.7778 1.0000 0.8750
[60,] 0.9310 0.6000 0.2500 1.0000 1.0000 0.2500 0.8333 1.0000 1.0000 1.0000
[61,] 0.8889 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.8947 1.0000 0.6667
[62,] 1.0000 0.6667 0.6667 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[63,] 0.9630 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[64,] 0.8929 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.8421 0.5000 0.7143
[65,] 0.9643 1.0000 1.0000 1.0000 0.5000 1.0000 1.0000 0.9474 1.0000 0.8333
[66,] 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.8333 1.0000 1.0000
[67,] 0.9259 1.0000 1.0000 0.5000 0.5000 1.0000 1.0000 0.8889 1.0000 0.8333
[68,] 0.9630 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.9444 1.0000 0.8000
[69,] 0.7037 1.0000 1.0000 0.8750 0.8750 1.0000 1.0000 0.6316 1.0000 0.9167
[70,] 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[71,] 0.8889 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.8947 1.0000 0.8571
[72,] 0.9655 0.0000 0.8000 1.0000 1.0000 0.5000 0.8000 1.0000 1.0000 1.0000
[73,] 0.9259 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.8889 0.0000 0.8333
[74,] 0.9259 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.9474 1.0000 1.0000
[75,] 0.8621 0.5000 0.5000 1.0000 1.0000 0.5000 0.5000 1.0000 1.0000 1.0000
[76,] 0.9643 0.7500 0.3333 1.0000 1.0000 0.3333 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[77,] 0.5926 1.0000 1.0000 0.9091 0.9091 1.0000 1.0000 0.6190 1.0000 0.7692
[78,] 0.9630 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[79,] 0.9630 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[80,] 0.8889 1.0000 0.8000 1.0000 1.0000 1.0000 0.5000 1.0000 1.0000 1.0000
       [,11]  [,12]  [,13]  [,14]  [,15]  [,16]  [,17]  [,18]  [,19]  [,20]
 [1,] 0.9286 0.8571 0.3667 0.9259 1.0000 0.8519 0.9630 0.9655 0.7857 0.4848
 [2,] 1.0000 1.0000 0.9130 1.0000 0.6667 0.8333 1.0000 0.5000 1.0000 0.9167
 [3,] 1.0000 0.8571 0.9130 1.0000 0.6667 0.8333 0.6667 0.5000 1.0000 0.9600
 [4,] 0.6667 1.0000 0.9545 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.8571 0.9565
 [5,] 1.0000 1.0000 0.9545 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.9565
 [6,] 1.0000 1.0000 0.8636 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 0.0000 1.0000 0.9167
 [7,] 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000 0.2500 0.6667 1.0000 1.0000 1.0000
 [8,] 0.9500 1.0000 0.5185 0.9474 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.6842 0.4231
 [9,] 1.0000 1.0000 0.9091 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.8750 0.9130
[10,] 1.0000 1.0000 0.7727 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.9091 0.8333
[11,] 0.0000 0.6667 0.9130 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.8889 0.8696
[12,] 0.6667 0.0000 0.9615 1.0000 1.0000 0.7143 0.8000 1.0000 1.0000 0.9231
[13,] 0.9130 0.9615 0.0000 0.9565 0.9545 1.0000 1.0000 0.8636 0.8846 0.3929
[14,] 1.0000 1.0000 0.9565 0.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.8750 0.9130
[15,] 1.0000 1.0000 0.9545 1.0000 0.0000 1.0000 1.0000 0.6667 1.0000 0.9565
[16,] 1.0000 0.7143 1.0000 1.0000 1.0000 0.0000 0.7500 1.0000 1.0000 1.0000
[17,] 1.0000 0.8000 1.0000 1.0000 1.0000 0.7500 0.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[18,] 1.0000 1.0000 0.8636 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000 0.0000 1.0000 0.9167
[19,] 0.8889 1.0000 0.8846 0.8750 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.0000 0.6957
[20,] 0.8696 0.9231 0.3929 0.9130 0.9565 1.0000 1.0000 0.9167 0.6957 0.0000
[21,] 0.9048 0.8095 0.4444 0.9524 0.9500 0.8571 0.9500 0.8500 0.8750 0.5172
[22,] 1.0000 1.0000 0.9091 1.0000 0.5000 1.0000 1.0000 0.3333 1.0000 0.9583
[23,] 1.0000 1.0000 1.0000 0.5000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.8571 0.9565
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[25,] 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.8571 0.9565
[26,] 1.0000 0.8571 0.9583 1.0000 1.0000 0.6000 1.0000 0.8000 1.0000 1.0000
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       [,21]  [,22]  [,23]  [,24]  [,25]  [,26]  [,27]  [,28]  [,29]  [,30]
 [1,] 0.4333 0.9643 0.9630 1.0000 0.9630 0.8889 0.8889 0.9630 0.9630 1.0000
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 [4,] 0.9500 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
 [5,] 0.9500 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
 [6,] 0.8500 0.3333 1.0000 0.6667 1.0000 0.8000 1.0000 0.6667 1.0000 0.6667
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[11,] 0.9048 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
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[44,] 0.8500 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
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 [1,] 0.9630 0.9630 0.9630 0.9630 0.9655 0.2121 0.9643 1.0000 0.9630 0.9655
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 [1,] 0.9655 0.8929 0.9630 0.8889 0.9630 0.6786 1.0000 1.0000 0.8519 1.0000
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[15,] 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.7500
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[17,] 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.7500
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[28,] 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.7500
[29,] 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
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[31,] 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
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[27,] 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
[28,] 1.0000 1.0000 0.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
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[80,] 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
       [,71]  [,72]  [,73]  [,74]  [,75]  [,76]  [,77]  [,78]  [,79]  [,80]
 [1,] 0.8889 0.9655 0.9259 0.9259 0.8621 0.9643 0.5926 0.9630 0.9630 0.8889
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 [5,] 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 0.9091 1.0000 1.0000 1.0000
 [6,] 1.0000 0.5000 1.0000 1.0000 0.5000 0.3333 1.0000 0.6667 1.0000 1.0000
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