sped.R
In sped: Multi-Gene Descent Probabilities

### R code from vignette source 'sped.Rnw'

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### code chunk number 1: options
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options(keep.source = TRUE, width = 60)


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### code chunk number 2: library
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library(sped)


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### code chunk number 3: ex-one
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data(alberta)
head(alberta)
descent(1260, alberta, c("52"=1))


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### code chunk number 4: ex-two
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descent(c(1085, 1094, 1180, 1260), alberta, c("52"=1))


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### code chunk number 5: ex-three
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vescent <- Vectorize(descent, vectorize.args = "individuals")
b <- c(1085, 1094, 1180, 1260)
names(b) <- b
vescent(b, alberta, c("52"=1))


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### code chunk number 6: ex-gamma
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data(thompson)
gammas(c("U", "V", "Q", "R", "W"), thompson)


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### code chunk number 7: ex-beta
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foo <- betas(c("U", "V", "Q", "R", "W"), thompson)
foo


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### code chunk number 8: ex-beta-too
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foo["B", "Q"]


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### code chunk number 9: ex-alpha
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foo <- alphas(c("U", "V", "Q", "R", "W"), thompson)
foo


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### code chunk number 10: ex-inbreeding
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colSums(foo)


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### code chunk number 11: ex-inbreeding-too
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inbreeding(c("U", "V", "Q", "R", "W"), thompson)


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### code chunk number 12: ex-kinship
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foo <- kinship(c("U", "V", "Q", "R", "W"), thompson)
foo


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### code chunk number 13: ex-kinship-too
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foo["Q", "R"]


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### code chunk number 14: ex-kinship-too-too
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foo["Q", "Q"]


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### code chunk number 15: ex-inbreeding-queue
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inbreeding("Q", thompson)


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### code chunk number 16: numerator-relationship-matrix
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foo <- 2 * kinship(unique(thompson), thompson)