data-raw/DATASET.R

In Rapporteket/korona: Resultattjeneste for registrering av Korona-pandemi

## code to prepare `DATASET` dataset goes here


 ReshNivaa <- read.table('data-raw/EnhetsnivaaerResh .csv', sep=';',
                         stringsAsFactors=FALSE, header=T, encoding = 'UTF-8')
#ReshNivaa <- read.table(system.file(file.path('extdata', 'EnhetsnivaaerResh.csv'), package = 'korona'), sep=';',
#                        stringsAsFactors=FALSE, header=T, fileEncoding = 'latin1')

ReshNivaa <- ReshNivaa %>% dplyr::mutate_if(is.character, trimws)
ReshNivaa <- ReshNivaa %>% dplyr::mutate_if(is.character, enc2utf8)

usethis::use_data(ReshNivaa, overwrite = TRUE, internal = FALSE)

# kodebok_inklusjon <- xlsx::read.xlsx2('I:/korona/Kodebok_pandemiregisteret01042020.xlsx', sheetIndex = '2. Pandemiskjema. Skjemaversjon')
# kodebok_utskrivning <- xlsx::read.xlsx2('I:/korona/Kodebok_pandemiregisteret01042020.xlsx', sheetIndex = '1. UtskrivningSkjema. Skjemaver')

kodebok_inklusjon <- xlsx::read.xlsx2(system.file(file.path('extdata', 'KodebokPandemi2020-04-30.xlsx'),
                                                  package = 'korona'), sheetIndex = '2. Pandemiskjema. Skjemaversjon')
kodebok_utskrivning <- xlsx::read.xlsx2(system.file(file.path('extdata', 'KodebokPandemi2020-04-30.xlsx'),
                                                    package = 'korona'), sheetIndex = '1. UtskrivningSkjema. Skjemaver')


kodebok <- list("inklusjon" = kodebok_inklusjon, "utskrivning" = kodebok_utskrivning)

usethis::use_data(kodebok, overwrite = TRUE, internal = FALSE)



#IndBeskr <- readxl::read_excel("data-raw/Indikatorbeskrivelser.xlsx")
#usethis::use_data(IndBeskr, overwrite = TRUE)
# 2018-data:
# belegg_ssb <- read.table(system.file(file.path('extdata', 'BeleggSSB.csv'), package = 'korona'), sep=';',
#                          stringsAsFactors=FALSE, header=T, fileEncoding = 'latin1')
# names(belegg_ssb)[names(belegg_ssb)=="Døgnplasser.2018"] <- "Dognplasser.2018"
# belegg_ssb <- belegg_ssb %>% mutate_if(is.character, enc2utf8)
#
# belegg_ssb$HFresh <- ReshNivaa$HFresh[pmatch(trimws(tolower(belegg_ssb$region)), trimws(tolower(ReshNivaa$HFnavn)))]
# belegg_ssb$HF <- ReshNivaa$HFnavn[pmatch(trimws(tolower(belegg_ssb$region)), trimws(tolower(ReshNivaa$HFnavn)))]
#
# # belegg_ssb$region[is.na(belegg_ssb$HFresh)]
# # unique(ReshNivaa[!(ReshNivaa$HFresh %in% belegg_ssb$HFresh), c("HFnavn", "HFresh")])
# belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "Finnmarkssykehuset HF"] <- 101971
# belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "Universitetssykehuset Nord-Norge HF"] <- 101719
# belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "Helse Nord Trøndelag HF"] <- 100317
# belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "St Olavs Hospital HF"] <- 100320
# belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "Helse Møre og Romsdal HF (2011-)"] <- 4201115
# belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "Vestre Viken HF (2009-)"] <- 700272
# belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "Oslo Universitetssykehus HF (2009-)"] <- 4001031
# belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "Haugesund Sanitetsforenings Revmatismesykehus AS"] <- 106834
# belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "Stiftelsen Betanien Bergen"] <- 4216267
# belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "NKS Jæren Distriktspsykiatriske senter AS"] <- 106819
# belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "NKS Olaviken alderspsykiatriske sykehus AS"] <- 106816
#
# belegg_ssb$HF <- ReshNivaa$HFnavn[match(belegg_ssb$HFresh, ReshNivaa$HFresh)]
# belegg_ssb$RHF <- ReshNivaa$RHFnavn[match(belegg_ssb$HFresh, ReshNivaa$HFresh)]
#
# usethis::use_data(belegg_ssb, overwrite = TRUE, internal = FALSE)


# 2019-data:
#KODE OPPDATERES FOR Å LEGGE TIL 2019-DATA !!!!
belegg_ssb <- read.table(system.file(file.path('extdata', 'Dognplass2019.csv'), package = 'korona'), sep=';',
                         stringsAsFactors=FALSE, header=T, fileEncoding = 'latin1')
names(belegg_ssb)[names(belegg_ssb)=="Døgnplasser.2019.Somatikk"] <- "Dognplasser.2018"
belegg_ssb <- belegg_ssb %>% mutate_if(is.character, enc2utf8)

belegg_ssb <- belegg_ssb[belegg_ssb$region != "Sørlandet sykehus HF", ]
belegg_ssb <- belegg_ssb[belegg_ssb$region != "Sykehuset Innlandet HF", ]
belegg_ssb$region[belegg_ssb$region == "Sørlandet sykehus HF (2003-)"] <- "Sørlandet sykehus HF"
belegg_ssb$region[belegg_ssb$region == "Sykehuset Innlandet HF (2003-)"] <- "Sykehuset Innlandet HF"
belegg_ssb$HFresh <- ReshNivaa$HFresh[pmatch(trimws(tolower(belegg_ssb$region)), trimws(tolower(ReshNivaa$HFnavn)))]
belegg_ssb$HF <- ReshNivaa$HFnavn[pmatch(trimws(tolower(belegg_ssb$region)), trimws(tolower(ReshNivaa$HFnavn)))]

# belegg_ssb$region[is.na(belegg_ssb$HFresh)]
# unique(ReshNivaa[!(ReshNivaa$HFresh %in% belegg_ssb$HFresh), c("HFnavn", "HFresh")])
belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "Finnmarkssykehuset HF"] <- 101971
belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "Universitetssykehuset Nord-Norge HF"] <- 101719
belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "Helse Nord Trøndelag HF"] <- 100317
belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "St Olavs Hospital HF"] <- 100320
belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "Helse Møre og Romsdal HF (2011-)"] <- 4201115
belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "Vestre Viken HF (2009-)"] <- 700272
belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "Oslo Universitetssykehus HF (2009-)"] <- 4001031
belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "Haugesund Sanitetsforenings Revmatismesykehus AS"] <- 106834
belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "Stiftelsen Betanien Bergen"] <- 4216267
belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "NKS Jæren Distriktspsykiatriske senter AS"] <- 106819
belegg_ssb$HFresh[belegg_ssb$region == "NKS Olaviken alderspsykiatriske sykehus AS"] <- 106816


belegg_ssb$HF <- ReshNivaa$HFnavn[match(belegg_ssb$HFresh, ReshNivaa$HFresh)]
belegg_ssb$RHF <- ReshNivaa$RHFnavn[match(belegg_ssb$HFresh, ReshNivaa$HFresh)]
belegg_ssb <- belegg_ssb[!((belegg_ssb$Dognplasser.2018==0 | belegg_ssb$Dognplasser.2018=="..") & is.na(belegg_ssb$HFresh)), ]
belegg_ssb$Dognplasser.2018 <- as.numeric(belegg_ssb$Dognplasser.2018)


usethis::use_data(belegg_ssb, overwrite = TRUE, internal = FALSE)