R/utlede_indikatorer.R
In Rapporteket/NORIC: Provide R Resources for NORIC at Rapporteket
Defines functions
ki_ak_pacemakerbehov
ki_stemi_pci_innen120min
ki_nstemi_utredet_innen72t
ki_nstemi_utredet_innen24t
ki_foreskr_kolesterolsenkende
ki_foreskr_blodfortynnende
ki_ivus_oct_ved_stenting_lms
ki_trykkmaaling_utfoert
ki_ferdigstilt_komplikasjoner
Documented in
ki_ak_pacemakerbehov
ki_ferdigstilt_komplikasjoner
ki_foreskr_blodfortynnende
ki_foreskr_kolesterolsenkende
ki_ivus_oct_ved_stenting_lms
ki_nstemi_utredet_innen24t
ki_nstemi_utredet_innen72t
ki_stemi_pci_innen120min
ki_trykkmaaling_utfoert
#' NORIC's quality indicators
#'
#' Functions for creating two new variables for each indicator:
#' The first variable says whether the procedure counts (ja/nei) in the
#' denominator for the given indicator and the second says whether
#' the procedure counts in the numerator (ja/nei/NA). If the denominator has
#' value \emph{nei} the numerator should always be \emph{NA}. Denominator
#' variables names are suffixed by \emph{_data} (datagrunnlag).
#'
#' Following variables are created for the different functions:
#'
#' \code{ki_ferdigstilt_komplikasjoner()}
#' \itemize{
#' \item denominator \code{indik_komplik_ferdig_data} (datagrunnlag) is
#' \emph{ja} when \emph{Regtype = Primaer} and
#' \code{SkjemaStatusKomplikasjoner} is \emph{-1, 0, 1}.
#' \item numerator \code{indik_komplik_ferdig} has value \emph{ja} if the
#' complications form is completed (komplikasjons-skjema er ferdigstilt).}
#'
#'
#'
#' \code{ki_trykkmaaling_utfoert()}
#' \itemize{
#' \item denominator \code{indik_trykkmaaling_data} (datagrunnlag) is \emph{ja}
#' when \emph{Indikasjon = Stabil koronarsykdom}.
#' \item numerator \code{indik_trykkmaaling} has value \emph{ja} if one of FFR,
#' iFR, Pd/Pa, IMR, Pa or Pd has been performed.}
#'
#' \code{ki_ivus_oct_ved_stenting_lms()}
#' \itemize{
#' \item denominator \code{indik_ivus_oct_v_stent_lms_data} (datagrunnlag) is
#' \emph{ja} when all of these conditions are fulfilled:
#' \enumerate{
#' \item \code{Indikasjon} is one of "Vitieutredning", "Uklare brystsmerter",
#' "Annet", "Hjertestans uten STEMI", "Hjertesvikt/kardiomyopati",
#' "Komplettering av tidligere PCI", "UAP", "NSTEMI",
#' "Stabil koronarsykdom"
#' \item \code{satt_inn_stent_i_LMS} = "ja"
#' \item \code{TidlABC} is one of "Nei", "Ukjent", NA
#' }
#' \item numerator \code{indik_ivus_oct_v_stent_lms} has value \emph{ja} if
#' IVUS and/or OCT has been performed.
#' }
#'
#' \code{ki_foreskr_blodfortynnende()}
#' \itemize{
#' \item denominator \code{indik_blodfortynnende_data} (datagrunnlag) is
#' \emph{ja} when all of these conditions are fulfilled:
#' \enumerate{
#' \item \code{antall_stent_under_opphold} is at least 1
#' \item \code{Regtype} = "Primær"
#' \item \code{UtskrevetDod} = {"Nei","NA"}. Which means that "Ja" or
#' "Ukjent" are excluded
#' }
#' \item numerator \code{indik_blodfortynnende} has value \emph{ja} if
#' at least two of \code{ASA}, \code{AndrePlatehemmere} or
#' \code{Antikoagulantia} are prescribed and \code{SkjemaStatusUtskrivelse}
#' is 1 (ferdigstilt). \code{indik_blodfortynnende} has value \emph{nei} if
#' at less than two of \code{ASA}, \code{AndrePlatehemmere} or
#' \code{Antikoagulantia} are prescribed and \code{SkjemaStatusUtskrivelse}
#' is 1 (ferdigstilt). \code{indik_blodfortynnende} has value
#' \emph{ikke ferdigstilt} if \code{SkjemaStatusUtskrivelse} is different
#' from 1 (ikke ferdigstilt).
#' }
#'
#' \code{ki_foreskr_kolesterolsenkende()}
#' \itemize{
#' \item denominator \code{indik_kolesterolsenkende_data}
#' (datagrunnlag) is \emph{ja} when all of these conditions are fulfilled:
#' \enumerate{
#' \item \code{antall_stent_under_opphold} is at least 1
#' \item \code{Regtype} = "Primær"
#' \item \code{UtskrevetDod} = {"Nei", NA} . Which means that "Ja" or
#' "Ukjent" are excluded
#' }
#' \item numerator \code{indik_kolesterolsenkende} has value \emph{ja}
#' if \code{UtskrStatiner} is "Ja" and \code{SkjemaStatusUtskrivelse}
#' is 1 (ferdigstilt). \code{indik_kolesterolsenkende} has value \emph{nei} if
#' \code{UtskrStatiner} is different from "Ja" and
#' \code{SkjemaStatusUtskrivelse} is 1 (ferdigstilt).
#' \code{indik_kolesterolsenkende} has value
#' \emph{ikke ferdigstilt} if \code{SkjemaStatusUtskrivelse} is different
#' from 1 (ikke ferdigstilt).
#' }
#'
#'
#' \code{ki_nstemi_utredet_innen24t()}
#' \itemize{
#' \item denominator \code{indik_nstemi_angio_innen24t_data}
#' (datagrunnlag) is \emph{ja} when all of these conditions are fulfilled:
#' \enumerate{
#' \item \code{Indikasjone} is "NSTEMI"
#' \item \code{Regtype} = "Primær"
#' \item \code{Innkomstarsak} not "Øvrig" (NA allowed)
#' \item \code{Hastegrad} = "Akutt" or "Subakutt.
#' \item \code{OverflyttetFra} neither "Annen avdeling på sykehuset" nor
#' "NA".
#' }
#' \item numerator \code{indik_nstemi_angio_innen24t} has value \emph{ja}
#' if \code{ventetid_nstemi_timer} is in the interval 0-24hours,
#' value \emph{nei} if \code{ventetid_nstemi_timer} is in the interval 24hours
#' to 14 days and value \emph{ugyldig/manglende} if time is negative, longer
#' than 14 days or missing. See also function
#' \link[noric]{legg_til_ventetid_nstemi_timer}.
#' }
#'
#' \code{ki_stemi_pci_innen120min()}
#' \itemize{
#' \item denominator \code{indik_stemi_pci_innen2t_data}
#' (datagrunnlag) is \emph{ja} when all of these conditions are fulfilled:
#' \enumerate{
#' \item \code{AvdRESH} is different from 106944 (AHUS Gardermoen does not
#' treat STEMI patients)
#' \item \code{Regtype} = "Primær"
#' \item \code{Indikasjon} = "STEMI"
#' \item \code{GittTrombolyse} is "Nei" or "NA"
#' \item \code{Hastegrad} = "Akutt"
#' \item \code{HLRForSykehus} different from "Ja", "Ukjent"
#' \item \code{ProsedyreType} different from "Angio"
#' }
#' \item numerator \code{indik_stemi_pci_innen2t} has value \emph{ja}
#' if \code{ventetid_stemi_min} is in the interval 0-120 minutes,
#' value \emph{nei} if \code{ventetid_stemi_min} is in the interval 120 min
#' to 24h (86400 min) and value \emph{ugyldig/manglende} if time is negative,
#' longer than 24h, missing or if \code{BeslutningsutlosendeEKG} has value
#' "Prehospitalt" and \code{ventetid_stemi_min} is 0 minutes. See also function
#' \link[noric]{legg_til_ventetid_stemi_min}.
#' }
#'
#' \code{ki_ak_pacemakerbehov()}
#' \itemize{
#' \item nevneren \code{indik_pacemakerbehov_data}
#' (datagrunnlag) er \emph{ja} når alle disse kriteriene er oppfylt:
#' \enumerate{
#' \item \code{AvdRESH} tilhører sykehusene som utfører tavi :
#' (HUS, UNN, Ullevål,St.Olavs, Rikshospitalet, Ahus Gardermoen)
#' \item \code{TypeKlaffeprotese} ikke manglende (satt inn klaff)
#' \item \code{LabKompDod} ulik \emph{ja}
#' \item \code{Pacemaker} ulik \emph{ja}
#' }
#' \item telleren \code{indik_pacemakerbehov} har verdien \emph{ja}
#' dersom \code{AvdKompPacemaker} er \emph{ja} og
#' \code{SkjemaStatusHovedskjema} er \emph{1} (ferdigstilte).
#' \code{indik_pacemakerbehov} har verdien \emph{nei} dersom
#' \code{AvdKompPacemaker} er \emph{nei} eller mangler, og ders
#' \code{SkjemaStatusHovedskjema} er \emph{1} (ferdigstilte).
#' \code{indik_pacemakerbehov} har verdien \emph{ikke ferdigstilte} dersom
#' \code{SkjemaStatusHoveskjema} er \emph{-1} eller \emph{0}.
#' }
#'
#'
#'@param df_ap NORIC's \code{AngioPCIVar}-table. Depending on indicators, must
#' contain some of the variables \code{SkjemaStatusKomplikasjoner},
#' \code{SkjemaStatusUtskrivelse}, \code{Regtype},
#' \code{Indikasjon}, \code{FFR}, \code{IFR},
#' \code{satt_inn_stent_i_LMS}, \code{TidlABC}, \code{IVUS}, \code{OCT},
#' \code{antall_stent_under_opphold}, ...
#' @param df_ak NORIC's \code{AortaklaffVar}-table.
#' Depending on indicators, must contain some of the variables
#' \code{AvdKompPacemaker}, \code{TypeKlaffeprotese}, ...
#'
#'
#' @name utlede_kvalitesindikatorer
#' @aliases
#' ki_ferdigstilt_komplikasjoner
#' ki_trykkmaaling_utfoert
#' ki_ivus_oct_ved_stenting_lms
#' ki_foreskr_blodfortynnende
#' ki_foreskr_kolesterolsenkende
#' ki_nstemi_utredet_innen24t
#' ki_nstemi_utredet_innen72t
#' ki_stemi_pci_innen120min
#' ki_ak_pacemakerbehov
#'
#' @examples
#' x <- data.frame(
#' SkjemaStatusKomplikasjoner = c(-1, 1, 0, NA, NA, NA),
#' Regtype = c(rep("Primær", 5), NA))
#' noric::ki_ferdigstilt_komplikasjoner(df_ap = x)
#'
#' x <- data.frame(
#' Indikasjon = c(rep("Stabil koronarsykdom", 4), NA, "annet"),
#' FFR = c("Ja", "Ja", NA, "Ukjent", "Nei", "Ja"),
#' IFR = c("Ja", "Nei", "Ukjent", NA, NA, NA),
#' PDPA = rep(NA, 6),
#' IMR = rep(NA, 6),
#' PA_Hyperemi = rep(NA, 6),
#' PD_Hyperemi = rep(NA, 6))
#' noric::ki_trykkmaaling_utfoert(df_ap = x)
#'
#' x <- data.frame(
#' Indikasjon = c(rep("Stabil koronarsykdom", 4), NA, "Annet"),
#' TidlABC = rep("Nei", 6),
#' satt_inn_stent_i_LMS = c(rep("ja", 4), NA, "nei"),
#' IVUS = c("Ja", "Ja", NA, "Ukjent", "Nei", "Ja"),
#' OCT = c("Ja", "Nei", "Ukjent", NA, NA, NA))
#' noric::ki_ivus_oct_ved_stenting_lms(df_ap = x)
#'
#' x <- data.frame(
#' antall_stent_under_opphold = 1:6,
#' Regtype = c("Primær", "Primær", "Sekundær", rep("Primær", 3)),
#' SkjemaStatusUtskrivelse = 1,
#' UtskrevetDod = c(rep("Nei", 5), "Ja"),
#' ASA = c("Ja", "Nei", "Ukjent", "Ja", "Ja", "Nei"),
#' AndrePlatehemmere = c(NA, "Annet", "Clopidogrel (Plavix)",
#' "Nei", "Nei", NA),
#' Antikoagulantia = c(NA, "Annet", "Lixiana", "Marevan", NA, "Exanta"),
#' UtskrStatiner = c("Ja", "Ja", NA, "Nei", "Ukjent", "Ja"))
#' noric::ki_foreskr_blodfortynnende(df_ap = x)
#' noric::ki_foreskr_kolesterolsenkende(df_ap = x)
#'
#' x <- data.frame(
#' Indikasjon = c("Annet", NA, "NSTEMI", "NSTEMI", "NSTEMI", "NSTEMI"),
#' Regtype = c("Primær", "Primær", "Sekundær", rep("Primær", 3)),
#' Innkomstarsak = rep(c("Brystesmerter", "Øvrig", "Dyspne"), 2),
#' Hastegrad = rep("Subakutt", 6),
#' OverflyttetFra = c("Annen avdeling på sykehuset",
#' rep("Annet sykehus", 2),
#' rep("Omdirigert ambulanse", 3)),
#' ventetid_nstemi_timer = c(0, 0, 5, 100, NA, -0.1))
#' noric::ki_nstemi_utredet_innen24t(df_ap = x)
#' noric::ki_nstemi_utredet_innen72t(df_ap = x)
#'
#' x <- data.frame(
#' AvdRESH = 1:6,
#' Indikasjon = c("Annet", rep("STEMI",5)),
#' Regtype = c("Primær", "Primær", "Sekundær", rep("Primær", 3)),
#' GittTrombolyse = rep("Nei", 6),
#' Hastegrad = rep("Akutt", 6),
#' HLRForSykehus = rep("Nei", 6),
#' ProsedyreType = rep("Angio + PCI", 6),
#' BeslutningsutlosendeEKG = rep("Prehospitalt", 6),
#' ventetid_stemi_min = c(-10, 20, 110, 120, 1150, 1480))
#' noric::ki_stemi_pci_innen120min(df_ap = x)
#'
#'
#' x <- data.frame(
#' AvdRESH = c(NA, 0,102966, 101619, 109880, rep(106944,7)),
#' TypeKlaffeprotese = c(rep("CoreValve", 2), NA, rep("CoreValve", 9)),
#' LabKompDod = c("Nei", "Nei", "Nei", "Ja", NA, rep("Nei", 7)),
#' Pacemaker = c(rep("Nei", 4), "Ja", rep("Nei", 7)),
#' SkjemaStatusHovedskjema = c(rep(1, 5), 0, -1, rep(1, 5)),
#' AvdKompPacemaker = rep(c("Ja", "Nei", "Ukjent", NA), 3))
#' noric::ki_ak_pacemakerbehov(df_ak = x)
#'
NULL
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_ferdigstilt_komplikasjoner <- function(df_ap) {
stopifnot(c("SkjemaStatusKomplikasjoner", "Regtype") %in% names(df_ap))
df_ap %>%
dplyr::mutate(
# Datagrunnlag for indikatoren
indik_komplik_ferdig_data = dplyr::if_else(
condition = (.data$SkjemaStatusKomplikasjoner %in% c(-1, 0, 1) &
.data$Regtype %in% "Primær"),
true = "ja",
false = "nei",
missing = "nei"),
# utlede verdi for indikatoren dersom datagrunnlag = "ja"
indik_komplik_ferdig = dplyr::case_when(
.data$indik_komplik_ferdig_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusKomplikasjoner == 1 ~ "ja",
.data$indik_komplik_ferdig_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusKomplikasjoner %in% c(-1, 0) ~ "nei",
.data$indik_komplik_ferdig_data == "nei" ~ NA_character_,
FALSE ~ NA_character_))
}
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_trykkmaaling_utfoert <- function(df_ap) {
stopifnot(all(c("Indikasjon",
"FFR",
"IFR",
"PDPA",
"IMR",
"PA_Hyperemi",
"PD_Hyperemi") %in% names(df_ap)))
df_ap %>%
dplyr::mutate(
# Datagrunnlag for indikatoren
indik_trykkmaaling_data = dplyr::if_else(
condition = .data$Indikasjon %in% c("Stabil koronarsykdom"),
true = "ja",
false = "nei",
missing = "nei"),
# CAse when starter nederst.
# Default er NA, deretter er alle med datagrunnlag "nei" NA
# Alle med datagrunnlag "ja" blir først "Nei", til sist bytter de med
# minst en trykkmåling til "ja".
indik_trykkmaaling = dplyr::case_when(
# utlede verdi for indikatoren dersom datagrunnlag = "ja"
# og minst en trykkmåling utført
.data$indik_trykkmaaling_data == "ja" &
(.data$FFR == "Ja" |
.data$IFR == "Ja" |
.data$PDPA == "Ja" |
.data$IMR == "Ja" |
.data$PA_Hyperemi == "Ja" |
.data$PD_Hyperemi == "Ja") ~ "ja",
.data$indik_trykkmaaling_data == "ja" ~ "nei",
.data$indik_trykkmaaling_data == "nei" ~ NA_character_,
FALSE ~ NA_character_))
}
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_ivus_oct_ved_stenting_lms <- function(df_ap) {
stopifnot(all(c("Indikasjon", "TidlABC", "IVUS",
"OCT", "satt_inn_stent_i_LMS")
%in% names(df_ap)))
df_ap %>%
dplyr::mutate(
# Datagrunnlag for indikatoren
# ~ IKKE tidligere ACB-operert
# ~ en av indikasjonene i listen
# ~ prosedyre med stenting av venstre hovedstamme (Segment5 = LMS = VH)
indik_ivus_oct_v_stent_lms_data = dplyr::if_else(
condition =
(.data$TidlABC %in% c("Nei", "Ukjent") | is.na(.data$TidlABC)) &
.data$Indikasjon %in% c("Vitieutredning",
"Uklare brystsmerter",
"Annet",
"Hjertestans uten STEMI",
"Hjertesvikt/kardiomyopati",
"Komplettering av tidligere PCI",
"UAP",
"NSTEMI",
"Stabil koronarsykdom") &
.data$satt_inn_stent_i_LMS == "ja",
true = "ja",
false = "nei",
missing = "nei"),
# utlede verdi for indikatoren dersom datagrunnlag = "ja"
# IVUS og/eller OCT er utført
indik_ivus_oct_v_stent_lms = dplyr::case_when(
.data$indik_ivus_oct_v_stent_lms_data == "ja" &
(.data$IVUS == "Ja" | .data$OCT == "Ja") ~ "ja",
.data$indik_ivus_oct_v_stent_lms_data == "ja" &
(.data$IVUS != "Ja" & .data$OCT != "Ja") ~ "nei",
.data$indik_ivus_oct_v_stent_lms_data == "ja" &
is.na(.data$IVUS) & .data$OCT != "Ja" ~ "nei",
.data$indik_ivus_oct_v_stent_lms_data == "ja" &
.data$IVUS != "Ja" & is.na(.data$OCT) ~ "nei",
.data$indik_ivus_oct_v_stent_lms_data == "ja" &
is.na(.data$IVUS) & is.na(.data$OCT) ~ "nei",
.data$indik_ivus_oct_v_stent_lms_data == "nei" ~ NA_character_,
FALSE ~ NA_character_))
}
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_foreskr_blodfortynnende <- function(df_ap) {
stopifnot(all(c("antall_stent_under_opphold",
"Regtype",
"UtskrevetDod",
"SkjemaStatusUtskrivelse",
"ASA",
"AndrePlatehemmere",
"Antikoagulantia")
%in% names(df_ap)))
df_ap %>%
dplyr::mutate(
# Datagrunnlag for indikatoren
# ~ Minst en stent satt inn i løpet av oppholdet (primær eller
# sekundær)
# ~ Primærforløp
# ~ Ikke utskrevet død, IKKE {Ja, Ukjent}, {Nei, NA} mulig
indik_blodfortynnende_data = dplyr::if_else(
condition =
(.data$antall_stent_under_opphold > 0 &
.data$Regtype == "Primær" &
.data$UtskrevetDod %in% c("Nei", NA)),
true = "ja",
false = "nei",
missing = "nei"),
# utlede verdi for indikatoren dersom datagrunnlag = "ja"
# "ja":En av de anbefalte kobinasjonene av blodfortynnende medisiner
# "nei": Ikke anbefalt kombinasjon
# "ikke ferdigstilt": Manglende ferdigstilt utskrivelsesskjema
indik_blodfortynnende = dplyr::case_when(
# Gyldige kominasjoner:
.data$indik_blodfortynnende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
(.data$ASA == "Ja" &
!.data$AndrePlatehemmere %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_))
~ "ja",
.data$indik_blodfortynnende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
(.data$ASA == "Ja" &
!.data$Antikoagulantia %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_))
~ "ja",
.data$indik_blodfortynnende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
(!.data$AndrePlatehemmere %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_) &
!.data$Antikoagulantia %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_))
~ "ja",
# Ugyldige kombinasjoner
.data$indik_blodfortynnende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
(.data$ASA == "Ja" &
.data$AndrePlatehemmere %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_) &
.data$Antikoagulantia %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_))
~ "nei",
.data$indik_blodfortynnende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
(!.data$ASA %in% "Ja" &
!.data$AndrePlatehemmere %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_) &
.data$Antikoagulantia %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_))
~ "nei",
.data$indik_blodfortynnende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
(!.data$ASA %in% "Ja" &
.data$AndrePlatehemmere %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_) &
!.data$Antikoagulantia %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_))
~ "nei",
# Ingen blodfortynnende foreskrevet
.data$indik_blodfortynnende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
(!.data$ASA %in% "Ja" &
.data$AndrePlatehemmere %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_) &
.data$Antikoagulantia %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_))
~ "nei",
.data$indik_blodfortynnende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse %in% c(-1, 0) ~ "ikke ferdigstilt",
.data$indik_blodfortynnende_data == "nei" ~ NA_character_,
FALSE ~ NA_character_))
}
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_foreskr_kolesterolsenkende <- function(df_ap) {
stopifnot(all(c("antall_stent_under_opphold",
"Regtype",
"UtskrevetDod",
"SkjemaStatusUtskrivelse",
"UtskrStatiner")
%in% names(df_ap)))
df_ap %>%
dplyr::mutate(
# Datagrunnlag for indikatoren
# ~ Minst en stent satt inn i løpet av oppholdet
# ~ Primærforløp
# ~ Ikke utskrevet død, IKKE {Ja, Ukjent}, {"nei", NA} mulig
indik_kolesterolsenkende_data = dplyr::if_else(
condition =
(.data$antall_stent_under_opphold > 0 &
.data$Regtype == "Primær" &
.data$UtskrevetDod %in% c("Nei", NA)),
true = "ja",
false = "nei",
missing = "nei"),
# utlede verdi for indikatoren dersom datagrunnlag = "ja"
# "ja": Dersom ferdigstilt og utskrevet statiner
# "nei": Dersom ferdigstilte, men ikke utskr statiner
# "ikke ferdigstilt": Manglende ferdigstilt utskrivelsesskjema
indik_kolesterolsenkende = dplyr::case_when(
.data$indik_kolesterolsenkende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
.data$UtskrStatiner == "Ja" ~ "ja",
.data$indik_kolesterolsenkende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
(.data$UtskrStatiner == "Nei" |
is.na(.data$UtskrStatiner) |
.data$UtskrStatiner == "Ukjent") ~ "nei",
.data$indik_kolesterolsenkende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse %in% c(-1, 0) ~ "ikke ferdigstilt",
.data$indik_kolesterolsenkende_data == "nei" ~ NA_character_,
FALSE ~ NA_character_))
}
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_nstemi_utredet_innen24t <- function(df_ap) {
stopifnot(all(c("Indikasjon",
"Regtype",
"Innkomstarsak",
"Hastegrad",
"OverflyttetFra",
"ventetid_nstemi_timer") %in% names(df_ap)))
df_ap %>%
dplyr::mutate(
# Datagrunnlag for indikatoren
# ~ Indikasjon NSTEMI
# ~ Primærforløp
# ~ Innkomstårsak er alt annet enn "Øvrig" (NA er mulig)
# ~ Ikke planlagte forløp
# ~ OverflyttetFra ulik {NA, "Annen avdeling på sykehuset"}
# MERK 2 mellomrom mellom annen__avdeling
indik_nstemi_angio_innen24t_data = dplyr::if_else(
condition =
(.data$Indikasjon == "NSTEMI" &
.data$Regtype == "Primær" &
!.data$Innkomstarsak %in% "Øvrig" & # NA tillates
!.data$Hastegrad %in% "Planlagt" &
.data$OverflyttetFra != "Annen avdeling på sykehuset"), # - NA,
true = "ja",
false = "nei",
missing = "nei"),
# utlede verdi for indikatoren dersom datagrunnlag = "ja"
# Ugyldig tid (negativ, over 14dg, manglende)
# Gyldig tid 0 timer til 14 dager.
# Næyaktig 0.00 timer er ugyldig tid.
indik_nstemi_angio_innen24t = dplyr::case_when(
.data$indik_nstemi_angio_innen24t_data == "ja" &
(!is.na(.data$ventetid_nstemi_timer) &
.data$ventetid_nstemi_timer > 0.0 &
.data$ventetid_nstemi_timer <= 24.0) ~ "ja",
.data$indik_nstemi_angio_innen24t_data == "ja" &
(!is.na(.data$ventetid_nstemi_timer) &
.data$ventetid_nstemi_timer > 24.0 &
.data$ventetid_nstemi_timer <= 14 * 24.0) ~ "nei",
.data$indik_nstemi_angio_innen24t_data == "ja" &
(is.na(.data$ventetid_nstemi_timer) |
.data$ventetid_nstemi_timer <= 0.0 |
.data$ventetid_nstemi_timer > 14 * 24) ~ "ugyldig/manglende",
.data$indik_nstemi_angio_innen24t_data == "nei" ~ NA_character_,
FALSE ~ NA_character_))
}
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_nstemi_utredet_innen72t <- function(df_ap) {
stopifnot(all(c("Indikasjon",
"Regtype",
"Innkomstarsak",
"Hastegrad",
"OverflyttetFra",
"ventetid_nstemi_timer") %in% names(df_ap)))
df_ap %>%
dplyr::mutate(
# Datagrunnlag for indikatoren
# ~ Indikasjon NSTEMI
# ~ Primærforløp
# ~ Innkomstårsak er alt annet enn "Øvrig" (NA er mulig)
# ~ Ikke planlagte forløp
# ~ OverflyttetFra ulik {NA, "Annen avdeling på sykehuset"}
# MERK 2 mellomrom mellom annen__avdeling
indik_nstemi_angio_innen72t_data = dplyr::if_else(
condition =
(.data$Indikasjon == "NSTEMI" &
.data$Regtype == "Primær" &
!.data$Innkomstarsak %in% "Øvrig" & # NA tillates
!.data$Hastegrad %in% "Planlagt" &
.data$OverflyttetFra != "Annen avdeling på sykehuset"), # - NA,
true = "ja",
false = "nei",
missing = "nei"),
# utlede verdi for indikatoren dersom datagrunnlag = "ja"
# gylsig ventetid innen 72t.
# NB: Dersom ugyldig tid (negativ, over 14dg, manglende) --> NA
indik_nstemi_angio_innen72t = dplyr::case_when(
.data$indik_nstemi_angio_innen72t_data == "ja" &
(!is.na(.data$ventetid_nstemi_timer) &
.data$ventetid_nstemi_timer > 0.0 &
.data$ventetid_nstemi_timer <= 72.0) ~ "ja",
.data$indik_nstemi_angio_innen72t_data == "ja" &
(!is.na(.data$ventetid_nstemi_timer) &
.data$ventetid_nstemi_timer > 72.0 &
.data$ventetid_nstemi_timer <= 14 * 24) ~ "nei",
.data$indik_nstemi_angio_innen72t_data == "ja" &
(is.na(.data$ventetid_nstemi_timer) |
.data$ventetid_nstemi_timer <= 0.0 |
.data$ventetid_nstemi_timer > 14 * 24) ~ "ugyldig/manglende",
.data$indik_nstemi_angio_innen72t_data == "nei" ~ NA_character_,
FALSE ~ NA_character_))
}
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_stemi_pci_innen120min <- function(df_ap) {
stopifnot(all(c("AvdRESH",
"Indikasjon",
"Regtype",
"GittTrombolyse",
"Hastegrad",
"HLRForSykehus",
"ProsedyreType",
"BeslutningsutlosendeEKG",
"ventetid_stemi_min") %in% names(df_ap)))
df_ap %>%
dplyr::mutate(
# Datagrunnlag for indikatoren
# ~ Ikke AHUS GARDERMOEN
# ~ Indikasjon STEMI
# ~ Primærforløp
# ~ Ikke gitt trombolyse
# ~ Kun akutte forløp
# ~ Ikke hjerte-lungeredning før sykehus
# ~ Ikke prosedyretype Angio
indik_stemi_pci_innen2t_data = dplyr::if_else(
condition =
(.data$AvdRESH != 106944 &
.data$Indikasjon == "STEMI" &
.data$Regtype == "Primær" &
.data$GittTrombolyse %in% c("Nei", NA) & # NA tillates
.data$Hastegrad %in% "Akutt" &
!.data$HLRForSykehus %in% c("Ja", "Ukjent") &
.data$ProsedyreType != "Angio"),
true = "ja",
false = "nei",
missing = "nei"),
# utlede verdi for indikatoren dersom datagrunnlag = "ja"
# gylsig ventetid innen 24t.
# BeslutningsutlosendeEKG ikke gitt prehospitalt og 0 minutter ventetid
# NB: Dersom ugyldig tid (negativ, over 24t, manglende) --> NA
indik_stemi_pci_innen2t = dplyr::case_when(
.data$indik_stemi_pci_innen2t_data == "ja" &
.data$BeslutningsutlosendeEKG %in% "Prehospitalt" &
.data$ventetid_stemi_min == 0 ~ "ugyldig/manglende",
.data$indik_stemi_pci_innen2t_data == "ja" &
(!is.na(.data$ventetid_stemi_min) &
.data$ventetid_stemi_min >= 0 &
.data$ventetid_stemi_min <= 120) ~ "ja",
.data$indik_stemi_pci_innen2t_data == "ja" &
(!is.na(.data$ventetid_stemi_min) &
.data$ventetid_stemi_min > 120 &
.data$ventetid_stemi_min <= 24 * 60) ~ "nei",
.data$indik_stemi_pci_innen2t_data == "ja" &
(is.na(.data$ventetid_stemi_min) |
.data$ventetid_stemi_min < 0 |
.data$ventetid_stemi_min > 24 * 60) ~ "ugyldig/manglende",
.data$indik_stemi_pci_innen2t_data == "nei" ~ NA_character_,
FALSE ~ NA_character_))
}
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_ak_pacemakerbehov <- function(df_ak) {
stopifnot(c("AvdRESH",
"TypeKlaffeprotese",
"LabKompDod",
"Pacemaker",
"AvdKompPacemaker",
"SkjemaStatusHovedskjema") %in% names(df_ak))
df_ak %>%
dplyr::mutate(
# datagrunnlag
# - Kun TAVI sykehusene
# - satt inn klaff (uansett screenign beslutning)
# - Ikke død på lab
# - ikke allerede satt inn pacemaker
indik_pacemakerbehov_data = dplyr::case_when(
(!is.na(.data$TypeKlaffeprotese) &
.data$AvdRESH %in% c(102966, # HUS
101619, # UNN
109880, # Ullevål
104284, # St.Olavs
700422, # Riksen
106944) & # ahus Gardermoen
!.data$LabKompDod %in% "Ja" &
!.data$Pacemaker %in% "Ja") ~ "ja",
TRUE ~ "nei"),
indik_pacemakerbehov = dplyr::case_when(
.data$indik_pacemakerbehov_data %in% "ja" &
.data$SkjemaStatusHovedskjema %in% 1 &
.data$AvdKompPacemaker %in% "Ja" ~ "ja",
.data$indik_pacemakerbehov_data %in% "ja" &
.data$SkjemaStatusHovedskjema %in% 1 &
!.data$AvdKompPacemaker %in% "Ja" ~ "nei",
.data$indik_pacemakerbehov_data %in% "ja" &
.data$SkjemaStatusHovedskjema %in% c(-1, 0) ~ "ikke ferdigstilt",
.data$indik_pacemakerbehov_data %in% "nei" ~ NA_character_,
TRUE ~ NA_character_))
}
Rapporteket/NORIC documentation built on Feb. 15, 2024, 5:25 p.m.
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Defines functions ki_ak_pacemakerbehov ki_stemi_pci_innen120min ki_nstemi_utredet_innen72t ki_nstemi_utredet_innen24t ki_foreskr_kolesterolsenkende ki_foreskr_blodfortynnende ki_ivus_oct_ved_stenting_lms ki_trykkmaaling_utfoert ki_ferdigstilt_komplikasjoner
Documented in ki_ak_pacemakerbehov ki_ferdigstilt_komplikasjoner ki_foreskr_blodfortynnende ki_foreskr_kolesterolsenkende ki_ivus_oct_ved_stenting_lms ki_nstemi_utredet_innen24t ki_nstemi_utredet_innen72t ki_stemi_pci_innen120min ki_trykkmaaling_utfoert
#' NORIC's quality indicators
#'
#' Functions for creating two new variables for each indicator:
#' The first variable says whether the procedure counts (ja/nei) in the
#' denominator for the given indicator and the second says whether
#' the procedure counts in the numerator (ja/nei/NA). If the denominator has
#' value \emph{nei} the numerator should always be \emph{NA}. Denominator
#' variables names are suffixed by \emph{_data} (datagrunnlag).
#'
#' Following variables are created for the different functions:
#'
#' \code{ki_ferdigstilt_komplikasjoner()}
#' \itemize{
#' \item denominator \code{indik_komplik_ferdig_data} (datagrunnlag) is
#' \emph{ja} when \emph{Regtype = Primaer} and
#' \code{SkjemaStatusKomplikasjoner} is \emph{-1, 0, 1}.
#' \item numerator \code{indik_komplik_ferdig} has value \emph{ja} if the
#' complications form is completed (komplikasjons-skjema er ferdigstilt).}
#'
#'
#'
#' \code{ki_trykkmaaling_utfoert()}
#' \itemize{
#' \item denominator \code{indik_trykkmaaling_data} (datagrunnlag) is \emph{ja}
#' when \emph{Indikasjon = Stabil koronarsykdom}.
#' \item numerator \code{indik_trykkmaaling} has value \emph{ja} if one of FFR,
#' iFR, Pd/Pa, IMR, Pa or Pd has been performed.}
#'
#' \code{ki_ivus_oct_ved_stenting_lms()}
#' \itemize{
#' \item denominator \code{indik_ivus_oct_v_stent_lms_data} (datagrunnlag) is
#' \emph{ja} when all of these conditions are fulfilled:
#' \enumerate{
#' \item \code{Indikasjon} is one of "Vitieutredning", "Uklare brystsmerter",
#' "Annet", "Hjertestans uten STEMI", "Hjertesvikt/kardiomyopati",
#' "Komplettering av tidligere PCI", "UAP", "NSTEMI",
#' "Stabil koronarsykdom"
#' \item \code{satt_inn_stent_i_LMS} = "ja"
#' \item \code{TidlABC} is one of "Nei", "Ukjent", NA
#' }
#' \item numerator \code{indik_ivus_oct_v_stent_lms} has value \emph{ja} if
#' IVUS and/or OCT has been performed.
#' }
#'
#' \code{ki_foreskr_blodfortynnende()}
#' \itemize{
#' \item denominator \code{indik_blodfortynnende_data} (datagrunnlag) is
#' \emph{ja} when all of these conditions are fulfilled:
#' \enumerate{
#' \item \code{antall_stent_under_opphold} is at least 1
#' \item \code{Regtype} = "Primær"
#' \item \code{UtskrevetDod} = {"Nei","NA"}. Which means that "Ja" or
#' "Ukjent" are excluded
#' }
#' \item numerator \code{indik_blodfortynnende} has value \emph{ja} if
#' at least two of \code{ASA}, \code{AndrePlatehemmere} or
#' \code{Antikoagulantia} are prescribed and \code{SkjemaStatusUtskrivelse}
#' is 1 (ferdigstilt). \code{indik_blodfortynnende} has value \emph{nei} if
#' at less than two of \code{ASA}, \code{AndrePlatehemmere} or
#' \code{Antikoagulantia} are prescribed and \code{SkjemaStatusUtskrivelse}
#' is 1 (ferdigstilt). \code{indik_blodfortynnende} has value
#' \emph{ikke ferdigstilt} if \code{SkjemaStatusUtskrivelse} is different
#' from 1 (ikke ferdigstilt).
#' }
#'
#' \code{ki_foreskr_kolesterolsenkende()}
#' \itemize{
#' \item denominator \code{indik_kolesterolsenkende_data}
#' (datagrunnlag) is \emph{ja} when all of these conditions are fulfilled:
#' \enumerate{
#' \item \code{antall_stent_under_opphold} is at least 1
#' \item \code{Regtype} = "Primær"
#' \item \code{UtskrevetDod} = {"Nei", NA} . Which means that "Ja" or
#' "Ukjent" are excluded
#' }
#' \item numerator \code{indik_kolesterolsenkende} has value \emph{ja}
#' if \code{UtskrStatiner} is "Ja" and \code{SkjemaStatusUtskrivelse}
#' is 1 (ferdigstilt). \code{indik_kolesterolsenkende} has value \emph{nei} if
#' \code{UtskrStatiner} is different from "Ja" and
#' \code{SkjemaStatusUtskrivelse} is 1 (ferdigstilt).
#' \code{indik_kolesterolsenkende} has value
#' \emph{ikke ferdigstilt} if \code{SkjemaStatusUtskrivelse} is different
#' from 1 (ikke ferdigstilt).
#' }
#'
#'
#' \code{ki_nstemi_utredet_innen24t()}
#' \itemize{
#' \item denominator \code{indik_nstemi_angio_innen24t_data}
#' (datagrunnlag) is \emph{ja} when all of these conditions are fulfilled:
#' \enumerate{
#' \item \code{Indikasjone} is "NSTEMI"
#' \item \code{Regtype} = "Primær"
#' \item \code{Innkomstarsak} not "Øvrig" (NA allowed)
#' \item \code{Hastegrad} = "Akutt" or "Subakutt.
#' \item \code{OverflyttetFra} neither "Annen avdeling på sykehuset" nor
#' "NA".
#' }
#' \item numerator \code{indik_nstemi_angio_innen24t} has value \emph{ja}
#' if \code{ventetid_nstemi_timer} is in the interval 0-24hours,
#' value \emph{nei} if \code{ventetid_nstemi_timer} is in the interval 24hours
#' to 14 days and value \emph{ugyldig/manglende} if time is negative, longer
#' than 14 days or missing. See also function
#' \link[noric]{legg_til_ventetid_nstemi_timer}.
#' }
#'
#' \code{ki_stemi_pci_innen120min()}
#' \itemize{
#' \item denominator \code{indik_stemi_pci_innen2t_data}
#' (datagrunnlag) is \emph{ja} when all of these conditions are fulfilled:
#' \enumerate{
#' \item \code{AvdRESH} is different from 106944 (AHUS Gardermoen does not
#' treat STEMI patients)
#' \item \code{Regtype} = "Primær"
#' \item \code{Indikasjon} = "STEMI"
#' \item \code{GittTrombolyse} is "Nei" or "NA"
#' \item \code{Hastegrad} = "Akutt"
#' \item \code{HLRForSykehus} different from "Ja", "Ukjent"
#' \item \code{ProsedyreType} different from "Angio"
#' }
#' \item numerator \code{indik_stemi_pci_innen2t} has value \emph{ja}
#' if \code{ventetid_stemi_min} is in the interval 0-120 minutes,
#' value \emph{nei} if \code{ventetid_stemi_min} is in the interval 120 min
#' to 24h (86400 min) and value \emph{ugyldig/manglende} if time is negative,
#' longer than 24h, missing or if \code{BeslutningsutlosendeEKG} has value
#' "Prehospitalt" and \code{ventetid_stemi_min} is 0 minutes. See also function
#' \link[noric]{legg_til_ventetid_stemi_min}.
#' }
#'
#' \code{ki_ak_pacemakerbehov()}
#' \itemize{
#' \item nevneren \code{indik_pacemakerbehov_data}
#' (datagrunnlag) er \emph{ja} når alle disse kriteriene er oppfylt:
#' \enumerate{
#' \item \code{AvdRESH} tilhører sykehusene som utfører tavi :
#' (HUS, UNN, Ullevål,St.Olavs, Rikshospitalet, Ahus Gardermoen)
#' \item \code{TypeKlaffeprotese} ikke manglende (satt inn klaff)
#' \item \code{LabKompDod} ulik \emph{ja}
#' \item \code{Pacemaker} ulik \emph{ja}
#' }
#' \item telleren \code{indik_pacemakerbehov} har verdien \emph{ja}
#' dersom \code{AvdKompPacemaker} er \emph{ja} og
#' \code{SkjemaStatusHovedskjema} er \emph{1} (ferdigstilte).
#' \code{indik_pacemakerbehov} har verdien \emph{nei} dersom
#' \code{AvdKompPacemaker} er \emph{nei} eller mangler, og ders
#' \code{SkjemaStatusHovedskjema} er \emph{1} (ferdigstilte).
#' \code{indik_pacemakerbehov} har verdien \emph{ikke ferdigstilte} dersom
#' \code{SkjemaStatusHoveskjema} er \emph{-1} eller \emph{0}.
#' }
#'
#'
#'@param df_ap NORIC's \code{AngioPCIVar}-table. Depending on indicators, must
#' contain some of the variables \code{SkjemaStatusKomplikasjoner},
#' \code{SkjemaStatusUtskrivelse}, \code{Regtype},
#' \code{Indikasjon}, \code{FFR}, \code{IFR},
#' \code{satt_inn_stent_i_LMS}, \code{TidlABC}, \code{IVUS}, \code{OCT},
#' \code{antall_stent_under_opphold}, ...
#' @param df_ak NORIC's \code{AortaklaffVar}-table.
#' Depending on indicators, must contain some of the variables
#' \code{AvdKompPacemaker}, \code{TypeKlaffeprotese}, ...
#'
#'
#' @name utlede_kvalitesindikatorer
#' @aliases
#' ki_ferdigstilt_komplikasjoner
#' ki_trykkmaaling_utfoert
#' ki_ivus_oct_ved_stenting_lms
#' ki_foreskr_blodfortynnende
#' ki_foreskr_kolesterolsenkende
#' ki_nstemi_utredet_innen24t
#' ki_nstemi_utredet_innen72t
#' ki_stemi_pci_innen120min
#' ki_ak_pacemakerbehov
#'
#' @examples
#' x <- data.frame(
#' SkjemaStatusKomplikasjoner = c(-1, 1, 0, NA, NA, NA),
#' Regtype = c(rep("Primær", 5), NA))
#' noric::ki_ferdigstilt_komplikasjoner(df_ap = x)
#'
#' x <- data.frame(
#' Indikasjon = c(rep("Stabil koronarsykdom", 4), NA, "annet"),
#' FFR = c("Ja", "Ja", NA, "Ukjent", "Nei", "Ja"),
#' IFR = c("Ja", "Nei", "Ukjent", NA, NA, NA),
#' PDPA = rep(NA, 6),
#' IMR = rep(NA, 6),
#' PA_Hyperemi = rep(NA, 6),
#' PD_Hyperemi = rep(NA, 6))
#' noric::ki_trykkmaaling_utfoert(df_ap = x)
#'
#' x <- data.frame(
#' Indikasjon = c(rep("Stabil koronarsykdom", 4), NA, "Annet"),
#' TidlABC = rep("Nei", 6),
#' satt_inn_stent_i_LMS = c(rep("ja", 4), NA, "nei"),
#' IVUS = c("Ja", "Ja", NA, "Ukjent", "Nei", "Ja"),
#' OCT = c("Ja", "Nei", "Ukjent", NA, NA, NA))
#' noric::ki_ivus_oct_ved_stenting_lms(df_ap = x)
#'
#' x <- data.frame(
#' antall_stent_under_opphold = 1:6,
#' Regtype = c("Primær", "Primær", "Sekundær", rep("Primær", 3)),
#' SkjemaStatusUtskrivelse = 1,
#' UtskrevetDod = c(rep("Nei", 5), "Ja"),
#' ASA = c("Ja", "Nei", "Ukjent", "Ja", "Ja", "Nei"),
#' AndrePlatehemmere = c(NA, "Annet", "Clopidogrel (Plavix)",
#' "Nei", "Nei", NA),
#' Antikoagulantia = c(NA, "Annet", "Lixiana", "Marevan", NA, "Exanta"),
#' UtskrStatiner = c("Ja", "Ja", NA, "Nei", "Ukjent", "Ja"))
#' noric::ki_foreskr_blodfortynnende(df_ap = x)
#' noric::ki_foreskr_kolesterolsenkende(df_ap = x)
#'
#' x <- data.frame(
#' Indikasjon = c("Annet", NA, "NSTEMI", "NSTEMI", "NSTEMI", "NSTEMI"),
#' Regtype = c("Primær", "Primær", "Sekundær", rep("Primær", 3)),
#' Innkomstarsak = rep(c("Brystesmerter", "Øvrig", "Dyspne"), 2),
#' Hastegrad = rep("Subakutt", 6),
#' OverflyttetFra = c("Annen avdeling på sykehuset",
#' rep("Annet sykehus", 2),
#' rep("Omdirigert ambulanse", 3)),
#' ventetid_nstemi_timer = c(0, 0, 5, 100, NA, -0.1))
#' noric::ki_nstemi_utredet_innen24t(df_ap = x)
#' noric::ki_nstemi_utredet_innen72t(df_ap = x)
#'
#' x <- data.frame(
#' AvdRESH = 1:6,
#' Indikasjon = c("Annet", rep("STEMI",5)),
#' Regtype = c("Primær", "Primær", "Sekundær", rep("Primær", 3)),
#' GittTrombolyse = rep("Nei", 6),
#' Hastegrad = rep("Akutt", 6),
#' HLRForSykehus = rep("Nei", 6),
#' ProsedyreType = rep("Angio + PCI", 6),
#' BeslutningsutlosendeEKG = rep("Prehospitalt", 6),
#' ventetid_stemi_min = c(-10, 20, 110, 120, 1150, 1480))
#' noric::ki_stemi_pci_innen120min(df_ap = x)
#'
#'
#' x <- data.frame(
#' AvdRESH = c(NA, 0,102966, 101619, 109880, rep(106944,7)),
#' TypeKlaffeprotese = c(rep("CoreValve", 2), NA, rep("CoreValve", 9)),
#' LabKompDod = c("Nei", "Nei", "Nei", "Ja", NA, rep("Nei", 7)),
#' Pacemaker = c(rep("Nei", 4), "Ja", rep("Nei", 7)),
#' SkjemaStatusHovedskjema = c(rep(1, 5), 0, -1, rep(1, 5)),
#' AvdKompPacemaker = rep(c("Ja", "Nei", "Ukjent", NA), 3))
#' noric::ki_ak_pacemakerbehov(df_ak = x)
#'
NULL
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_ferdigstilt_komplikasjoner <- function(df_ap) {
stopifnot(c("SkjemaStatusKomplikasjoner", "Regtype") %in% names(df_ap))
df_ap %>%
dplyr::mutate(
# Datagrunnlag for indikatoren
indik_komplik_ferdig_data = dplyr::if_else(
condition = (.data$SkjemaStatusKomplikasjoner %in% c(-1, 0, 1) &
.data$Regtype %in% "Primær"),
true = "ja",
false = "nei",
missing = "nei"),
# utlede verdi for indikatoren dersom datagrunnlag = "ja"
indik_komplik_ferdig = dplyr::case_when(
.data$indik_komplik_ferdig_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusKomplikasjoner == 1 ~ "ja",
.data$indik_komplik_ferdig_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusKomplikasjoner %in% c(-1, 0) ~ "nei",
.data$indik_komplik_ferdig_data == "nei" ~ NA_character_,
FALSE ~ NA_character_))
}
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_trykkmaaling_utfoert <- function(df_ap) {
stopifnot(all(c("Indikasjon",
"FFR",
"IFR",
"PDPA",
"IMR",
"PA_Hyperemi",
"PD_Hyperemi") %in% names(df_ap)))
df_ap %>%
dplyr::mutate(
# Datagrunnlag for indikatoren
indik_trykkmaaling_data = dplyr::if_else(
condition = .data$Indikasjon %in% c("Stabil koronarsykdom"),
true = "ja",
false = "nei",
missing = "nei"),
# CAse when starter nederst.
# Default er NA, deretter er alle med datagrunnlag "nei" NA
# Alle med datagrunnlag "ja" blir først "Nei", til sist bytter de med
# minst en trykkmåling til "ja".
indik_trykkmaaling = dplyr::case_when(
# utlede verdi for indikatoren dersom datagrunnlag = "ja"
# og minst en trykkmåling utført
.data$indik_trykkmaaling_data == "ja" &
(.data$FFR == "Ja" |
.data$IFR == "Ja" |
.data$PDPA == "Ja" |
.data$IMR == "Ja" |
.data$PA_Hyperemi == "Ja" |
.data$PD_Hyperemi == "Ja") ~ "ja",
.data$indik_trykkmaaling_data == "ja" ~ "nei",
.data$indik_trykkmaaling_data == "nei" ~ NA_character_,
FALSE ~ NA_character_))
}
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_ivus_oct_ved_stenting_lms <- function(df_ap) {
stopifnot(all(c("Indikasjon", "TidlABC", "IVUS",
"OCT", "satt_inn_stent_i_LMS")
%in% names(df_ap)))
df_ap %>%
dplyr::mutate(
# Datagrunnlag for indikatoren
# ~ IKKE tidligere ACB-operert
# ~ en av indikasjonene i listen
# ~ prosedyre med stenting av venstre hovedstamme (Segment5 = LMS = VH)
indik_ivus_oct_v_stent_lms_data = dplyr::if_else(
condition =
(.data$TidlABC %in% c("Nei", "Ukjent") | is.na(.data$TidlABC)) &
.data$Indikasjon %in% c("Vitieutredning",
"Uklare brystsmerter",
"Annet",
"Hjertestans uten STEMI",
"Hjertesvikt/kardiomyopati",
"Komplettering av tidligere PCI",
"UAP",
"NSTEMI",
"Stabil koronarsykdom") &
.data$satt_inn_stent_i_LMS == "ja",
true = "ja",
false = "nei",
missing = "nei"),
# utlede verdi for indikatoren dersom datagrunnlag = "ja"
# IVUS og/eller OCT er utført
indik_ivus_oct_v_stent_lms = dplyr::case_when(
.data$indik_ivus_oct_v_stent_lms_data == "ja" &
(.data$IVUS == "Ja" | .data$OCT == "Ja") ~ "ja",
.data$indik_ivus_oct_v_stent_lms_data == "ja" &
(.data$IVUS != "Ja" & .data$OCT != "Ja") ~ "nei",
.data$indik_ivus_oct_v_stent_lms_data == "ja" &
is.na(.data$IVUS) & .data$OCT != "Ja" ~ "nei",
.data$indik_ivus_oct_v_stent_lms_data == "ja" &
.data$IVUS != "Ja" & is.na(.data$OCT) ~ "nei",
.data$indik_ivus_oct_v_stent_lms_data == "ja" &
is.na(.data$IVUS) & is.na(.data$OCT) ~ "nei",
.data$indik_ivus_oct_v_stent_lms_data == "nei" ~ NA_character_,
FALSE ~ NA_character_))
}
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_foreskr_blodfortynnende <- function(df_ap) {
stopifnot(all(c("antall_stent_under_opphold",
"Regtype",
"UtskrevetDod",
"SkjemaStatusUtskrivelse",
"ASA",
"AndrePlatehemmere",
"Antikoagulantia")
%in% names(df_ap)))
df_ap %>%
dplyr::mutate(
# Datagrunnlag for indikatoren
# ~ Minst en stent satt inn i løpet av oppholdet (primær eller
# sekundær)
# ~ Primærforløp
# ~ Ikke utskrevet død, IKKE {Ja, Ukjent}, {Nei, NA} mulig
indik_blodfortynnende_data = dplyr::if_else(
condition =
(.data$antall_stent_under_opphold > 0 &
.data$Regtype == "Primær" &
.data$UtskrevetDod %in% c("Nei", NA)),
true = "ja",
false = "nei",
missing = "nei"),
# utlede verdi for indikatoren dersom datagrunnlag = "ja"
# "ja":En av de anbefalte kobinasjonene av blodfortynnende medisiner
# "nei": Ikke anbefalt kombinasjon
# "ikke ferdigstilt": Manglende ferdigstilt utskrivelsesskjema
indik_blodfortynnende = dplyr::case_when(
# Gyldige kominasjoner:
.data$indik_blodfortynnende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
(.data$ASA == "Ja" &
!.data$AndrePlatehemmere %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_))
~ "ja",
.data$indik_blodfortynnende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
(.data$ASA == "Ja" &
!.data$Antikoagulantia %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_))
~ "ja",
.data$indik_blodfortynnende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
(!.data$AndrePlatehemmere %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_) &
!.data$Antikoagulantia %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_))
~ "ja",
# Ugyldige kombinasjoner
.data$indik_blodfortynnende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
(.data$ASA == "Ja" &
.data$AndrePlatehemmere %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_) &
.data$Antikoagulantia %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_))
~ "nei",
.data$indik_blodfortynnende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
(!.data$ASA %in% "Ja" &
!.data$AndrePlatehemmere %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_) &
.data$Antikoagulantia %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_))
~ "nei",
.data$indik_blodfortynnende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
(!.data$ASA %in% "Ja" &
.data$AndrePlatehemmere %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_) &
!.data$Antikoagulantia %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_))
~ "nei",
# Ingen blodfortynnende foreskrevet
.data$indik_blodfortynnende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
(!.data$ASA %in% "Ja" &
.data$AndrePlatehemmere %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_) &
.data$Antikoagulantia %in% c("Nei", "Ukjent", NA_character_))
~ "nei",
.data$indik_blodfortynnende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse %in% c(-1, 0) ~ "ikke ferdigstilt",
.data$indik_blodfortynnende_data == "nei" ~ NA_character_,
FALSE ~ NA_character_))
}
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_foreskr_kolesterolsenkende <- function(df_ap) {
stopifnot(all(c("antall_stent_under_opphold",
"Regtype",
"UtskrevetDod",
"SkjemaStatusUtskrivelse",
"UtskrStatiner")
%in% names(df_ap)))
df_ap %>%
dplyr::mutate(
# Datagrunnlag for indikatoren
# ~ Minst en stent satt inn i løpet av oppholdet
# ~ Primærforløp
# ~ Ikke utskrevet død, IKKE {Ja, Ukjent}, {"nei", NA} mulig
indik_kolesterolsenkende_data = dplyr::if_else(
condition =
(.data$antall_stent_under_opphold > 0 &
.data$Regtype == "Primær" &
.data$UtskrevetDod %in% c("Nei", NA)),
true = "ja",
false = "nei",
missing = "nei"),
# utlede verdi for indikatoren dersom datagrunnlag = "ja"
# "ja": Dersom ferdigstilt og utskrevet statiner
# "nei": Dersom ferdigstilte, men ikke utskr statiner
# "ikke ferdigstilt": Manglende ferdigstilt utskrivelsesskjema
indik_kolesterolsenkende = dplyr::case_when(
.data$indik_kolesterolsenkende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
.data$UtskrStatiner == "Ja" ~ "ja",
.data$indik_kolesterolsenkende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse == 1 &
(.data$UtskrStatiner == "Nei" |
is.na(.data$UtskrStatiner) |
.data$UtskrStatiner == "Ukjent") ~ "nei",
.data$indik_kolesterolsenkende_data == "ja" &
.data$SkjemaStatusUtskrivelse %in% c(-1, 0) ~ "ikke ferdigstilt",
.data$indik_kolesterolsenkende_data == "nei" ~ NA_character_,
FALSE ~ NA_character_))
}
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_nstemi_utredet_innen24t <- function(df_ap) {
stopifnot(all(c("Indikasjon",
"Regtype",
"Innkomstarsak",
"Hastegrad",
"OverflyttetFra",
"ventetid_nstemi_timer") %in% names(df_ap)))
df_ap %>%
dplyr::mutate(
# Datagrunnlag for indikatoren
# ~ Indikasjon NSTEMI
# ~ Primærforløp
# ~ Innkomstårsak er alt annet enn "Øvrig" (NA er mulig)
# ~ Ikke planlagte forløp
# ~ OverflyttetFra ulik {NA, "Annen avdeling på sykehuset"}
# MERK 2 mellomrom mellom annen__avdeling
indik_nstemi_angio_innen24t_data = dplyr::if_else(
condition =
(.data$Indikasjon == "NSTEMI" &
.data$Regtype == "Primær" &
!.data$Innkomstarsak %in% "Øvrig" & # NA tillates
!.data$Hastegrad %in% "Planlagt" &
.data$OverflyttetFra != "Annen avdeling på sykehuset"), # - NA,
true = "ja",
false = "nei",
missing = "nei"),
# utlede verdi for indikatoren dersom datagrunnlag = "ja"
# Ugyldig tid (negativ, over 14dg, manglende)
# Gyldig tid 0 timer til 14 dager.
# Næyaktig 0.00 timer er ugyldig tid.
indik_nstemi_angio_innen24t = dplyr::case_when(
.data$indik_nstemi_angio_innen24t_data == "ja" &
(!is.na(.data$ventetid_nstemi_timer) &
.data$ventetid_nstemi_timer > 0.0 &
.data$ventetid_nstemi_timer <= 24.0) ~ "ja",
.data$indik_nstemi_angio_innen24t_data == "ja" &
(!is.na(.data$ventetid_nstemi_timer) &
.data$ventetid_nstemi_timer > 24.0 &
.data$ventetid_nstemi_timer <= 14 * 24.0) ~ "nei",
.data$indik_nstemi_angio_innen24t_data == "ja" &
(is.na(.data$ventetid_nstemi_timer) |
.data$ventetid_nstemi_timer <= 0.0 |
.data$ventetid_nstemi_timer > 14 * 24) ~ "ugyldig/manglende",
.data$indik_nstemi_angio_innen24t_data == "nei" ~ NA_character_,
FALSE ~ NA_character_))
}
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_nstemi_utredet_innen72t <- function(df_ap) {
stopifnot(all(c("Indikasjon",
"Regtype",
"Innkomstarsak",
"Hastegrad",
"OverflyttetFra",
"ventetid_nstemi_timer") %in% names(df_ap)))
df_ap %>%
dplyr::mutate(
# Datagrunnlag for indikatoren
# ~ Indikasjon NSTEMI
# ~ Primærforløp
# ~ Innkomstårsak er alt annet enn "Øvrig" (NA er mulig)
# ~ Ikke planlagte forløp
# ~ OverflyttetFra ulik {NA, "Annen avdeling på sykehuset"}
# MERK 2 mellomrom mellom annen__avdeling
indik_nstemi_angio_innen72t_data = dplyr::if_else(
condition =
(.data$Indikasjon == "NSTEMI" &
.data$Regtype == "Primær" &
!.data$Innkomstarsak %in% "Øvrig" & # NA tillates
!.data$Hastegrad %in% "Planlagt" &
.data$OverflyttetFra != "Annen avdeling på sykehuset"), # - NA,
true = "ja",
false = "nei",
missing = "nei"),
# utlede verdi for indikatoren dersom datagrunnlag = "ja"
# gylsig ventetid innen 72t.
# NB: Dersom ugyldig tid (negativ, over 14dg, manglende) --> NA
indik_nstemi_angio_innen72t = dplyr::case_when(
.data$indik_nstemi_angio_innen72t_data == "ja" &
(!is.na(.data$ventetid_nstemi_timer) &
.data$ventetid_nstemi_timer > 0.0 &
.data$ventetid_nstemi_timer <= 72.0) ~ "ja",
.data$indik_nstemi_angio_innen72t_data == "ja" &
(!is.na(.data$ventetid_nstemi_timer) &
.data$ventetid_nstemi_timer > 72.0 &
.data$ventetid_nstemi_timer <= 14 * 24) ~ "nei",
.data$indik_nstemi_angio_innen72t_data == "ja" &
(is.na(.data$ventetid_nstemi_timer) |
.data$ventetid_nstemi_timer <= 0.0 |
.data$ventetid_nstemi_timer > 14 * 24) ~ "ugyldig/manglende",
.data$indik_nstemi_angio_innen72t_data == "nei" ~ NA_character_,
FALSE ~ NA_character_))
}
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_stemi_pci_innen120min <- function(df_ap) {
stopifnot(all(c("AvdRESH",
"Indikasjon",
"Regtype",
"GittTrombolyse",
"Hastegrad",
"HLRForSykehus",
"ProsedyreType",
"BeslutningsutlosendeEKG",
"ventetid_stemi_min") %in% names(df_ap)))
df_ap %>%
dplyr::mutate(
# Datagrunnlag for indikatoren
# ~ Ikke AHUS GARDERMOEN
# ~ Indikasjon STEMI
# ~ Primærforløp
# ~ Ikke gitt trombolyse
# ~ Kun akutte forløp
# ~ Ikke hjerte-lungeredning før sykehus
# ~ Ikke prosedyretype Angio
indik_stemi_pci_innen2t_data = dplyr::if_else(
condition =
(.data$AvdRESH != 106944 &
.data$Indikasjon == "STEMI" &
.data$Regtype == "Primær" &
.data$GittTrombolyse %in% c("Nei", NA) & # NA tillates
.data$Hastegrad %in% "Akutt" &
!.data$HLRForSykehus %in% c("Ja", "Ukjent") &
.data$ProsedyreType != "Angio"),
true = "ja",
false = "nei",
missing = "nei"),
# utlede verdi for indikatoren dersom datagrunnlag = "ja"
# gylsig ventetid innen 24t.
# BeslutningsutlosendeEKG ikke gitt prehospitalt og 0 minutter ventetid
# NB: Dersom ugyldig tid (negativ, over 24t, manglende) --> NA
indik_stemi_pci_innen2t = dplyr::case_when(
.data$indik_stemi_pci_innen2t_data == "ja" &
.data$BeslutningsutlosendeEKG %in% "Prehospitalt" &
.data$ventetid_stemi_min == 0 ~ "ugyldig/manglende",
.data$indik_stemi_pci_innen2t_data == "ja" &
(!is.na(.data$ventetid_stemi_min) &
.data$ventetid_stemi_min >= 0 &
.data$ventetid_stemi_min <= 120) ~ "ja",
.data$indik_stemi_pci_innen2t_data == "ja" &
(!is.na(.data$ventetid_stemi_min) &
.data$ventetid_stemi_min > 120 &
.data$ventetid_stemi_min <= 24 * 60) ~ "nei",
.data$indik_stemi_pci_innen2t_data == "ja" &
(is.na(.data$ventetid_stemi_min) |
.data$ventetid_stemi_min < 0 |
.data$ventetid_stemi_min > 24 * 60) ~ "ugyldig/manglende",
.data$indik_stemi_pci_innen2t_data == "nei" ~ NA_character_,
FALSE ~ NA_character_))
}
#' @rdname utlede_kvalitesindikatorer
#' @export
ki_ak_pacemakerbehov <- function(df_ak) {
stopifnot(c("AvdRESH",
"TypeKlaffeprotese",
"LabKompDod",
"Pacemaker",
"AvdKompPacemaker",
"SkjemaStatusHovedskjema") %in% names(df_ak))
df_ak %>%
dplyr::mutate(
# datagrunnlag
# - Kun TAVI sykehusene
# - satt inn klaff (uansett screenign beslutning)
# - Ikke død på lab
# - ikke allerede satt inn pacemaker
indik_pacemakerbehov_data = dplyr::case_when(
(!is.na(.data$TypeKlaffeprotese) &
.data$AvdRESH %in% c(102966, # HUS
101619, # UNN
109880, # Ullevål
104284, # St.Olavs
700422, # Riksen
106944) & # ahus Gardermoen
!.data$LabKompDod %in% "Ja" &
!.data$Pacemaker %in% "Ja") ~ "ja",
TRUE ~ "nei"),
indik_pacemakerbehov = dplyr::case_when(
.data$indik_pacemakerbehov_data %in% "ja" &
.data$SkjemaStatusHovedskjema %in% 1 &
.data$AvdKompPacemaker %in% "Ja" ~ "ja",
.data$indik_pacemakerbehov_data %in% "ja" &
.data$SkjemaStatusHovedskjema %in% 1 &
!.data$AvdKompPacemaker %in% "Ja" ~ "nei",
.data$indik_pacemakerbehov_data %in% "ja" &
.data$SkjemaStatusHovedskjema %in% c(-1, 0) ~ "ikke ferdigstilt",
.data$indik_pacemakerbehov_data %in% "nei" ~ NA_character_,
TRUE ~ NA_character_))
}
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Embedding an R snippet on your website
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.