R/graph_discr.R

In ECLOH/ViCaTraj: Construction et visualisation de trajectoires

#' #' @export
#' 
#' data_discr<-function()
#' 
#' 
#' 
#' subs<-reactive({
#'   if (req(input$plottypeG)=="Pearson"){
#'     req(seq.select2(),dataCluster(),valuesG$df)
#'     return(seqefsub(seqecreate(seq.select2(), tevent="state", use.labels=FALSE),pmin.support=input$pmin))
#'   }
#'   if (req(input$plottypeG) == "Pearson.ch"){
#'     req(seq.select2(),dataCluster(),valuesG$df)
#'     if(nrow(valuesG$df)>0){
#'       unique(c(unique(valuesG$df[,1]),unique(valuesG$df[,2]),unique(valuesG$df[,3])))->valCh
#'       valCh[valCh!="Aucun"]->valCh
#'       seqecreate(seq.select2(), tevent="state", use.labels=FALSE)->seqGlobal22
#'       
#'       if(all(valCh %in% alphabet(seqGlobal22))){
#'         vectSeqG<-vect.sous.seq(data = valuesG$df)
#'         seqefsub(seqGlobal22,str.subseq=vectSeqG)->p22
#'         return(p22[order(p22$data$Support,decreasing = TRUE),])
#'       }else{
#'         valCh[!(valCh %in% alphabet(seqGlobal22))]->valnonalphabet
#'         valuesG$df<-valuesG$df[which(!(valuesG$df[,1] %in% valnonalphabet | valuesG$df[,2] %in% valnonalphabet | valuesG$df[,3] %in% valnonalphabet)),]
#'         if(nrow(valuesG$df)>0){
#'           vectSeqG<-vect.sous.seq(data = valuesG$df)
#'           seqefsub(seqGlobal22,str.subseq=vectSeqG)->p22
#'           return(p22[order(p22$data$Support,decreasing = TRUE),])
#'         }
#'       }
#'     }
#'     
#'   }
#' })
#' 
#' discr<-reactive({
#'   if (req(input$plottypeG) %in% c("Pearson","Pearson.ch")){
#'     req(subs(),data.select2())
#'     if(nrow(valuesG$df)>0){
#'       seqecmpgroup(subs() , group=data.select2()[,"Clustering"])
#'     } 
#'   }
#' })
#' 
#' output$alpabeltTexte<-renderUI({
#'   output$TexteAlpha<-renderText({
#'     if (req(input$plottypeG) == "Pearson.ch"){
#'       req(seq.select2(),dataCluster(),valuesG$df)
#'       seqecreate(seq.select2(), tevent="state", use.labels=FALSE)->seqGlobalText
#'       return(paste("Selectionnez des états se trouvant dans la liste suivante :",paste(alphabet(seqGlobalText),collapse = ", ")))
#'     }
#'   })
#'   return(textOutput("TexteAlpha"))
#' })
#' 
#' 
#' observe({
#'   req(seq.select2(),dataCluster(),ordre())
#'   if (req(input$plottypeG) == "Pearson"){
#'     #Pour la comparaison des sous-populations, on met les graphiques dans une liste#
#'     if (input$souspop2!="Aucune" && (is.factor(dataCluster()[,input$souspop2]))){#|is.character(dataCluster()[,input$souspop2])) ) {
#'       req(input$souspop_modalite2)
#'       tailleGraph$height<-dim(ordre())[1]*400
#'       lapply(1:length(input$souspop_modalite2), FUN=function(i){
#'         paste0('SEQPLOTPEARSON', i)->id.output
#'         output[[id.output]] <- renderPlot({
#'           if (req(input$plottypeG) == "Pearson"){
#'             if (input$souspop2!="Aucune" && (is.factor(dataCluster()[,input$souspop2]))){#|is.character(dataCluster()[,input$souspop2])) ) {
#'               if(i<=length(input$souspop_modalite2)){
#'                 req(input$nbAffiche)
#'                 seq.select2()[data.select2()[,input$souspop2]==input$souspop_modalite2[i],]->seqSouspop2
#'                 seqecreate(seqSouspop2, tevent="state", use.labels=FALSE)->seqGlobal2
#'                 # titre<-paste("Graphique des sous-séquneces \n pour la variable",input$souspop2,"\n avec la modalité",input$souspop_modalite1)
#'                 # sousTitre<-paste("Il y a",nrow(seqSouspop),"individus")
#'                 seqefsub(seqGlobal2,pmin.support=input$pmin)->p2
#'                 return(plot(seqecmpgroup(p2 , group=data.select2()[data.select2()[,input$souspop2]==input$souspop_modalite2[i],"Clustering"])[1:input$nbAffiche]))
#'               }
#'             }
#'           } 
#'         },height = haut(),width = 1300)
#'       })
#'     } else {
#'       output$SEQPLOTPEARSON<-renderPlot({
#'         if (req(input$plottypeG) == "Pearson"){
#'           if (input$souspop2=="Aucune" || is.numeric(dataCluster()[,input$souspop2])) {
#'             req(input$nbAffiche)
#'             tailleGraph$height<-dim(ordre())[1]*400
#'             seqecreate(seq.select2(), tevent="state", use.labels=FALSE)->seqGlobal2
#'             seqefsub(seqGlobal2,pmin.support=input$pmin)->p2
#'             return(plot(seqecmpgroup(p2 , group=data.select2()[,"Clustering"])[1:input$nbAffiche]))
#'           }
#'         }  
#'       },height = haut(),width = 1300)
#'       
#'     }
#'   }else{
#'     ## Cas où l'utilisateur choisi les sous-séquences ##
#'     if (req(input$plottypeG) == "Pearson.ch"){
#'       req(valuesG$df)
#'       #condition d'un data.frame values non vide pour exécuter la suite du code afin de ne pas avoir d'erreur quand la data.frame est vide
#'       if(nrow(valuesG$df)>0){
#'         unique(c(unique(valuesG$df[,1]),unique(valuesG$df[,2]),unique(valuesG$df[,3])))->valCh
#'         valCh[valCh!="Aucun"]->valCh
#'         if (input$souspop2!="Aucune" && (is.factor(dataCluster()[,input$souspop2]))){#|is.character(dataCluster()[,input$souspop2])) ) {
#'           req(input$souspop_modalite2)
#'           tailleGraph$height<-dim(ordre())[1]*400
#'           lapply(1:length(input$souspop_modalite2), FUN=function(i){
#'             paste0('SEQPLOTPEARSONCH', i)->id.output
#'             output[[id.output]] <- renderPlot({
#'               if (req(input$plottypeG) == "Pearson.ch"){
#'                 if (input$souspop2!="Aucune" && (is.factor(dataCluster()[,input$souspop2]))){#|is.character(dataCluster()[,input$souspop2])) ) {
#'                   if(i<=length(input$souspop_modalite2)){
#'                     seq.select2()[data.select2()[,input$souspop2]==input$souspop_modalite2[i],]->seqSouspop2
#'                     seqecreate(seqSouspop2, tevent="state", use.labels=FALSE)->seqGlobal2
#'                     if(all(valCh %in% alphabet(seqGlobal2))){
#'                       if(nrow(valuesG$df)>0){
#'                         vectSeq2<-vect.sous.seq(data = valuesG$df)
#'                         seqefsub(seqGlobal2,str.subseq=vectSeq2)->p2
#'                         return(plot(seqecmpgroup(p2[order(p2$data$Support,decreasing = TRUE),] , group=data.select2()[data.select2()[,input$souspop2]==input$souspop_modalite2[i],"Clustering"])))
#'                       }
#'                       
#'                     }else{
#'                       valCh[!(valCh %in% alphabet(seqGlobal2))]->valnonalphabet
#'                       valuesG$df<-valuesG$df[which(!(valuesG$df[,1] %in% valnonalphabet | valuesG$df[,2] %in% valnonalphabet | valuesG$df[,3] %in% valnonalphabet)),]
#'                       if(nrow(valuesG$df)>0){
#'                         vectSeq2<-vect.sous.seq(data = valuesG$df)
#'                         seqefsub(seqGlobal2,str.subseq=vectSeq2)->p2
#'                         return(plot(seqecmpgroup(p2[order(p2$data$Support,decreasing = TRUE),] , group=data.select2()[data.select2()[,input$souspop2]==input$souspop_modalite2[i],"Clustering"])))
#'                       }
#'                     }
#'                   } 
#'                 }
#'               } 
#'             },height = haut(),width = 1300)
#'           })
#'         } else {
#'           output$SEQPLOTPEARSONCH<-renderPlot({
#'             if (req(input$plottypeG) == "Pearson.ch"){
#'               if (input$souspop2=="Aucune" || is.numeric(dataCluster()[,input$souspop2])) {
#'                 if(nrow(valuesG$df)>0){
#'                   tailleGraph$height<-dim(ordre())[1]*400
#'                   seqecreate(seq.select2(), tevent="state", use.labels=FALSE)->seqGlobal2
#'                   vectSeq2<-vect.sous.seq(data = valuesG$df)
#'                   seqefsub(seqGlobal2,str.subseq=vectSeq2)->p2
#'                   return(plot(seqecmpgroup(p2[order(p2$data$Support,decreasing = TRUE),] , group=data.select2()[,"Clustering"])))
#'                 }
#'               }   
#'             }
#'           },height = haut(),width = 1300)
#'         }
#'       }
#'     }
#'   }
#' })
#' 
#' 
#' 
#' observe({
#'   if(nrow(valuesG$df)>0){
#'     req(discr())
#'     updateNumericInput(session = session,inputId = "nbAffiche",max=nrow(discr()$data))
#'   }else{
#'     updateNumericInput(session = session,inputId = "nbAffiche",max=1)
#'   }
#' })
#' 
#' 
#' #### Choix de sous-séqueneces ####
#' 
#' ### Mise a jour des inputs permettant de choisir des états ###
#' observe({
#'   input$plottypeG
#'   isolate({
#'     if (req(input$plottypeG)=="Pearson.ch"){
#'       req(seq.select2())
#'       updateSelectInput(session = session,inputId = "par.sous.seq1G",choices = alphabet(seq.select2()))
#'       updateSelectInput(session = session,inputId = "par.sous.seq2G",choices = alphabet(seq.select2()))
#'       updateSelectInput(session = session,inputId = "par.sous.seq3G",choices = cbind("Aucun",alphabet(seq.select2())))
#'     }
#'   })
#' })
#' 
#' observe({
#'   updateNumericInput(session = session,inputId = "ligne.supprG",max=nrow(valuesG$df))
#' })
#' 
#' valuesG <- reactiveValues()
#' valuesG$df <-  as.data.frame(setNames(replicate(3,character(0), simplify = F),c("Etat1","Etat2","Etat3") ))
#' 
#' observeEvent(input$add.buttonG,{
#'   req(input$par.sous.seq1G,input$par.sous.seq2G)
#'   newRow <- data.frame(input$par.sous.seq1G, input$par.sous.seq2G,input$par.sous.seq3G)
#'   colnames(newRow)<-colnames(valuesG$df)
#'   valuesG$df <- rbind(valuesG$df,newRow)
#'   rownames(valuesG$df)<-(1:nrow(valuesG$df))
#' })
#' 
#' observeEvent(input$delete.buttonG,{
#'   if(nrow(valuesG$df)>1){
#'     valuesG$df[!(vect.sous.seq(valuesG$df) %in% as.character(subs()$subseq)[input$ligne.supprG]),]->valuesG$df
#'     rownames(valuesG$df)<-(1:nrow(valuesG$df))
#'   }else {
#'     valuesG$df <- valuesG$df[-nrow(valuesG$df), ]
#'   }
#' })  
#' observe({
#'   req(valuesG$df)
#'   valuesG$df<-unique(valuesG$df)
#' })