sbtools: USGS ScienceBase Tools

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Tools for interacting with U.S. Geological Survey ScienceBase <https://www.sciencebase.gov> interfaces. ScienceBase is a data cataloging and collaborative data management platform. Functions included for querying ScienceBase, and creating and fetching datasets.

Author
Tim Kern [cre], Luke Winslow [aut], Scott Chamberlain [aut], Alison Appling [aut], Jordan Read [aut]
Date of publication
2016-09-27 23:43:21
Maintainer
Tim Kern <kernt@usgs.gov>
License
CC0
Version
1.1.6
URLs

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Man pages

authenticate_sb
Authenticate to SB for subsequent calls
current_session
Return current cached session
folder_create
Create a folder
identifier_exists
Check if identifier exists
is_logged_in
Check whether you're logged into a ScienceBase session
item_append_files
Upload File to Item
item_create
Create a new SB item
item_exists
check if identifier touple already exists on SB
item_file_download
Download files attached to item
item_get
Retrieve SB item
item_get_fields
Retrieve specific fields from an SB item
item_get_parent
Get an item's parent ID
item_get_wfs
Download and load from SB WFS service
item_list_children
Return IDs for all child items
item_list_files
Get list of files attached to SB item
item_move
Move item from one folder to another
item_rename_files
Rename item attached files
item_replace_files
Replace files associated with an item
item_rm
Remove item from SB
item_rm_files
Remove files associated with an item
item_rm_recursive
Remove an item completely by recursively removing its child...
items_create
Create many new SB items
items_rm
Remove items from SB
items_update
Update many SB items with new metadata
items_upsert
Upsert many SB items
item_update
Update a SB item with new metadata
item_update_identifier
Add custom identifier to an existing item
item_upload_create
Upload file(s) and create a new item
item_upsert
Upsert an SB item
query_item_identifier
Query SB for items based on custom identifier
query_item_in_folder
Search within an SB folder
query_items
Query SB for items using generic query parameters
query_sb
Query SB for items using generic query parameters
query_sb_datatype
Query SB for specific data type
query_sb_date
Query SB for items within a date range
query_sb_doi
Query SB for specific DOI (Digital Object Identifier)
query_sb_spatial
Query SB based on spatial extent
query_sb_text
Query SB for items containing specific text
readPassword
Read in a password from the user
sb_datatypes
Query SB for all available datatypes
sbitem
ScienceBase item class
sb_ping
Ping ScienceBase to see if it's available
sbtools_DELETE
generic DELETEs for sbtools package
sbtools_GET
generic GETs for sbtools package
sbtools-package
R interface to ScienceBase
sbtools_POST
generic POSTs for sbtools package package wrapped for generic...
sbtools_PUT
generic PUTs for sbtools package
session_age
a convienence function for getting the age of a session.
session_age_reset
session reset age
session_details
Get session info
session_expired
Check whether an SB session is expired
session_logout
Logout of a ScienceBase session
session_renew
Checks current session and re-authenticates if necessary
session_set
Set the session to a user-specified value
session_validate
Validate sbtools session state
set_endpoint
Set SB endpoint
set_expiration
Set the expiration
user_id
Get your parent ID

Files in this package

sbtools
sbtools/inst
sbtools/inst/examples
sbtools/inst/examples/data.csv
sbtools/inst/examples/books.json
sbtools/inst/examples/species.json
sbtools/inst/CITATION
sbtools/inst/extdata
sbtools/inst/extdata/this_kills_zipped.zip
sbtools/inst/extdata/This_works_new_extension.zip
sbtools/inst/extdata/This_kills_sb_upload.sbn
sbtools/tests
sbtools/tests/testthat.R
sbtools/tests/testthat
sbtools/tests/testthat/test-eg.R
sbtools/tests/testthat/test-REST.R
sbtools/tests/testthat/test-auth.R
sbtools/tests/testthat/test-expiration.R
sbtools/NAMESPACE
sbtools/demo
sbtools/demo/00Index
sbtools/demo/figure_map_code.R
sbtools/demo/figure_fault_code.R
sbtools/NEWS.md
sbtools/R
sbtools/R/set_endpoint.R
sbtools/R/item_create.R
sbtools/R/query_sb_datatype.R
sbtools/R/query_items.R
sbtools/R/item_get_fields.R
sbtools/R/query_sb_date.R
sbtools/R/REST_helpers.R
sbtools/R/current_session.R
sbtools/R/session_validate.R
sbtools/R/item_file_download.R
sbtools/R/session_set.R
sbtools/R/query_item_in_folder.R
sbtools/R/session_details.R
sbtools/R/session_age.R
sbtools/R/query_sb_doi.R
sbtools/R/user_id.R
sbtools/R/query_item_identifier.R
sbtools/R/session_age_reset.R
sbtools/R/items_create.R
sbtools/R/item_rename_files.R
sbtools/R/query_sb_text.R
sbtools/R/item_exists.R
sbtools/R/item_append_files.R
sbtools/R/sbtools-package.R
sbtools/R/identifier_exists.R
sbtools/R/item_upsert.R
sbtools/R/item_move.R
sbtools/R/item_rm.R
sbtools/R/is_logged_in.R
sbtools/R/item_update.R
sbtools/R/authenticate_sb.R
sbtools/R/item_rm_files.R
sbtools/R/file_helpers.R
sbtools/R/sb_ping.R
sbtools/R/item_upload_create.R
sbtools/R/item_get.R
sbtools/R/session_authorized.R
sbtools/R/items_update.R
sbtools/R/session_logout.R
sbtools/R/item_list_files.R
sbtools/R/item_get_wfs.R
sbtools/R/item_rm_recursive.R
sbtools/R/item_replace_files.R
sbtools/R/item_get_parent.R
sbtools/R/session_renew.R
sbtools/R/items_rm.R
sbtools/R/item_update_identifier.R
sbtools/R/item_list_children.R
sbtools/R/items_upsert.R
sbtools/R/folder_create.R
sbtools/R/sb_item.R
sbtools/R/query_sb_spatial.R
sbtools/R/AAA.R
sbtools/R/query_sb.R
sbtools/README.md
sbtools/MD5
sbtools/DESCRIPTION
sbtools/LICENSE.note
sbtools/man
sbtools/man/items_create.Rd
sbtools/man/session_set.Rd
sbtools/man/query_items.Rd
sbtools/man/sbtools_GET.Rd
sbtools/man/user_id.Rd
sbtools/man/item_replace_files.Rd
sbtools/man/query_sb.Rd
sbtools/man/sb_ping.Rd
sbtools/man/query_item_identifier.Rd
sbtools/man/item_upsert.Rd
sbtools/man/item_file_download.Rd
sbtools/man/identifier_exists.Rd
sbtools/man/sbitem.Rd
sbtools/man/session_details.Rd
sbtools/man/query_sb_doi.Rd
sbtools/man/query_sb_datatype.Rd
sbtools/man/query_sb_text.Rd
sbtools/man/sbtools_DELETE.Rd
sbtools/man/item_get.Rd
sbtools/man/sbtools_PUT.Rd
sbtools/man/set_expiration.Rd
sbtools/man/current_session.Rd
sbtools/man/sb_datatypes.Rd
sbtools/man/item_update.Rd
sbtools/man/items_rm.Rd
sbtools/man/item_move.Rd
sbtools/man/session_age_reset.Rd
sbtools/man/item_rename_files.Rd
sbtools/man/set_endpoint.Rd
sbtools/man/readPassword.Rd
sbtools/man/session_validate.Rd
sbtools/man/item_exists.Rd
sbtools/man/session_logout.Rd
sbtools/man/sbtools-package.Rd
sbtools/man/item_list_children.Rd
sbtools/man/session_expired.Rd
sbtools/man/item_append_files.Rd
sbtools/man/session_renew.Rd
sbtools/man/item_get_parent.Rd
sbtools/man/sbtools_POST.Rd
sbtools/man/item_list_files.Rd
sbtools/man/query_sb_date.Rd
sbtools/man/item_rm_files.Rd
sbtools/man/query_sb_spatial.Rd
sbtools/man/query_item_in_folder.Rd
sbtools/man/item_update_identifier.Rd
sbtools/man/item_upload_create.Rd
sbtools/man/item_get_wfs.Rd
sbtools/man/is_logged_in.Rd
sbtools/man/item_create.Rd
sbtools/man/authenticate_sb.Rd
sbtools/man/session_age.Rd
sbtools/man/item_rm.Rd
sbtools/man/item_rm_recursive.Rd
sbtools/man/item_get_fields.Rd
sbtools/man/items_upsert.Rd
sbtools/man/folder_create.Rd
sbtools/man/items_update.Rd